桜舞い散る4月。新人教師ながら都立国文館高校3年D組の担任になった 遥 (木村文乃) は、胸を希望で膨らませて教壇に立つ。 しかし副担任は学校でもいい噂を聞かない生物教師・夕子 (榮倉奈々)。さらに転校生の トシオ (松村北斗) がクラスのボス・望月 (千葉雄大) らの悪事をいきなり告発するなど新学期から問題は山積みだ。 そんな 3D の リオ (竹富聖花) は大学生の彼氏・達也 (早乙女太一) から友人のメールアドレスを集めるよう指示されていた。達也は一流大学に通い司法試験にも合格している “勝ち組” だが、実は脱法ハーブを売り捌く売人。リオは達也との関係を続けるために悪事と知りながら様々な要求に応えていた。 やがて学校ではリオにメアドを教えると脱法ハーブを勧めるスパムメールが来るという噂が立ち始めた。焦るリオに追い討ちをかけるように抜き打ちの持ち物検査が行われる。リオは遥に助けを求め、遥も学校には内緒にすると約束する。しかし夕子はリオを単なる売人の道具だと斬り捨てる。 さらに 3D の生徒が脱法ハーブを吸って倒れたと連絡が！追い詰められたリオを救おうと遥は夕子に助けを求めるが、夕子は遥の初任給全額と引き換えならリオを救うと冷たく言い放つ。 夕子と古典教師・すみれ (市川実日子)、美術教師・彩 (小林聡美) の3人は高額の金銭と引き換えに問題を解決する “黒の女教師” だった…。
夕子 (榮倉奈々) の “黒の女教師” としての一面をまざまざと見せつけられた新人教師の 遥 (木村文乃) は、社会科教師・及川 (柏原収史) の熱い教育方針に触れて元気を取り戻す。 及川は予備校顔負けの受験に特化した授業を展開して生徒からの人気も高く、大手予備校のサテライト授業を国文館高校にも採り入れたいと熱く語るイケメン教師だ。その及川には秘密があった。3年D組の 明日香 (大野いと) と付き合っているのだ！ そんな２人がキスしているのを 啓太 (太賀) は偶然目撃。啓太は教師との恋愛なんてと明日香のことを案じるが、当の明日香は口止め料を払うから誰にも言うなと聞く耳を持たない。 しかし、啓太に見られたことを知った及川は携帯からデータを全て消し暫く会うのはよそうと提案する…。 そんな中、国文館高校の職員室では匿名の高校教師が本音をぶちまけるブログが話題になっていた。 そのブログに「女子生徒の攻略法」がアップされた直後、ラブホテルに入る明日香の写真が学校に送られてきた。副校長の 堀田 (光石研) は停学だ！と息巻くが…。
衣替えも終わったある日、国文館高校3年D組の 杉本 (西井幸人) は満員電車の中で痴漢の疑いを掛けられてしまう。 逃げ出した杉本の前に女子高生が立ちはだかる。杉本を痴漢だと言った 杏 (工藤綾乃) と 莉子 (西野実見) だ。 やっていないと弁明する杉本に対し、杏は謝罪しなければ警察に通報すると脅し、何度も杉本の前に現れプレッシャーを掛け続けていた。 ある日、「 莉子が自殺未遂した 」 と、杏は杉本に告げに現れる。唖然とする杉本をよそに、慰謝料10万円用意しなければネットに実名を公表すると脅してきた。 そんな矢先、国文館高校に杉本が痴漢行為を行ったと匿名の電話が！3D 担任の 遥 (木村文乃) に対し杉本は、「 その日は電車に乗っていない。」 と嘘をつきその場を逃れた…。 窮地に立たされた杉本に 夕子 (榮倉奈々) は、10万円払えば助けてやる。と冷たく言い放つが、遥は自分が何とかするからと、自ら杏の元を訪れ杉本に対する脅迫をやめるよう諭す。 しかし翌日、遥にバラされたことを怒った杏は、3D の生徒たちに杉本が映った画像をメールしてしまう。防犯カメラの映像から 「 電車に乗っていない 」 という嘘もバレ、3D の仲間から疑惑の目で見られる杉本。そんな彼を 梅原優 (中条あやみ) だけが庇うのだが…。
