Gotham versinkt durch die Verbreitung des Virus’ immer mehr im Chaos. Während Gordon weiter nach dem Gegenmittel sucht, haben Gothams Gangster ebenfalls alle Hände voll zu tun, um ihre Ziele zu verwirklichen. Und auch Lee hat ihre eigenen Pläne: Sie will die Stadt verlassen, und Gordon soll sie begleiten. Er wiederum kann kaum noch gegen das Virus ankämpfen. Unterdessen entführt Pinguin Nygma – doch der setzt sich mit aller Kraft zu Wehr
As the third season concludes, Gordon tries to win back Lee, and past alliances within Gotham City are broken, while new alliances are formed.
Après avoir tué Alfred, Bruce se libère de son conditionnement et le fait revivre avec de l'eau du Puit de Lazare, tandis que Ra's al Ghul s'échappe.
Barbara, Butch et Tabitha suivent Nygma après avoir enlevé Tetch pour l'échanger avec Gordon, qui commence à ressentir les effets du virus, et ne parvient plus à résister aux pulsions nourries par le virus Tetch.
Le chaos continue de ravager Gotham alors que Nygma et Cobblepot mettent un terme à leur duel. A l'aide de Freeze, Cobblepot congèle Nygma et le conserve comme un trophée.
L'ambition de Barbara retourne Butch et Tabitha contre elle. Barbara tire Butch dans la tête avant d'être électrocutée par Tabitha. Dans le coma, Butch est envoyé à l'hôpital, son nom de naissance étant révélé comme Cyrus Gold. Cobblepot propose également d'ouvrir une nouvelle night-club appelée "The Iceberg Lounge". Tabitha devient mentor de Selina et lui apprend comment utiliser un fouet.
En utilisant le sang de Tetch, un antidote est synthétisé, et Gordon et Lee sont guéris. Avec Gotham guéri du virus, Lee sort de Gotham et laisse une lettre à Jim. Bruce est encouragé à prendre ses propres décisions par Alfred et devient alors un justicier masqué.
L'azione di Bruce risveglia il ragazzo dal lavaggio del cervello. Ra's al Ghul si dilegua, affermando che era proprio colui che cercava come erede, nonostante Bruce rifiuti tale ruolo. Seguendo un consiglio dell'uomo, poi, il ragazzo bagna Alfred con l'acqua della misteriosa pozza nella stanza. Nel frattempo Lee informa Gordon che vuole lasciare Gotham e gli chiede di venire con lui. Barbara intende ricattare la polizia in cambio di Tetch, ma Gordon convince Bullock a sfruttare il punto debole di Edward, la vendetta contro Oswald, per farsi consegnare Tetch in cambio di Cobblepot.
Bruce tenta deixar para trás o seu passado.
Ли собирается незаметно сбежать из Готэма и надеется, что Гордон покинет город вместе с ней. Джиму становится всё тяжелее справляться с вирусом. Барбара и Нигма предлагают полиции обменять Тэтча на Пингвина.
布鲁斯重伤阿福后突破洗脑找回自我，忍者大师目睹其举动应验预言，认定布鲁斯就是继承者，临走前让布鲁斯用面前的再生池让阿福愈合伤势。芭芭拉三人靠泰奇对城市进行勒索，戈登暗中跟尼格玛用奥斯瓦德来交换泰奇，但因芭芭拉跟过来打算抢回泰奇，戈登只能将泰奇放血得到所需计量带回去做解药。随着病毒彻底黑化戈登的内心，戈登受莱丝莉诱惑而准备陪她搭火车一走了之，但布洛克抢先带来完成的解药，使戈登觉醒后让他一并治好莱丝莉。布奇受不了芭芭拉的贪心而准备杀他，却抢先被芭芭拉识破计谋而被枪击头部。塔比莎因此和芭芭拉决裂，和她对打时用水和灯使她电击致死。尼格玛因过度自信而走进奥斯瓦德的陷阱，无路可逃之下受急冻人冻成冰雕，而奥斯瓦德决定将处于冰冻的尼格玛，放进他即将开办的冰山俱乐部当展示品及警醒。病毒危机结束后，莱丝莉理解戈登长久的苦衷而不告而别，孤身的塔比莎收下瑟琳娜做徒弟，将自己的皮鞭交给她。处于脑死状态的布奇被发现后送医，医生们发现他的本名实为赛洛斯·哥德。阿福送医康复后谅解布鲁斯的行为，同样告诫他要寻找他自己的道路。接受指点的布鲁斯决定将他所受的训练和守则融为一体，于是当一名在城市街道中飞檐走壁、惩奸斗恶的“黑暗私刑者”。
Gordon doet er alles aan om Lee terug te winnen. Ondertussen worden een aantal oude samenwerkingsverbanden uit Gotham verbroken, terwijl volledig nieuwe gesmeed worden.
Gordon tenta reconquistar Lee. Alianças passadas em Gotham são quebradas, enquanto novas alianças são feitas.
