Il Dottor Saotome porta avanti il suo diabolico piano di vendetta contro la razza umana, contrastato da un indomito Ryoma, che viene presto affiancato dagli altri due componenti della squadra Getter, Musashi e Hayato.
Dalla capsula di Saotome emerge un misterioso giovane, Go, con grande soddisfazione di Saotome che riesce a rifugiarsi all'interno del suo laboratorio. Ryoma e Hayato, nonostante l'odio reciproco che ha contraddistinto il loro rapporto dalla morte di Saotome, inseguono il redivivo scienziato, affrontando nella base dei mostri sgusciati da altre capsule identiche a quella di Go. Il potere dei raggi Getter innescati nella battaglia contamina il territorio della battaglia e il dottor Saotome fa entrare in scena il potentissimo Shin Getter Robot.
Nel frattempo Cowen and Stinger iniziano a tramare per prendere il controllo del consiglio di sicurezza delle Nazioni Unite.
遂に完成した早乙女の野望・真ドラゴン。2号機、3号機を失った竜馬は、残った1号機を自爆させ早乙女を殺そうと試みるが、早乙女の乗るドラゴンにそれを阻まれてしまう。絶体絶命の竜馬は、その時地中から現われたゲッター2とゲッター3に助けられる。ところが、逃げだす早乙女ドラゴンにインベーダーが食らいつき…。
