金田一一 (道枝駿佑) の通う高校に学園七不思議と呼ばれる謎があった。七瀬美雪 (上白石萌歌) の所属するミステリー研究会がその謎を探ることに。ある夜、一と美雪は生物室で首を吊る部長の桜樹 (大友花恋) を目撃。「放課後の魔術師」らしき仮面の人物が見えたが、中へ踏み込むともぬけの殻で、翌日桜樹の遺体が発見された。剣持警部 (沢村一樹) が捜査を始め…。奇怪な密室殺人事件の謎に隠された、壮絶な哀しい真実とは…!?
金田一一（道枝駿佑飾）就讀的不動高中有一個被稱為學園七大不可思議的謎團。其中一個傳說是若有人知道了細節不明的第七個謎團的真相，就會被潛藏在舊校舍的怪人『放學後的魔術師』咒殺。而推理研究社的七瀬美雪（上白石萌歌飾）和社員們開始調查這個謎團。有一天晚上，美雪因為被社長櫻樹（大友花戀飾）叫出來，與一趕到舊校舍。可是他們在那裡目擊到的是在「打不開的生物教室」上吊的櫻樹！她身旁還有一個看起來像是『放學後的魔術師』的身影，但當他們破壞門並踏入其中，看到的是一個空無一人的房間。但櫻樹的屍體還是在隔天被發現。劍持警部（澤村一樹飾）和當時在舊校舍的佐木（岩崎大昇飾）等其他研究社的社員們、正好在場的值班警衛立花（杉本哲太飾）、教師的場（光石研飾）展開搜查。美雪感到後悔，她覺得如果當初不調查七大不可思議就不會發生這種事。然而在那之後還是不斷有人犧牲，最後就連美雪也…！經過進一步調查，他們發現10年前追尋同一謎團的學生竟然也失蹤了。一對犯人感到無比憤怒，他賭上爺爺的名聲，發誓絕對會解開謎團。而隱藏在離奇密室殺人事件之謎下壯烈又哀傷的真相究竟是什麼？
Hajime Kindaichi attends Fudo High School, where there is rumored to be seven mysteries. Miyuki Nanase of the Mystery Club decides to look into the mysteries, but after Sakuragi's corpse is discovered hanging in the locked biology room, Inspector Kenmochi opens an investigation. What sorrowful truths lay hidden in this bizarre locked-room murder case?
김전일(미치에다 슌스케)이 다니는 후도 고등학교에는 학원 7대 불가사의라고 불리는 수수께끼가 있었다. 그중에서도 베일에 싸인 7번째 불가사의의 비밀을 알게 된 자는, 구관 건물에 숨어 산다는 '방과 후의 마술사'에게 저주를 받고 죽는다고 한다. 미스터리 연구회의 부원인 나나세 미유키(카미시라이시 모카)는 부원들과 함께 그 비밀을 파헤치기로 한다. 그러던 어느 날 밤, 미유키는 연구회의 부장인 사쿠라기(오토모 카렌)의 호출을 받고 김전일과 함께 구관 건물에 들어선다. 하지만 그곳에서 목격한 것은 '열리지 않는 생물실' 안에서 목을 맨 사쿠라기의 모습이었다! 그 옆에는 '방과 후의 마술사'로 추정되는 자의 그림자도 보였지만, 막상 문을 부수고 들어가 보니 아무것도 없었다. 그리고 다음 날 사쿠라기의 시체가 발견된다. 켄모치 경감(사와무라 잇키)은 당시 구관 건물에 있던 사키(이와사키 타이쇼)를 비롯한 연구회 부원들과 현장에 함께 있던 숙직 직원 타치바나(스기모토 텟타), 교사 마토바(미츠이시 켄)를 모아 놓고 수사를 시작한다. 7대 불가사의에 대한 조사를 후회하는 미유키. 하지만 그 후에도 희생자는 속출하고, 결국 미유키마저...! 또한 10년 전에도 비밀을 파헤치다가 실종된 학생이 있었다는 게 밝혀지는데... 범인을 향한 분노를 감추지 못하는 김전일은 '할아버지의 이름을 걸고' 반드시 범인을 밝혀내겠다고 맹세한다. 기괴한 밀실 살인사건에 숨겨진 장렬하고 슬픈 진실은 무엇인가?
