女用心棒のバルサ（綾瀬はるか）は、川に落ちた王子チャグム（小林颯）を救い出すが、その際にえたいの知れないものが王子にまとわりつくのを見てしまう。王宮のろうにつながれたバルサだが、二ノ妃（木村文乃）により解放され王子を連れて逃げるよう頼まれる。チャグムには水の魔物がとりつき、それを嫌った帝（藤原竜也）が息子の命を狙っていると言うのだ。まだ幼く、気位だけは高いチャグムを連れてバルサの逃避行が始まった。
危機一髪のバルサ（綾瀬はるか）を救ったのはチャグム（小林颯）の不思議な能力だった。叫びに呼応した川の水が追っ手を押し流したのだ。満身創いのバルサは幼なじみのタンダ（東出昌大）に手当てを受け、一命をとりとめる。一方、チャグムに何が起きたのか調べていたシュガ（林遣都）は呪術師のトロガイ（高島礼子）から、王子に宿ったのは精霊の卵で守るべきものと聞かされる。それは新ヨゴ国の建国の神話を否定する内容だった。
精霊の卵を狙うラルンガから逃れたバルサ（綾瀬はるか）は雪を嫌う化け物をやり過ごすため、チャグム（小林颯）を連れて山の洞窟に逃げ込む。しかしその間にも卵は育ち、チャグムはもうひとつの世界＜ナユグ＞の闇に度々引きずり込まれるようになる。バルサは恐怖と闘うチャグムを抱きしめ、かつて自分を守ってくれたジグロ（吉川晃司）のことを語り始める。バルサの心の傷を知ったチャグムは、自分も運命から逃げないことを誓う。
ラルンガの襲撃をかわしたバルサ（綾瀬はるか）だが、チャグム（小林颯）は精霊の卵に操られるように森の中に消えた。帝（藤原竜也）の密命でチャグムを狙うジン（松田悟志）との追跡劇が始まる。一方、王宮に連行されたトロガイ（高島礼子）はシュガ（林遣都）と共にラルンガ退治の方法を探り、伝説に隠された真実に気がつく。そのころ、チャグムはサーナンと呼ばれる水源にたどりつくが、その背後に卵を狙うラルンガが忍び寄る！
バルサ（綾瀬はるか）が逃亡生活を送るロタ王国に薬草を求めてタンダ（東出昌大）がやって来た。旧交を温める二人が泊まった宿にはアスラ（鈴木梨央）という少女がとらわれていた。人買いたちがアスラを怒らせるや、光が現れて周囲の人々を殺していく。バルサはアスラを救い出すがタンダは不吉だから関わるべきではないと忠告する。と、呪術師シハナ（真木よう子）がアスラをさらおうと現れる。バルサとシハナの死闘が始まった…！
バルサ（綾瀬はるか）がアスラ（鈴木梨央）と身を潜める小屋に呪術師スファル（柄本明）が現れ、アスラは怒りで人々を殺す力を持っており、誰にも救えないと忠告する。それでもアスラを守ろうとするバルサだが、薬を盛られたのか意識が遠のいていく…。一方、サンガル王国救出の航海に出たチャグム（板垣瑞生）は、タルシュ帝国に対抗するには隣国との同盟が必要と祖父のトーサ（伊武雅刀）に訴え、針路をロタ王国に向けさせた…！
バルサ（綾瀬はるか）はアスラ（鈴木梨央）を狙う刺客から逃れて国境の街に住むマーサ（渡辺えり）の衣装店に身を寄せ、アスラが笑顔を取り戻すのを見てホッとする。人質となったタンダ（東出昌大）はスファル（柄本明）から、アスラに宿ったのは破壊神で、再び人々が恐怖に支配されるのを許すのかとただされバルサの逃亡先を教えてしまう。そのころ、サンガル王国にとらわれたチャグム（板垣瑞生）は何者かに命を狙われていた。
