エイルシュタットの公女フィーネは、軍事大国ゲルマニアによる侵略を未然に防ぐため、2人の護衛とともに身分を隠して列車に乗り、隣国ヴェストリアでの秘密会談へと向かっていた。 しかし、車内で臨検を行っていたゲルマニアの憲兵に素性がばれて追い詰められてしまう。
ゲルマニアの輸送機から脱出したフィーネとイゼッタは、国境を超えてエイルシュタットに戻ろうとするが、ゲルマニアのエースパイロット・バスラー大尉の編隊に発見されてしまった。イゼッタはフィーネを守るため、祖母の言いつけを破り、魔女の力で戦うことを決意する。
廃棄された館に避難したフィーネたち。イゼッタは、エイルシュタットを守るために自分が戦うと進言するが、フィーネはイゼッタを巻き込みたくないと断る。そんな最中、エイルシュタット防衛の要であるケネンベルク要塞が、ゲルマニア軍の激しい爆撃を受けているとの報せが届く。
イゼッタの力で、ケネンベルク要塞に侵攻してきたゲルマニア軍は退けることができた。しかし、病に伏せっていた大公ルドルフが勝利の報せを聴いた直後に崩御。宮殿に戻ったフィーネは物言わぬ父との再開に涙する。同じ頃、ゲルマニアの皇帝オットーの下にもケネンベルクの戦いの報告が届いていた。
イゼッタとフィーネは共に力を尽くして、「みんなが明日を選べる国」を作ることを誓い合う。そして、フィーネの大公即位式、多くの国民や各国のマスコミが見守る中で、イゼッタはライフルに跨って空を飛び、無数の剣を操って魔女の力を披露。エイルシュタットの白き魔女の存在は世界へ知れ渡った。
ビアンカたち近衛の活躍により、場所によっては魔法が使えないというイゼッタの弱点を隠したまま、ゲルマニア軍を撃退したエイルシュタット。宮殿にも久方ぶりの平穏な時間が訪れ、フィーネはイゼッタにやりたい事や行きたい場所はないかと尋ねる。ところが、それを聞きつけたエルヴィラが……。
ゲルマニアと敵対する同盟国家の首脳会議がブリタニアで開かれる事になった。フィーネは、同盟国らの大陸への出兵を促そうと、イゼッタとともに会議へと出席。イゼッタのちからを証明するために、ゲルマニアが新たに建造した空母を破壊してみせると宣言する。
空母ドラッヘンフェルスを沈めたイゼッタは、その疲れからか熱を出し、レッドフォード卿の館で寝込んでいた。その頃、ゲルマニアの特務リッケルトは、単身エイルシュタット領内に潜入。エイルシュタット軍に潜伏している工作員ローレンツと合流しようとしていた。
空母ドラッヘンフェルスの撃破から約 3ヶ月。ゲルマニア軍に大きな動きが無い中、イゼッタは近隣諸国のレジスタンス活動を支援。「エイルシュタットの白き魔女」の名は、ゲルマニア反攻勢力の旗印として世界中に知れ渡っていた。しかし、ジークは一抹の不安を覚え……。
蘇った伝説の白き魔女ゾフィーとの戦いにイゼッタが敗れてから、わずか2時間後、首都ランツブルックが陥落。宮殿にもゲルマニア軍が押し寄せる中、フィーネと側近たちは近衛だけが知る隠し通路を使い脱出を図る。さらに、ケネンベルク要塞もゾフィーの攻撃を受け……。
首都ランツブルックは、ゲルマニア軍により占拠。フィーネやイゼッタたちが潜伏しているアルプス山中の隠し砦跡も、ヘイガー中佐の率いるゲルマニア帝国親衛隊により発見されてしまう。 ヘイガーはフィーネをおびき出すために、人質の兵士を連れてきて……。
ゲルマニアを裏切ったベルクマンからの情報により、ヴェストリアで開催される首脳会議の会場を目指すフィーネたち。しかし、検閲でバスラーに見つかってしまう。その頃、ゲルマニア南部のルーゲンバッハ基地では、イゼッタとゾフィーの戦いも幕を開けていた。