都立国文館高校3年D組の 安田 (山﨑賢人) はバレー部のエースで模試の結果も毎回東大A判定。都大会予選に向け顧問・近藤 (モロ師岡) のもと厳しい練習に励んでいた。 しかし、調子が上がらずミスを連発。1年生の 溝口 (奥村秀人) の台頭もあり、このままではエースの座が危うい。さらに模試の結果もC判定といつになく悪かった…。 試合が迫るある日、学校に安田の母・瑠美子 (キムラ緑子) がやってきた。瑠美子は PTA 会長にしてバレー部の保護者会会長。いわゆる実力者だ。息子の安田には勉強も部活もトップ以外は許さない。安田はエースで東大受験生である事が息子としての存在意義となっていた。その両方が危うい今、安田は部活に集中する事を選び、担任の 遥 (木村文乃) に三社面談で模試の結果を伝えないよう懇願したが、試合前日の三社面談で 夕子 (榮倉奈々) は瑠美子に全てを話してしまう。それを聞いた瑠美子は目の前の大会に集中するよう安田を叱咤する。 翌日、エースとして試合に先発出場した安田は絶不調。チームの足を引っ張ってしまう。辛くも勝利したものの安田は試合途中からベンチを暖め続けていた。 そして試合後の練習中に瑠美子が現れ、安田を練習から強制的に連れ出し無理やり病院に連れて行った。そして数日後、バレー部の保護者親睦会で、近藤が酒に酔って瑠美子を怪我させるという事件が起こるが…。
国文館高校3年D組の 立花 (上遠野太洸) は、ある日繁華街でガールズバーの客引き女子高生の中に 栞 (土屋太鳳) を目撃する。しかも運悪くそこに すみれ (市川実日子) がやってきた！ しかしすみれの目的は栞ではなく、傍らにいた経営者の 河合 (加藤虎ノ介) だった。河合はすみれの高校時代の彼氏で、2人の間にはなにやら因縁がありそうだ。 すみれの目的が栞ではないことに安堵した立花は、危険なアルバイトを辞めるよう栞に忠告するが、逆に10万円貸して欲しいと持ちかけられる。栞は母子家庭であることを隠し、金持ちキャラを無理して演じ続けていたのだ。 数日後、栞がバイトを辞めていないことを知った立花は約束が違うと彼女を責めるが、栞は彼氏のようなことを言うなと逆ギレ。そこに 夕子 (榮倉奈々) が現れ、足元を掬われないようにと意味深なセリフを吐く。 栞はバイトで給料の前借りをし、立花から借りた10万円を返すことに。約束が違うともめる2人の前に、立花の中学時代の同級生が現れ、絡まれてしまう。今は、クラスの中心的グループにいるが、立花は裕福な家庭ゆえに中学時代はパシリとして使われていたのだ。お互いに、昔と違う自分を必至で作ろうとしていることを知る…。 そんな折、ガールズバーで働く栞を 遥 (木村文乃) が発見してしまう！河合は学校にバレた以上雇うわけにはいかないと栞を突き放し、よりいかがわしい仕事をするよう脅迫するが…。
国文館高校3年D組の 三島恭子 (藤原令子) は進学先を音楽大学にするのか私立文系にするのか悩んでいた。亡くなった母の親友で親代わりでもある音大教授の かなえ (杉田かおる) に師事してピアノと作曲を学んでいるが、作曲コンテストでは常に二位止まり。かなえの娘であり幼馴染の 愛 (小池里奈) には一度も勝てたことがない。そして進路相談の折に 夕子 (榮倉奈々) からその点を突かれ、早めに諦める方が賢明だと切り捨てられてしまう。 そんな恭子は、かなえに無断で 「 トワイライトゾーン 」 という自作の曲をコンクールに応募した。この曲は自分の集大成であり、この曲で金賞を獲れなければ音楽を諦める決意を固めていた。 ある日、音楽室から 「 トワイライトゾーン 」 が聞こえてきた。何と弾いていたのは愛だ！恭子は愛が盗作したと疑い、目の前から消えてと言い捨て音楽室を飛び出してしまう。 翌日、かなえから愛がいなくなったと連絡が入る。自分のせいだと後悔する恭子にコンクールで金賞を受賞したとの知らせが届く…。 数日後、愛が作曲した曲が世界的なコンクールで金賞を受賞したとかなえが学校にやって来た。依然として行方不明の愛が自分とは比べ物にならない大きな賞を獲ったことを知り、さらにもやもやする心を持て余した恭子は、美術教師の 彩 (小林聡美) に相談することに…。