バルサ（綾瀬はるか）はシハナ（真木よう子）の脅迫状に従いロタ王国を目指す。野営地で狼（おおかみ）の群れに襲われるがアスラ（鈴木梨央）が一瞬で狼たちを殺してしまう。高笑いするアスラはまがまがしいものに支配されていた…。一方、サンガルにとらわれたチャグム（板垣瑞生）はろうから脱走するが舟をこぎ出すときに敵の銛（もり）を受け重傷を負う。それでも沖を目指すがヒュウゴ（鈴木亮平）の海賊船が現れ行く手を阻む！
バルサ（綾瀬はるか）はアスラ（鈴木梨央）と同じタル人を伴って都を目指すが、その影響でロタ人への憎しみを口にするアスラに「人を殺したいなんて二度と思わないでくれ」と繰り返し言い聞かせる。つり橋で武装集団に襲われ、自ら盾となってアスラたちを先に行かせるバルサに、背後からも矢が射られた…！一方、チャグム（板垣瑞生）はタルシュ帝国の属国となったヨゴに連行される。そこはヒュウゴ（鈴木亮平）の故郷でもあった。
バルサ（綾瀬はるか）はチャグム（板垣瑞生）がタルシュ帝国にとらわれたと聞き心を乱す。一方、タルシュ帝国の都に着いたチャグムは圧倒的な国力の差を目の当たりにする。王子ラウル（高良健吾）に謁見したチャグムは「国を滅ぼしたくなければ父を殺して帝（みかど）になれ」と命じられる。抵抗するチャグムの前にヒュウゴ（鈴木亮平）が連れて来られる。チャグムを属国へ連れて行ったことが裏切りとみなされたと言うのだ…！
アスラ（鈴木梨央）に味方と信じ込ませたシハナ（真木よう子）は、その力を利用してイーハン（ディーン・フジオカ）にロタ王国を統一させようとたくらんでいた。建国の儀が無事に終われば正統な王と認められるのだ。が、南部領主が異を唱え、更にタルの民がなだれ込み、儀式は大混乱に。シハナの幻術に惑わされたアスラが破壊神を降臨させようとした時、バルサ（綾瀬はるか）が「アスラに人殺しはさせない！」と飛び込んで来る…！
チャグム（板垣瑞生）がロタに向かったと聞いた二ノ妃（木村文乃）はバルサ（綾瀬はるか）を捜すよう命じる。チャグムが死んだと聞かされたバルサは無力感に襲われていたが、二ノ妃から用心棒に雇いたいとの伝言を受け、再び生気がよみがえる。チャグムが持っていた宝石を手がかりにツーラムの捜索を始めるが行方がつかめない。チャグムは既に南部大領主にとらわれていたのだ。じれるバルサの前にヒュウゴ（鈴木亮平）が現れる…！
武装集団に襲われたバルサ（綾瀬はるか）は相手がロタ王に仕える密偵と気づき、あえて捕まる。密偵の狙いはヒュウゴ（鈴木亮平）で、チャグム（板垣瑞生）を奪われまいと追っていた。そのチャグムはとらわれていた南部領主の屋敷を脱出するが、城を前に追っ手に囲まれる。その危機を救ったのはシハナ（真木よう子）だった。イーハン（ディーン・フジオカ）に謁見したチャグムは同盟を願い出る。そのころバルサも城を目指していた！
巨大な勢力を持つタルシュ帝国の第二王子・ラウル（高良健吾）は、今にも海を渡り新ヨゴ国に攻め入ろうとしていた。短槍（そう）使いの女用心棒・バルサ（綾瀬はるか）は、祖国である新ヨゴ国を守るために、隣国のカンバル王国、そしてロタ王国と同盟を結ぶべく動くチャグム皇太子（板垣瑞生）と共にカンバル王の元へ向かう。バルサにとってそのことは、封印された過去の秘密の扉を開ける旅でもあった。
