2023年､東京｡東山栄一総理は､世界環境会議で地球物理学の権威である世良徹教授のもと､海底岩盤の隙間に存在するCO2を排出しないエネルギー物質をパイプを通して抽出するシステム｢COMS(Celstec Origin Mining System)｣のさらなる推進を高らかに表明した｡さらに官房長官の長沼周也は､東山が"未来の日本"を見据えて各省庁の優秀な若手官僚たちを集めた"日本未来推進会議"を発足すると発表｡そのメンバーに環境省の天海啓示､経産省の常盤紘一も選ばれていた｡目的達成のために強引な手段もいとわない天海は､自身の提案を通したいがために東山総理にすり寄り､同時に総理の抵抗勢力である政界のドン･里城弦副総理をも懐柔しようとする｡さらには､両者に顔が利く｢生島自動車｣会長兼経団連会長の生島誠を同期の常盤に紹介してもらい､近づいていく｡そんな折､ネットに関東沈没へ警鐘を鳴らす田所雄介の記事が載る｡この記事が原因で､一部の団体がデモを起こし､天海は事態収束のために田所と対面する｡しかし､田所は天海の話に一切耳を傾けず､｢近い将来､伊豆沖で島が沈没する｡その島の沈没は､私が恐れてきた関東沈没の前兆になる｣という不気味な予言を放ち､天海は翻弄される｡そんな矢先､天海は週刊誌･サンデー毎朝記者の椎名実梨に｢Dプランズ｣という環境ビジネスで稼ぐ企業と環境省のあらぬ癒着疑惑を突きつけられる｡一抹の不安を抱えつつ､常盤と共に趣味のスキューバダイビングに出かけた天海は､そこで衝撃的な出来事に遭遇する…｡
居酒屋でバイトをしながら画家の夢を追いかける山田愛(与田祐希)｡ある日､バイト先の居酒屋で､常連客から夢を叶えてくれるおまじないの話を聞く｡伊豆にある日之島という無人島で拾った石を肌身離さず持ち歩けば叶うというのだ｡愛は早速､伊豆行きの深夜バスを予約する｡そんな中､ほかの客席に座っていた蒔田奇跡(板垣瑞生)が愛を見つめていた｡愛は､ある客がお勘定と一緒に残していった｢日之島には近づくな｣と書かれた紙を見つけるが…｡そして､奇跡は愛に声をかける｡これがのちの運命を大きく左右する出会いとなった｡
田所博士(香川照之)の予測通り､日之島が沈んだ｡それは関東沈没の前兆が起きたということになる｡環境省の天海啓示(小栗旬)は日本未来推進会議で､対策を早急に行うように訴えるが､地球物理学の最高権威･世良教授(國村隼)は日之島が沈んだのは､ただの地滑りだと真っ向から否定し､東山総理(仲村トオル)と共に会見を開き､説明を行う｡納得がいかない天海だったが､週刊誌に天海が企業から不正にお金をもらっていたという記事が掲載される｡疑惑を否定する天海の言い分は聞き入れられず､環境省では謹慎処分となり､未来推進会議からも外されそうになってしまう｡絶体絶命のピンチの中､天海は田所から｢解決の糸口になるかもしれない｣と､海上保安庁の海底調査のデータを入手するように頼まれる｡天海は経産省の常盤紘一(松山ケンイチ)にデータの入手をお願いするが…｡一方､記者の椎名実梨(杏)は､天海の地元･愛媛に行き､天海の母･佳恵(風吹ジュン)に接触を図っていた｡そこで椎名は重要な情報を入手する｡内外に追い込まれていく天海と田所｡国民を守るために､逆転の一手を打つことはできるのか!?
日之島に行かないほうがいいという奇跡(板垣瑞生)の助言のおかげで､日之島沈没の惨事に巻き込まれずに済んだ愛(与田祐希)｡後日､愛は居酒屋を訪れた奇跡に､お礼に何かおごらせてほしいと申し出る｡奇跡のリクエストは､これまで食べたことがないというカップラーメン｡2人は深夜の公園で会話を弾ませ､距離を近づけていく｡そんな中､愛が隠していた過去､13年前に事故死した両親のことに話が及ぶ｡吹雪の中､自分が両親を食事に送り出したせいだと､今も自身を責め続けている愛に､優しい言葉を掛ける奇跡｡そこで､愛は…｡
｢関東沈没が1年以内に始まる｣という田所博士(香川照之)の分析報告を総理官邸で聞いた天海(小栗旬)は､対策の緊急性を強く訴える｡しかし､里城副総理(石橋蓮司)は田所を詐欺学者と決めつけて相手にせず､東山総理(仲村トオル)もすぐには決断できないでいた｡その頃､天海と共に危機感を募らせる常盤(松山ケンイチ)に､記者の椎名(杏)が接触してくる｡彼女は田所が総理官邸に招かれたことで､ただならぬ事態が起きていると感じていた｡その夜､常盤は常盤グループ会長で父親の統一郎(小野武彦)に呼ばれる｡呼ばれた先には､里城がいた｡そこで､同期である天海の人間性や関東沈没説に対する見解を聞かれ……｡そんな中､日本未来推進会議で関東沈没への対策を議題に検討会が開かれた｡その席で天海が､地球物理学の世界的権威であるアメリカの教授･ジェンキンス(モーリー･ロバートソン)が田所博士の分析を支持したことを告げると､会議は一気に緊迫感を増す｡各省庁の代表それぞれの視点から論争が繰り広げられる中､国民にどう伝えるかで天海と常盤の意見が割れてしまう｡そして､その裏には里城副総理の影が…｡四千万人の国民の命か…国の経済か…天海が決断へ､一歩踏み出す!
