Am Weihnachtsabend vor 10 Jahren, trafen Mana, Shu und Gai in der Kirche zum ersten Mal aufeinander. Das ist die Geschichte, die jeder kennt. Die Frage die jetzt auftaucht ist: Wo waren ihre Eltern?
Mana has almost taken control of Inori's body and Gai tells his father, Shuichiro, that the Apocalypse will be coming and announces it to the world that the Leukocyte will destroy Earth on December 25th. The remnants of the Undertakers and the Kuhouin Group escape Japan on a ship along with the students of Tennouzu where Shibungi, who was released by Gai, gives Shu a journal by his father which reveals the Apocalypse virus history. In 2013, Shuichiro was a Professor researching on Genomic Resonance and befriended Shu's father Kurosu, who the latter was interested in the former's work. In 2017, Kurosu meet his future first wife, Saeko Shijou, a fellow colleague whom he marries after she became pregnant with their first child, Mana. But in 2022, a meteorite crashes on Earth and was discovered by Mana and Saeko. Shuichiro and Shu discovered a virus inside the meteorite which reacts when the Genomic Resonance was used.
2039年12月25日。今ある世界は終わり、新たな世界が始まる。
ガイから全世界に向かって宣告される淘汰の時、“四度目の黙示録”。
供奉院家の後ろ盾を受け、戦いの準備が進められる中、シュウの父、桜満クロスの日記が届けられる。そこには、実ることなく交錯していった一つの友情と共に、始まりの物語が綴られていた。
力を手放そうとするシュウに託される命。――友と辿り着いた真意を武器に変え、シュウは運命の相手に臨む。
아포칼립스와 보이드에 대한 진실이 하나하나 밝혀진다.
이브가 된 마나와 아담으로 점찍힌 슈. 그리고 만들어진 아담 후보 트리톤.
천재 연구자였던 쿠로스와 이에 질투하던 케이도의 진실까지...
En la víspera de Navidad hace 10 años, Mana, Shu y Gai se conocieron por primera vez en la iglesia. Esa es la historia que todos conocen. La pregunta ahora es: ¿dónde estaban tus padres?
涯向世界宣佈，要在12月25日發動世界規模的失落的聖誕。為了阻止涯，民間軍事公司將同倉知一眾匯合，在倉知的邀請下，集也決定加入這次戰鬥。就在這時，涯拜託四分儀將櫻滿黑巢博士的日記交給了集，通過日記的記載，集瞭解到了當時失落的聖誕造成的原因，並且得知他的父親最早發現了AP病毒的真相和解決方案。
25 dicembre 2039: finisce il mondo come lo conosciamo e ne inizia uno nuovo. Viene dichiarata la quarta apocalisse e Shu affronta il suo fatidico nemico.
25 grudnia 2039 roku. Świat, jaki znamy, już nie istnieje. Zaczyna się nowy porządek. Na całym świecie ogłoszono czwartą apokalipsę. Shu staje twarzą w twarz z wrogiem.
