大手製薬会社・長原製薬の広報部員・槙田高弘（玉山鉄二）は、通勤途中の駅で、飛び込み自殺に遭遇。数日後、副社長の安城隆雄（小林薫）に呼び出され、その自殺事件に自社の薬品が関係している可能性があることを告げられる。もし関与が証明されれば、業績不振に陥っている長原製薬にとって、致命傷となりかねない。槙田は安城から警察に探りを入れてくるよう極秘に特命を受け、調査を始める。
薬害事件が発覚した長原製薬。被害者遺族の訴えを金で解決するよう安城から命じられた槙田は、遺族に金を差し出してしまう。槙田は婚約者の森田真弓（蓮佛美沙子）にも真実を打ち明けられず悩む。罪の意識にさいなまれた槙田は、顧問弁護士・高藤辰美（柳葉敏郎）に助けを求めようとする。一方、かつて長原製薬が繁栄した町・畑井市の医師・真島康二（小市慢太郎）が安城を訪ねてくる。隠されていた長原製薬の過去とは……。
40年前に長原製薬が隠蔽した公害事件が発覚。現在も発症者が増え続けている事実に衝撃を受ける槙田。だが、安城はユーロヘルスからの探りを警戒しながら合併成立のため槙田に新たな特命を下す。真弓の不安は膨らみ、槙田との関係も悪化。重荷に耐えきれない槙田は、信頼を寄せる高藤に真実を打ち明ける。一方、槙田を探っていた謎の女（大空祐飛）と真島が長原製薬への訴訟準備を進める中、ついに原告団のリーダーが姿を現わす。
弁護士・宮本佳織、真島とともに長原製薬への訴訟を進めていた原告団のリーダーは高藤だった。長原病の残酷な実態を安城に告げる槙田。だが、安城は槙田を切り捨て、次の手を打ち始める。すれ違いが続いていた真弓は槙田から真相を告げられ戸惑う。40年前の真実を調べ始めた槙田は安城の過去を知り、先代社長・長原幸喜（中村敦夫）のもとを訪れる。社会正義と会社の利益。自分にとっての正義とは何か、槙田が出した答えとは…。
事実を認め新薬開発を目指すことこそ、製薬会社の社員として果たすべき責任と考えた槙田。だが、その提案は高藤の原告団側、安城の会社側、双方から批難される。孤立する槙田。その背中を押したのは真弓であった。そして槙田は高藤たち長原病患者を説得するために動きだし、長原家三男・紀博（甲本雅裕）のもとを訪れる。一方、安城は家庭が崩壊していく中、会社を守るため、訴訟を阻止しようと裏から手を回し始める。
高藤の容体が悪化していく中、槙田は原告団を説得するために奔走するも、訴訟に必要な資料は安城によって燃やされてしまう。唯一の手掛かりを失った槙田。そんな中、父・高志（泉谷しげる）が倒れ、槙田は病院に急ぐ。高志の言葉に父親として、男として生きる意義を考え始める槙田。さまざまな想いが錯綜する中、長原製薬の罪を許せない高藤が最後に選んだ生き方とは。槙田は安城に誤断を認めさせ、自分の選んだ正義を貫けるのか？