東京でいつもと変わりない一日を過ごしていた武藤家の4人。だが、突如地震が日本列島を襲い、彼らだけでなく国中が大混乱に陥る。
避難していた神社に増水による危機が迫っていると知り、武藤家は近所に住む七海や春生とともに、東京からの脱出を試みる。
悲劇やトラブルに見舞われながらも、西を目指して進み続ける一行に、エストニアを拠点に活躍していた人気ユーチューバーのKITE(カイト)が加わる。
スーパーで一夜を過ごした後、度重なる地震のせいで移動を余儀なくされた一行は、店主とともに避難する道すがら、イギリス人ヒッチハイカーと出会う。
シャンシティというコミュニティで歓迎を受ける一行。そこでマザーと呼ばれている女性には死者の声を聞く力があると知り、歩とマリが言い争いになる。
逃げようとした国夫が、コミュニティ内で監禁される。寝たきりの老人がモールス信号で必死に警告を伝えようとしていることに気づく歩。
到着した港では、日本を脱出する船の乗客を選出する手続きが行われていた。だが、スポーツ選手の特別枠に選ばれた歩以外、誰も乗船できないという...。
日本列島が沈没していくなか、漁船で海へ逃げるも船が難破してしまう。マリたちとはぐれた歩と剛は、励まし合いながら救命ボートで海を漂流する。
ボートに乗った生き残り組が、KITEと小野寺の2人と再会。その後、日本を救う手がかりを求めて、研究所を示す座標の場所を目指す。
小野寺のデータには、日本が再び隆起する場所の地図情報が含まれていた。仲間を救うため、KITEは気球に乗ってネット接続を試みる。
