織田信長の天下統一が目前に迫った頃、琵琶湖の南に《金目教（きんめきょう）》という怪しい宗教がはびこっていた。それを信じない者は恐ろしいたたりに見舞われるという――。信長は《金目教》の実態を秘密裏に探るため《仮面の忍者》を頼ることに…。 忍びとして影に生きる青年（佐藤大樹）が、やがて《仮面の忍者 赤影》として立ち上がる物語が幕を開ける。
織田信長（EXILE TAKAHIRO）の天下統一を阻止するべく暗躍する《金目教（きんめきょう）》の蟇法師（本山力）が操る怪獣・千年蟇（せんねんがま）を撃退した赤影（佐藤大樹）。信長は彼の実力を認め赤影もまた、信長の知られざる一面に触れる。 そんな中、織田家の忍を選抜する試験が始まり、赤影をはじめ大勢の若者が集結。その中には、かつて盗みを働き山賊に追われていた青影（木村慧人）の姿もあった。過酷な試験に次々と脱落者が出る中で、赤影、青影は順調に試練を突破。お互いの実力を認め、仲を深めていく。 しかし試験終盤に、赤影、青影ら受験者たちにはあるトラップが仕掛けられていて…？捕らわれた彼らに、一益はまさかのひと言を告げる！
織田信長（EXILE TAKAHIRO）に仕える忍を決める試験に混じる不届き者は自分だと名乗り出た赤影（佐藤大樹）。実際の不届き者である青影（木村慧人）を庇うつもりだったが、彼は試験に参加する佐治新太郎（大八木凱斗）が、顔を盗んだ《金目教》の傀儡甚内（細田龍之介）だと察知する。 対峙する赤影と傀儡甚内。そんな時、青影や滝川一益（忍成修吾）の身に長い黒髪が巻き付いて…。闇姫（山本千尋）による忍法で窮地に追い込まれる一同だが、赤影は互角に対抗する。しかし刀を闇姫に振り下ろすことができず――!? 赤影が窮地に陥ったまさにその時、大凧に乗った白影（加藤諒）が加勢に現れる。 白影のおかげでピンチを脱した赤影と青影は、息ピッタリの動きで黒髪を断ち斬り、闇姫との戦いに挑む――！