バルサ（綾瀬はるか）とチャグム（板垣瑞生）はカンバル国に入り、国王・ログサム（中村獅童）がタルシュ帝国と通じていることを確信する。ジグロ（吉川晃司）の兄・カグロ（渡辺いっけい）との再会の中、バルサは、ジグロと父・カルナ（上地雄輔）の友情と深い悲しみを知る。そして、ジグロがバルサを連れて逃げた理由、バルサの記憶に潜む、カンバル王国の奥深くに潜んでいた陰謀がバルサの中で解き明かされる。
バルサ（綾瀬はるか）とチャグム（板垣瑞生）は、カンバル王国のヨンサ氏族領で医術師を続けている叔母・ユーカ（花總まり）を訪ねる。突然現れたバルサをめいだと信じられず戸惑うユーカに、バルサは、ジグロに育てられた経緯を話す。そして、ユーカの計らいでヨンサ氏族の長老・ラルーグ（武田鉄矢）にルイシャ贈りの儀式について教えを請う。そんな中、バルサは再び捕われ、カンバル国王・ログサム（中村獅童）に対面する。
ログサム（中村獅童）に挑発されたバルサ（綾瀬はるか）は、ログサムと激しい死闘を繰り広げるが、ラダール王子（中川晃教）によって阻止される。そのころ、新ヨゴ国では、チャグム（板垣瑞生）が生きている事実が聖導師（鹿賀丈史）に知らされる。ログサムはバルサの力を見極めるため王の槍（やり）と闘わせようとする。その時、相手としてカグロ（渡辺いっけい）が名乗り出る。バルサとカグロ、二人の闘いが始まる
バルサ（綾瀬はるか）の前でチャグム（板垣瑞生）は、カンバル王・ログサム（中村獅童）にタルシュ帝国の支配から民を守るためにロタ王国と同盟を結ぶことを進言する。しかし、ログサムは、バルサがルイシャ贈りの儀式で山の王を見事に負かすことができれば、ロタ王と手を結ぶことを約束。バルサはカンバル王国を守るためルイシャ贈りの儀式に向かう。そこで、バルサを待っていたものは…。
ログサム（中村獅童）が亡くなり、息子のラダール（中川晃教）がカンバル王国の新国王となる。ラダールは、バルサ（綾瀬はるか）とチャグム（板垣瑞生）にロタ王と手を結びタルシュ帝国と戦うことを誓う。そして、チャグムはバルサに別れを告げ、大軍勢を率いて戦へと旅立つ。そのころ、タルシュ帝国との戦いの中、タンダ（東出昌大）が負傷してしまう。
激しい戦火の中、タンダ（東出昌大）を探すバルサ（綾瀬はるか）は、逃れてきたマーサ（渡辺えり）やアスラ（鈴木梨央）たちと再会し共に絶望感に襲われていた。そんな中、コチャ（とまん）と出会い、偶然、タンダの居場所を聞き出し再会する。タンダは、コチャと姉・ヨーナ（マギー）に看病をしてもらっていたが、足のケガが原因で苦しんでいた。悪化したタンダの足をみたバルサは…。
チャグム（板垣瑞生）がロタ軍とカンバル軍を引き連れ、戦場に現れる。火の粉と黒煙を巻き上げる戦場で指揮し勝利に導く。新ヨゴ兵に出迎えられ、チャグムは、父・帝（藤原竜也）と母・二ノ妃（木村文乃）に再会。そのころ、バルサ（綾瀬はるか）とタンダ（東出昌大）は、青霧山脈での異変をトロガイ（高島礼子）に相談に向かう。民衆に軍神が舞い降りたと崇（あが）められたチャグムに対し、帝（みかど）が取った行動は…。
バルサ（綾瀬はるか）と捕らわれの身であるタンダ（東出昌大）は、魂をトロガイ（高島礼子）の元に飛ばし、ナユグに春がきたことを伝え、光の鳥を飛ばし人びとに早く逃げるよう警告することを提案。そのさなか、タルシュ帝国が滅びる。やがて一気に濁流が押し寄せ、川の水が増水。大勢の人たちが逃げまどう。新ヨゴ国の都は消えてなくなるのか？ 再び離ればなれになったバルサとタンダは再会できるのだろうか…。
