明治六十四年、東亰市。古書店を営む店主・雪村は、政府に仇なす者を秘密裏に抹殺する『鵺(ぬえ)』の処刑人の一人。雪村は『鵺(ぬえ)』の仲間である月城、花風と共に東亰城の完成披露祝賀会で慶喜暗殺を企む反体制派組織首領・蛇埜目の駆除を任される。祝賀会に潜入し手がかりを探る月城と花風。一方、地下道で待ち伏せる雪村。彼女の前に現れたのは蛇埜目が生み出した獣(けもの)異形(いぎょう)。青き血の力で変身した雪村は獣と対峙する。
盗まれた名簿を元に徳川政府の要人達が殺されていく。『鵺(ぬえ)』の中に裏切り者がいると踏んだ仁は、月城に裏切り者の捜査を、雪村と花風に金庫番・恭子の護衛を命じた。その一方、雪村不在の古書店に姿を現した月城は、浅陽にとある薬を渡す。
金庫番の殺害を命じたのは仁であり、慶喜の要望だった。やるせない雪村を月城は察するも、復讐の過程で浅陽の身に危険が迫ることを示唆、離別を助言する。揺れる雪村はある決断を下す
浅陽を連れ去ったのは、仇敵・蛇埜目だった。救出に向かう雪村を、力ずくで止めようとする仁。だが月城の裏切りによって雪村も拉致されてしまう。ついに蛇埜目と邂逅(かいこう)した雪村は激昂し、刃を抜く。
仇敵、蛇埜目を倒し、生きる目的を見失ってしまった雪村。「鵺」を裏切り、逃亡する月城。組織から抜けようとする花風。それぞれの道を歩もうとする処刑人たちに、新たな敵の魔の手が迫る。
雪村に飲ませた毒薬は仮死状態になる薬だった。浅陽は月城からの助言を思い出しながら、周囲を欺き、雪村と逃げるべく奮闘する。その頃、慶喜に呼び出された仁は、月城が持つ蛇埜目の新薬を奪い返し、新薬の材料である青き血を持つ雪村を献上するよう命じられる。
地方へ逃亡した雪村と浅陽は、廃寺の主・凛子の世話を受けて穏やかな生活を送る。一方で仁は反体制派の轟(とどろき)を捉え、月城が残りの機密文書を探していると知る。機密文書を得た月城は、鴉森一族事件の真実を伝えるため廃寺を訪ねるが、気の抜けた雪村に失望する。月城は青く光る、蛇埜目の新薬を見つめる。
獣(けもの)異形(いぎょう)に変化した月城と、雪村は刃を交える。苦戦を強いられるも、月城にとどめを刺す機会が訪れる。が、浅陽と交わした“もう誰も殺さない”という約束を思い出し、躊躇する。自分を思ってくれない雪村に寂しさを感じる月城。とその時、疾風と同時に黒い影が過ぎ、雪村の前には残酷な現実が広がる。
仁は雪村に処刑人に戻るよう命じ、東亰へ戻った。躊躇する雪村の前に現れたのは廃寺の主･凛子。彼女もまた『鵺 (ぬえ) 』の処刑人だった。凛子と共に自分の故郷を訪れた雪村は、生き残った責任を果たすべきだと東亰へ向かう。政府への反感が高まる中、変わらずに佇む古書店の中で雪村は月城が隠した機密文書を発見する。そこには鴉森一族事件の真実が記されていた。
十八年前。蛇埜目は慶喜に仕え非情な実験を繰り返していた。その材料だった若き仁は、生への貪欲さを買われ『鵺 (ぬえ) 』の処刑人に選ばれる。仁は慶喜に忠誠を誓う。時は経ち、慶喜を裏切る蛇埜目。仁は研究対象だった鴉森一族の警護を任される。警護の中で雪村の母･翔和と出会い、彼女の純真さに心惹かれていく。が、無情にも慶喜から鴉森一族の抹殺を命じられる。
雪村は仁を糾弾するも、慶喜に居場所を嗅ぎ付けられる。仁は“二十四時、不忍池で待つ”と言葉を投げ、雪村を逃がす。逃走する雪村は、死んだと思っていた花風に再会し、地下道から脱出するが、慶喜の命を受けた凛子に襲われる。じりじりと追いつめられつつも、覚悟を決めた雪村は凛子を倒す。花風と共に古書店に戻った雪村は、再び懐かしい人物と出会う。
民衆の慶喜への反感が高まり、城前には混乱の跡が残る。慶喜の元へ向かう雪村は、獣異形 (けものいぎょう) と化した仁に連れ去られる。想いをぶつけ合う二人。雪村の想いを身に刻み、全てを終わらせるため、仁は東亰城へ行く。結末を託すしかない雪村はやるせない思いを抱えつつ、未来を想い、浅陽の元へ向かう。