いきなり奇跡(板垣瑞生)に告白し､付き合うことになった愛(与田祐希)｡さっそく､幼なじみの純太(福山康平)と北海道にいる兄の誠(福山翔大)に報告する｡2人がそれぞれ衝撃を受けているのをよそに､愛は奇跡との初デートでレインボーブリッジへ｡そこで､愛は奇跡の子どもの頃からの悩みを聞く｡｢生まれながらにして将来が決まっていて､自分には夢がない｣と話す奇跡｡そこで初めて愛は､奇跡が大病院の御曹司だということを知る｡そんな中､奇跡は父に呼び出されて…｡
新聞に「半年以内に関東圏沈没」の記事が出た。里城副総理(石橋蓮司)や長沼官房長官(杉本哲太)がネタ元の特定に躍起になっている中、東山総理(仲村トオル)は椎名(杏)を呼び出し問い詰めるが、椎名は東山が会見をするべきだと伝える。その後、天海(小栗旬)とも話した東山は、会見を開くことを決意。そこで、時期や確率は明確にしなかったが、関東沈没の可能性が総理の口から語られたことで、人々は大混乱に陥る。東山の命により危機対策が日本未来推進会議に委ねられて、常盤(松山ケンイチ)を中心に迅速な対応が進んでいく。そんな中、ワイドショーで関東沈没の現状を赤裸々に話す田所(香川照之)。それは東山が発表していない情報で、勝手な告発に常盤は怒りを抑えられない。一方で、毎朝新聞にリークしたのも天海ではないかという疑念がぬぐえずにいた。天海と常盤の間に不穏な空気が漂う中、二人は企業からの支援を募るために、経団連会長の生島(風間杜夫)に会いに行った。すると、そこには思いがけない人物が…。
恐れていた関東沈没が突然始まり、首都圏を中心に深刻な打撃を受けた。沿岸部にいた天海(小栗旬)と椎名(杏)も関東沈没に巻き込まれて、その被害を受ける。さらに、天海の妻・香織(比嘉愛未)と娘の茜(宝辺花帆美)、椎名の母・和子(宮崎美子)らが乗った避難バスが、トンネル崩落事故に巻き込まれたという情報も入る。そんな中、東山総理(仲村トオル)は総理官邸の災害対策本部から、国民に向け全力の対応を約束する。そして、常盤(松山ケンイチ)ら日本未来推進会議のメンバーは、不安を感じながらも東山総理の指示の下、被害状況の把握や被災者の救助などの対応にあたっていた。今や政府も国民も注目しているのは、第二波がくるのかどうか。昼夜を徹してデータの検証作業を行っていた田所博士(香川照之)が一つの結論に達する。導き出したこととは…？
日本未来推進会議に天海(小栗旬)が戻って来た。首都東京の復興に向けて、取り組む決意を誓い合う。国民も日常を取り戻しつつあり、政府でも、復興に向けた議論が進められていた。その復興計画をめぐり、東山総理(仲村トオル)と里城副総理(石橋蓮司)は再び対立。関東沈没を経て、東山も里城に立ち向かう覚悟を決めていた。しかし、東山主導のもと、未来推進会議が進めていた復興計画に突如ストップがかかる。里城が東山の覚悟を上回る奇策を講じてきたのだ。そんな中、天海は田所博士(香川照之)に呼ばれる。そこで伝えられたのは日本沈没、という事実。1億2千万人の命を救うために、動かなくてはいけなくなる。ただ、里城だけはその事実をいまだに認めていない。天海は独断で、国民の命を救うためにできることをやろうとするが、高い壁に阻まれる。そんな中、衝撃の出来事が起こる！
日本沈没の機密情報を漏洩した疑いで、田所博士(香川照之)が東京地検特捜部に連行された。国家機密とされていた日本沈没も里城副総理(石橋蓮司)主導のもと、なかったことにされようとしていた。追い討ちをかけるように、著名なジェンキンス教授(モーリー・ロバートソン)も日本沈没を否定。企業の協力も得ることができず、天海(小栗旬)は、窮地に追い込まれる。一方、Dプランズから政府に接触があり、海外の土地購入の話を持ちかけてくる。秘密裏に動くべく、東山総理(仲村トオル)は、その土地の購入を決断。そんな中、天海は椎名(杏)の協力を得ながら、田所を陥れたい人物を特定しつつあった。その人物とは……？そして、すべてが明らかになった時、世界との駆け引きが始まる。果たして、日本人総移民の希望を見出すことができるのか。
