Nagate wird von seiner ersten Kampferfahrung gegen die Gauna geplagt. Später begegnet er den Elitepiloten von Sidonia.
When Nagate's fellow pilot Eiko Yamano is killed and absorbed by the Gauna, he fights the creature head on, despite being warned to keep a distance, as a shot is being fired from Sidonia to drive it away. The shot hits the target and the Gauna is knocked into space, while the remaining cadets return safely home. A funeral is held for Eiko and the high command officially announces that once again, Sidonia is at war against the Gauna. Three days later, Nagate is still disturbed with what happened and barely manages to sleep or eat properly. Meanwhile, the four highest ranking veteran pilots, led by Mochikuni Akai, pay a visit to the academy, and both Kunato and his friends believe they want to talk to him, but they turn to Nagate instead, much to his anger.
Ensimmäinen taistelukosketus Gaunojen kanssa vainoaa Nagatea. Hän tapaa Sidonian eliittilentäjät.
Toujours hanté par les souvenirs de son premier combat face aux Gaunas, Nagate fait connaissance avec les pilotes d'élite de Sidonia.
Dopo alcuni giorni, Nagate è ancora sconvolto dal primo combattimento contro i Gauna, ma i migliori piloti della Sidonia vogliono fare la sua conoscenza.
資源の採掘任務を命じられ、小惑星へ出撃した訓練生たち。任務は簡単なものであるはずだったが……突如、採掘地点に奇居子（ガウナ）が出現し、訓練生たちへ攻撃を仕掛けてきた。奇居子の一撃によって長道は心肺停止状態となり、山野栄子は捕食されてしまう。奇居子を少しでも遠ざけようと、シドニアに搭載された重質量砲の発射を命令する艦長。同時に息を吹き返した長道が奇居子に応戦し始めるが、着弾までの猶予はない。着弾の寸前、手を差し伸べてくれたのは星白だった。彼女に救われ、無事シドニアに帰還した長道は、奇居子の脅威を実感し、決意を新たにするのだった。
100년 만에 인류앞에 모습을 드러낸 가우나. 순식간에 벌어진 일에 대처하지 못하고 야마노가 가우나에게 희생된다. 나가테도 큰 부상을 입고 정신을 잃고 마는데...
Durante la inspección de un asteroide en busca de hielo, los reclutas de Gardes (naves pilotadas con forma humanoide) se ven sorprendidos por un Gauna, el primero avistado en 100 años, ordenándoseles la evacuación a Sidonia de forma inmediata. Varios de los reclutas, entre ellos Nagate consiguen salir airosos de la situación gracias a la pericia de este pilotando el Garde, pero no todos corren esa suerte en el encuentro.
