やっと、３Ｄ全員の就職や進学が決定し、久美子（仲間由紀恵）や生徒たちは、楽しかった学校生活を振り返り、全員そろっての卒業を楽しみにしていた。 しかし、その頃、２年生の間で高杉怜太（玉森裕太）を中心とした反抗的なグループができ問題になっていた。実は、怜太は緒方大和（髙木雄也）の幼なじみでタチの悪い荒高から転校してきたのだ。ある日、大和は怜太が荒高の卒業生と親しげに話している所を見かけ心配する。 そんな中、廉（三浦春馬）と倉木（桐山照史）の就職内定を取り消すと連絡が入る。久美子は２人をはげますが、苛立ちがおさまらない倉木は、怜太の挑発に思わず殴りかかってしまい、２Ｄ生徒たちと乱闘になってしまった。校内での乱闘騒ぎに、理事長の赤城（江波杏子）は、先に手を出した倉木たちだけを卒業式前日まで自宅謹慎とした。 謹慎処分が納得出来ない倉木、本城（石黒英雄）、神谷（三浦翔平）たちは、「２年なんか相手にして大人げねぇ」と言う生徒とにらみあい大喧嘩になってしまう。久美子がもうすぐ卒業式なんだぞと必死に止めるが、「卒業式ってそんなに大事か」「出なくたって卒業はできるだろ」と出ていってしまう。 卒業式目前に、３Ｄはクラスがバラバラになってしまい————