アメリカの会見を受けて、中国は日本政府との移民交渉を完全に遮断。世界各国も中国の動きに同調し、もはや世界との移民交渉の窓口は閉じられた。また、日本沈没という情報が全世界に知れ渡り、日本国内でも政府や東山総理(仲村トオル)に対しての怒りやデモは日増しに高まっていた。そんな中、中国に再度交渉をしに行った日本政府は、到底不可能な条件を突きつけられる。天海(小栗旬)と常盤(松山ケンイチ)は、何とか移民交渉を進めるために中心となって動くが、なかなかうまくいかない。八方塞がりの中、田所博士(香川照之)からは日本沈没はいつ起きてもおかしくないという話を聞かされる。追い込まれた天海は、唯一の打開策を思いつくー。それは、中国に対しての一か八かの危険な賭け。里城副総理(石橋蓮司)の協力も得て、その賭けに出る天海だったが…。そして、衝撃的な出来事が待ち受けていた…。
東山総理(仲村トオル)を狙ったテロのニュースは、全世界に大きな衝撃を与え、国民の不安は益々高まる。国内の情勢が不安定と判断されて移民計画に影響することを恐れた日本政府は、早急に里城副総理(石橋蓮司)を総理代行にして世界へアピール。そして、日本人が未来に希望を持てるよう天海(小栗旬)たちが移民計画を進行していた矢先に、さらに予期していなかった悲劇が起こってしまう…。
天海(小栗旬)、常盤(松山ケンイチ)ら未来推進会議が中心となり、日本人移民の変異株感染による事態の打開に挑むが、状況は改善しない。そして、遂に全世界で日本人移民の受け入れ停止が発表される。そんな中、追いうちをかけるように田所博士(香川照之)から、「日本沈没までもう時間がない」と警告される。それでも最後の一人を救うまで、天海は関東に残って立ち向かう決意をする。そして、ついに恐れていた日本沈没がー。天海や常盤は、無事なのか…日本人にとって希望のひととなれたのか！？日本の未来は！？
関東沈没説の報道を受けて住民の避難が進む中、愛(与田祐希)は奇跡(板垣瑞生)からの連絡が1週間も途絶えていることに不安を募らせていた。その後、勇気を出して奇跡に会いに行こうと決めた愛は、蒔田総合病院へ。するとそこには、愛を心配して病院に先回りしていた純太(福山康平)がいた。純太いわく、奇跡と病院長である父親(渡辺裕之)は海外に避難したとのこと。しかし、自分に黙って奇跡が遠くへ行くとは信じられない愛は、アルバイト先の居酒屋へ。客のいない店内に残っている店長(鈴木もぐら)と話をしていると…。
病院に戻った奇跡(板垣瑞生)。一方、愛(与田祐希)は、純太(福山康平)と共に沈みゆく東京にとどまりサバイバル生活を続けていた。そんな中、純太は給水所のラジオから、蒔田総合病院が建っていた場所も沈んだという情報を得る。そして、2人は奇跡を探す旅に出るが、そこで奇跡が命を落としたという話を聞く。動揺する愛を純太は放っておくことができずに抱きしめて…。
奇跡(板垣瑞生)が亡くなったと聞かされ、衝動的に病院の屋上から飛び降りようとした愛(与田祐希)。｢お前が好きだ。だから死ぬな｣という純太(福山康平)の告白で踏みとどまったものの、愛は本来の自分を見失って前向きになれずにいた。しかし、自分の絵を好きだと言ってくれた奇跡や両親のことが頭をよぎり、目指すべき道を思い出す。そして、高架下の壁に“なりたい自分”を象徴する絵を描いた愛は、その絵を純太に見せ、告白の返事をする。
日本全土が沈没する危機にあると知った愛(与田祐希)、奇跡(板垣瑞生)、純太(福山康平)、誠(福山翔大)。コンピューターの抽選で国民の移住先の国が決まることとなり、愛たちも移民申請の準備を始める。そんな中、知らず知らずのうちに愛や誠に頼っていた自分に気付いた純太は、移住を機にひとりの道を進む決心をする。
あれから3年。沈没を免れた北海道で診療所を開いた奇跡(板垣瑞生)と暮らす愛(与田祐希)は、移住先になじめなかった日本への帰還者たちを受け入れる歓迎会の準備に追われていた。この日は記者・椎名実梨(杏)も取材のため北海道を訪れ、愛は久々に再会した彼女から、天海啓示(小栗旬)や常盤紘一(松山ケンイチ)のその後のことを聞く。一方、別の道を進んだ純太(福山康平)や誠(福山翔大)は移住先の国にいた。難局を乗り越え、愛と奇跡が思うこととは…。
