A new transfer student shows up and destroys a shiki disguised as Yoshimori. Yoshimori senses it and wakes up from his nap on the roof and tries to find Gen. Tokine and Yoshimori find claw marks on the wall outside along with the remains of Yoshimori's shiki. Gen encounters Tatsumi and senses that he has special powers. He begins to interrogate him but then leaves him alone. Later at night, Tokine and Yoshimori met Gen at Karasumori.
Après le combat de la nuit précédente, Yoshimori et Tokine s'empressent d'aller prévenir Mino Tatsumi (un professeur du lycée ayant lui aussi des pouvoirs), du danger potentiel. Ils n'ont qu'une peur : que les ayakashi s'infiltrent dans l'école grâce à leurs peaux humaines. Coïncidence, un nouvel élève arrive le jour-même au collège Karasumori, il dégage une aura peu ordinaire. Cet inconnu se met à la recherche de Yoshimori, mais il tombe sur un Shikigami de notre héros qu'il aura vite fait d'éliminer. À cause de cela, Yoshimori perçoit rapidement l'aura démoniaque, et se dépêche de retrouver le coupable, Tokine le rejoint pour lui venir en aide. Notre inconnu s'obstine a vouloir rencontrer les Kekkaishi. Pour les provoquer, il attaque une bande de lycéens, rend inconscient le professeur Mino, et détruit à nouveau les Shikigamis de Yoshimori.
Avec tous ses actes, notre héros le retrouve enfin, et une course effrénée débute. Arrivés sur le toit du bâtiment, le combat commence, Yoshimori est plutôt basé sur la défensive avec ses Kekkai, et l'opposant est sur l'offensive, au corps à corps. Il arrive à mettre le Kekkaishi en herbe à terre, pour riposter, celui-ci l'enferme dans un Kekkai. Mais l'ennemi transforme sa main droite en une patte pleine de griffes, et détruit la barrière en un simple coup. Il finit enfin par se présenter, il s'appelle Shishio Gen et fait partie du Yagyou, il semble être venu pour aider à la protection du domaine Karasumori et assister les Kekkaishi.
昼間の烏森学園。翡葉京一(ひばきょういち)と志々尾限(ししおげん)は校門の近くから校舎を見上げる…。その頃、良守と時音は人に化けた妖が昼間の烏森学園に潜り込んでくる事を警戒し、高校の英語教師で異能者の三能たつみに注意を促す。この後、良守は教室で爆睡している間に田端に髪をイタズラされる。百合奈はアヤノとキョーコに誘われ、隣のクラスの転校生を見学に。その時、百合奈は廊下で限とすれ違い、漂う血の臭いを感じ取る。百合奈は転校生が教室に不在だったため、すれ違った生徒が転校生だと気付く。
授業後、百合奈は怪しい生徒がいると良守に相談する。が、良守は話を聞かずに何処かへ行ってしまう。廊下を歩いていた良守は限に襟首を掴まれ、校舎裏へ連れて行かれる。限は良守の正体を見抜いて顔面を殴りつける。その時、給水塔脇に張った昼寝用の結界で寝ていた良守が目を覚ます。殴られた良守は式神だったのだ。
良守が邪気を感じて校舎裏へ向かうと、既に時音も駆けつけていた。校舎の壁には四筋の爪跡が刻まれ、良守は何者かに式神を消された事に気付く。良守らは人に化けた妖が学園に入り込んでいると判断。良守は偵察用にカラスの姿をした式神を放つと、犯人を捜しに向かう。この後、限は庭園で花に水をやる三能に近づいていく。
その頃、良守は高等部の校舎近くでガラの悪い男子高校生たちが倒れているのを発見。その中の1人に話を聞くと、髪を立たせた背の低い中学生にやられたという。そして、式神のカラスが三能と限の姿を発見。良守は庭園に駆けつけるが、既に三能は限にやられていた。三能