女性にしか扱えない飛行パワードスーツ「IS」。 その操縦者を育成するための学校、「IS学園」は、世界各国より集められた代表候補生の少女達が通う女子校である。 ところが、男でありながら何故かISの起動が出来てしまった主人公・織斑一夏は、IS学園に強制入学させられてしまう。 幼なじみの箒をはじめ、可愛らしくも逞しい女の子達に囲まれたスクール・ライフが幕を開ける!
イギリス代表候補生、セシリア・オルコットとクラス代表の座を賭けて対戦することになった一夏。 箒との特訓もろくに成果が上がらないまま迎えてしまった試合当日、ついに一夏の専用IS、「白式」が到着する。 純白のその機体を纏い勝負に挑む一夏、対するセシリアは鮮やかな青き機体、「ブルー・ティアーズ」を駆る! 果たして試合の行方は……。
セシリアとの対戦から、周囲の女子達の一夏への興味は高まるばかり。 その状況が気に入らない箒は相変わらず素直になれない。そんな中、隣のクラスに中国代表候補生・凰鈴音が転校してくる。 クラス代表選手として一夏のクラスへ宣戦布告にやって来た鈴は、一夏の二人目の幼なじみだった。 昔、一夏と大切な約束を交わしたのだと言うが……。
クラス対抗戦の第一回戦は一夏VS鈴。鈴の専用IS、「甲龍」の破壊力の前に一夏は苦戦を強いられる。 そんな中、突如、試合会場アリーナに全身装甲の不気味なISが乱入し、一夏と鈴を襲い始める。 二人は力を合わせ、謎のISの撃退を試みるが……。
フランスからの代表候補生として、金髪の美少年、シャルル・デュノアが転校してきた。 一夏に次いで二人目の男のIS操縦者とあって、女の子達は興味津々。 一夏も同じ境遇の男の友人が出来たと喜び、何かと行動を共にする。 しかし、シャルルはある大きな秘密を抱えていて…。また、ISの実習授業では、癒し系教師、山田先生の意外な一面が明らかになる。
ドイツからの代表候補生、ラウラ・ボーデヴィッヒが転校してきた。 銀髪の美少女の外見とは裏腹に、いきなり一夏にビンタを食らわせ、その後も好戦的な態度のラウラ。 彼女の一夏への憎悪の理由とは……。 一方、ルームメイトの金髪美少年、シャルル・デュノアの秘密が、シャワールームにてついに明かされる!
「学年別トーナメントで優勝したら、一夏とつきあえる」という噂が広まり、色めき立つ女子生徒達。 ヒロイン達も一夏へのそれぞれの想いを抱えて特訓に励んでいた。 そんな中、ドイツ第三世代機「シュヴァルツェア・レーゲン」を纏ったラウラが、鈴とセシリアに戦闘を持ち掛ける。 騒ぎを聞きつけ、戦闘場所へ駆けつけた一夏が目にしたものは、鈴とセシリアに対するラウラの一方的な暴虐だった。 二人を助けるべく、ラウラに向かって行く一夏だったが……。
学年別トーナメントの第一試合の組み合わせは、一夏・シャル組VS箒・ラウラ組だった。 ラウラの専用ISシュヴァルツェア・レーゲンに装備された第三世代型特殊装備に対し、一夏・シャル組は抜群のコンビネーションでラウラを追い詰めていく。ラウラの中で力への想いが極限に達した時、シュヴァルツェア・レーゲンから激しい放電が走り、その形が禍々しく歪み始める……。
臨海学校を直前にして、水着を買いにショッピングモールへと来た一夏とシャル。 まるでデートのような状況にときめくシャルの後ろを、鋭い目つきで尾行する鈴・セシリア・ラウラの姿があった。 一方で、箒は自分も専用ISを手にしたい思いが募り、因縁深きとある人物へと電話を掛ける。 それぞれの想いが交錯する中、水着だらけの臨海学校が幕を開ける!
