One day, Kasuga Nozomi encounters a strange boy at her high school, who sends her across time and space to Kyou, a place in another world that bears a strong resemblance to Kyoto towards the end of the Heian period. There, the Minamoto clan ("Genji"), led by Minamoto no Yoritomo, is at war with the Taira clan ("Heike"), led by Taira no Kiyomori. The Heike hope to defeat the Genji by releasing vengeful spirits to disturb the earth's natural flow of energy and to terrorize the land. The boy is revealed to be the human form of Hakuryuu, the White Dragon God that protects Kyou, who is weakened by the presence of the vengeful spirits. As the Hakuryuu no Miko (Priestess of the White Dragon God), Nozomi allies herself with the Genji because Hakuryuu cannot send her home until his power is restored...
Es sind wieder 100 Jahre vergangen nach dem Ende von Harukanaru Toki no Naka de 2 (200 Jahre nach der TV-Serie). Eines Tages trifft Kasuga Nozomi einen seltsamen Jungen an ihrer Schule, der sie durch Raum und Zeit zu einem Ort namens Kyou schickt, welcher starke Ähnlichkeit mit der Stadt Kyoto, wie sie zum Ende der Heian-Zeit aussah, hat. Zu dieser Zeit führt der Minamoto-Clan (genannt Genji) Krieg gegen den Taira-Clan (gennant Heike). Die Genjis hoffen, dass sie die Heikes besiegen können, indem sie rachsüchtige Geister entfesseln, um den natürlichen Energiefluss der Erde zu unterbrechen und das Land terrorisieren. Der Junge offenbart sich als die menschliche Form von Hakuryuu, dem weißen Drachen und Beschützer von Kyou, welcher durch die Präsenz der rachsüchtigen Geister geschwächt wird. Als Priesterin des weißen Drachen verbündet sich Nozomi mit den Genjis, denn Hakuryuu kann sie nicht wieder nach Hause schicken, solange seine Macht durch die Geister geschwächt wird ...
