突如、ゲムデウスウイルスが街に蔓延し始める。倒されたゲムデウスが正宗に取り込まれたせいで、ゲムデウスのウイルスが再生したのだ。ゲムデウスクロノスという異様な姿になった正宗は再びライダーたちの前に現れ、ニコを『仮面ライダークロニクル』のゲーム世界へといざなう。ニコこそがプレイヤーとしてラスボスへの挑戦権を持つ資格者だからだ。クリア間近のプレイヤーをゲームオーバーにして、『クロニクル』をやり直そうとしているらしい。ところが、ライダーたちは『クロニクル』の世界に行くことすらできない。果たしてニコの運命はどうなってしまうのか―――！？
Suddenly, the Gamedeus virus begins spreading through the streets! Masamune becomes Gamedeus Cronus and appears before the other Riders, as he summons Nico into the World of Kamen Rider Chronicle! Nico is the one who is qualified to challenge the Last Boss of Kamen Rider Chronicle as a Ride-Player, but it seems clear that Masamune is going to try to Game Over the player who is closest to beating the game in order to reset it. In an attempt to save her but unwilling to let the others follow, Taiga uses the Chronicle Gashats seized from patients and goes to find her. However, the other Riders cannot enter the World of Kamen Rider Chronicle! Just what will happen to Nico's fate?