旅館での夜。温泉あり、わさびあり、怪しい(?)マッサージありと、臨海学校を満喫する一夏たち。 一夜明け、実習訓練にIS専用機持ちだけが集められ、その中には箒の姿もあった。 そこへ、IS開発天才博士にして箒の実姉である篠ノ之束が登場し、ついに箒の専用IS「紅椿」をお披露目する。 その驚異的なスペックに唖然とする一同。 その時、試験稼働中のIS「銀の福音」が暴走したとの連絡が入り……。
一夏と箒は、暴走IS「銀の福音」の撃墜へと向かった。 しかし、専用IS「紅椿」を手に入れたばかりの箒は力の使い方を見誤り、一夏に大怪我を負わせてしまう。 強さとは何かを見失った箒は、もうISは使わないと心に決めるが……。
銀の福音と箒たちヒロインの激戦が続く中、昏睡状態の一夏は不思議な少女の夢を見る。 「力を欲しますか?」一夏がその問いに答えた時、白式の第二形態「雪羅」が発動する! 福音戦最終決戦、果たしてその結末は……。
夏休み開幕！一夏とのひと夏の思い出を願う5人のヒロイン達が、一夏の家に大集合！ また、篠ノ之神社の縁日では五反田蘭も再登場し、恋愛バトルの花火が打ち上がる！戦いの末、最後に一夏の隣に立つのは……？
夏休みも残り僅かとなり、一夏との思い出作りに想いをはせるヒロインたち。 そんな中、街へと買い物に来たシャルロットとラウラは、とんでもない事件に巻き込まれ…！？ そして「夏の終わりに縁日デート」という一枚のチラシから巻き起こるラブ・バトル！ プールに水着に浴衣に縁日！ 一夏をとりまく華やかでにぎやかなヒロインたちの繰り広げるハイスピード学園バトルラブコメ、堂々の再起動！
夏休みも終わりを告げたIS学園二学期、全校集会で壇上に立つは、ついに姿を現したIS学園最強の実力を誇る生徒会長、「更識楯無」！ 一夏に近づく彼女の目的とは一体…！？ 一方で、一大行事「学園祭」の準備も始まり、波瀾万丈な新学期、スタート！
学園祭、開催！ メイド服にチャイナドレスと、ヒロインズの麗しい姿が咲き乱れる中、一夏の前に新たなる敵の影が……！？ そして始まる、生徒会の出し物、『観客参加型演劇』！ 王子様の王冠をめぐり、硝子少女達の透色和音が鳴り響く！
謎のIS搭乗者「巻紙礼子」に襲われた一夏。「白式」を装着し応戦する一夏だったが、敵の目的はその「白式」そのもので……！？ 果たして、巻紙の正体とは！？ そして、ミステリアスな生徒会長――更識楯無の秘密がついに明かされる！
突然、何者かにさらわれ、見知らぬ部屋で目覚めた一夏。 目の前には謎の特設ステージが広がり、そこには見たことのない姿のヒロインたちが……！？ 今宵、前代未聞の対決が、幕を開ける！ はたして、優勝の栄冠に輝くのは誰なのか――！？
「織斑マドカ」と名乗る少女の出現、ファントム・タスクの影……。一夏の周りに不穏な空気が立ち込める中、白式の装備が呼び出せなくなるという事態が起こってしまう。 自らの意志でボディーガードを買って出るシャルロットだったが、そんな彼女自身にも信じがたい異変が起こる……！？
楯無の妹、「更識 簪」登場！ その物憂げな瞳の奥に秘められた複雑な思いとは……！？ 一方で、なりゆきで箒は一夏と雑誌の取材を受けることに！ 初めてのインタビューに、初めてのモデル撮影……。大人のムード漂う撮影スタジオで、箒と一夏の距離は縮まるのか――！？
簪とタッグマッチトーナメントのペアを組むべく、近付く一夏。しかし、簪は頑なに心を開かない。そんな中、ひとり、打鉄弐式の飛行テストを試みる簪だったが、突然、空中で機体脚部から火花があがり――！？ 一方で、楯無は箒をトーナメントのペアに誘う。交錯する姉妹の想い、その行方は……！？
タッグマッチトーナメント、開催当日。 絶望の中の簪だったが、トーナメントへの参加だけはと、重い足取りでアリーナのピットへと向かう。そこに突如、何者かの襲撃を知らせる警告音が鳴り響き――！？ 専用機持ちVS襲撃者、その激戦の結末とは……！？
一夏を巡るライバルに簪が加わり、ますます激化するヒロインズの争い。そんな中、ISスーツの強化を計るための身体測定が行われ、その測定係に一夏が任命されてしまい……！？ そして、ついにあの最恐兵器……「セシリアの手料理」が再びIS学園に恐怖をもたらす！
IS学園修学旅行、スタート！ 紅葉舞い散る秋の京都を舞台に、ここでもヒロインたちの恋愛バトルが勃発！ 華やかな賑わいの中、一夏はひとり、自身の過去の記憶を振り返る。 一方、亡国機業が再び忍び寄り……。
カメラを探す一夏のもとに再びエムが現れる。 そして一夏を心配して探す箒とセシリアには改良型アラクネが襲いかかり、一行のモノレールもジャックされる大ピンチ！ 紅葉の京都に、バトルと恋が真っ赤にもゆる怒涛の最終回！
ゴーレムＩＩＩの襲撃を受けそれぞれの専用機がメンテナンスを余儀なくされてしまったＩＳ学園。一夏は『白式』と共にその開発元である倉持技研に向かうが、学園には黒い陰謀が忍び寄っていた…。
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