新海元（木村拓哉）は国際線旅客機の副操縦士。小さい頃からパイロットになることを夢みていた元は、キャプテン（機長）になることを目指して頑張っている。 ある日、元は、先輩パイロット・水島公作（岩城滉一）とともに副操縦士としてホノルルを飛び発つ。しかし、まもなく成田に到着と思ったその時、大トラブルに見舞われる。着陸の態勢に入った瞬間、機長の水島が突然体調を崩したのだ。元は、瞬時の判断で着陸の操縦を水島に替わって行い、荒い着陸ながらも最悪の事態は免れる。若干の自負とともに機を降りた元だったが、彼の耳に入ってきたのは、「ヘタクソ！」という整備士の声。声の主は、緒川歩実（柴咲コウ）。これが二人の出会いだった。この一件で、元は、監査官《自らもパイロットを務めながら、他のパイロットの監察も行う職》の香田一樹（堤真一）の事情聴取を受ける。「無事に着陸できてよかった」と報告する元を、香田は、「副操縦士に判断する資格はない」と叱責する。 元には、職場での良き相談相手がいた。ベテランのキャビンアテンダント（略してCA）の富樫のり子（黒木瞳）である。彼女の後輩には、パイロットとの結婚を狙う新人CA・深浦うらら（内山理名）や、ベテランの原田美和子（加藤貴子）らがいる。彼女たちＣＡを管理しているのは、真面目一筋のパーサー・太田健三郎（段田安則）だ。そしてある日のフライトでのこと。元はまた大きなトラブルに巻き込まれる…。