国文館高校の文化祭が近づくある日、3年D組の 望月 (千葉雄大) は同じクラスの 菊地 (藤原薫) が恐喝されているところに出くわす。 仲裁に入ると菊地を恐喝していたのは望月の中学時代の親友・飯塚 (野村周平) だった。飯塚は望月との再会を喜ぶどころか10万円貸せと持ち掛ける。望月と飯塚は同じ中学の野球部だったが、試合中に望月が飯塚に怪我をさせてしまい、右腕が動かなくなった飯塚は野球を辞めざるを得なくなった。 しかも病院を経営する望月の父がこの件を金で揉み消したことで2人の仲は険悪になり、飯塚は今では詐欺師グループの一員になっていた。贖罪の意識から望月は10万円を飯塚の口座に振り込む。 そんな望月には秘密があった。江衣花 (広瀬アリス) と付き合っているのだ。江衣花は中学時代の野球部マネージャーで、飯塚と3人でお揃いのお守りを持つほど強い絆で結ばれていた。そんな彼への贖罪の気持ちもあり、付き合っていることは2人だけの秘密だった。 一方、望月をカモだと認識した飯塚は、江衣花を大変な目に合わせたくなければ100万円用意しろと再び脅す。そして文化祭当日。飯塚は江衣花に偶然の再会を装って近づき 3D の教室にやってきた。 夕子 (榮倉奈々) から一度カモになるとずっと搾取されると忠告されていた望月だったが、卑劣な言動を繰り返す飯塚を殴ってしまうが…。
急いで大学の指定校推薦の面接に向かう途中、江衣花 (広瀬アリス) は駐輪場で他の自転車を将棋倒しに倒してしまう。そんなところにうめき声が。振り返ると 小川 (品川徹) という老人が心臓を押さえて倒れていた。救急車を呼べば面接に遅刻してしまう。誰かが歩いてくるのを見た江衣花は断腸の思いでその場を走り去る。 数日後、推薦に合格して祝福される江衣花。そこに彼女に助けられたという記者が尋ねてきた。校長選考試験を控えた堀田副校長 (光石研) の後押しもあり江衣花の美談は雑誌で紹介されることに。ところが、その記事を読んだ小川が 「 私は江衣花に見捨てられた！」 と国文館高校に殴りこみにきた。この件で指定校推薦が取り消されるかもしれない…。堀田は江衣花に黙っていろと告げ、策を巡らす。 同じ頃、3D の教室でも事件が。梅原 (中条あやみ) がファッション誌に載ったのだ。写真の梅原は普段と違いハッとする美しさで一躍クラスの人気者に。しかしこれが堀田に知られ、梅原は校則違反で停学を告げられる。 小川の家を訪れた堀田は梅原を停学にしたと伝え、朦朧とした中で江衣花と梅原を見間違えたのだろうと事実をすり替える。 一方、江衣花は梅原の停学が自分に関係あるのではと独り悩む。そんな彼女に 夕子 (榮倉奈々) は追い討ちをかけるような一言を放つが…。
12月のある日、職員室に 水野葵 (上間美緒) という名で 「 国文館には黒の女教師がいる 」 という手書きのファックスが送られてきた。同じ頃、長嶋家にも 瑞穂 (中西美帆) を 「 裏切り者 」 となじるファックスが。水野葵という文字を見て瑞穂は取り乱し、夕子 (榮倉奈々) の前で泣き崩れる。瑞穂の親友だった葵は数年前に事故死しているのだ。 一方、遥 (木村文乃) は 薫 (杉咲花) とともに 江衣花 (広瀬アリス) の家を訪ねることに。望月 (千葉雄大) との関係や推薦入試に絡んだ事件で 明日香 (大野いと) の信頼を失った江衣花は学校を休み続けていた。遥は学校に出てくるよう促すが、江衣花は放っておいて欲しいと苛立つばかり。 数日後、すみれ (市川実日子) の不倫密会を告発するファックスが国文館に届く。校長の 芹沢 (南果歩) はすみれに休暇をとり不適切な関係を清算するよう命じる。その後も黒の女教師を追い詰めるファックスが次々と届く。その全ての送り主は水野葵。一体誰が葵の名を語っているのか…。事態を重くみた校長から彩も休暇を命じられる。しかし夕子だけは休暇を毅然と拒否し、いざという時は教師を辞める覚悟だと宣言する。 そして 「 水野葵の復讐 」 が 3D の中でも噂になり始める。課外授業で救われた 安田 (山﨑賢人) や 立花 (上遠野太洸) らは夕子たちの身を案じる。そんな中、ついに トシオ (松村北斗) は江衣花に接近。江衣花を守ると誓うが…。
トシオ (松村北斗) は四年前に国文館高校の屋上から転落死した 葵 (上間美緒) の弟だった。トシオは葵の担任だった夕子たちに復讐するために転校してきたのだ。トシオは 夕子 (榮倉奈々) たちの課外授業を告発するレポートを 芹沢校長 (南果歩) に渡す。しかし芹沢校長は不祥事を公にしたくないと、夕子たちを懲戒免職にはせず長期研修などの名目で学校から排除する。 学校から追われた すみれ (市川実日子) はふとしたことから 瑞穂 (中西美帆) と葵の関係に疑問を持ち、彩 (小林聡美) と共に真相を探り始める。そして校長の言動に納得のいかない 遥 (木村文乃) も葵の死について独自に調べ始めることに。 3学期に入ったある日、トシオは瑞穂の家を訪れ罪を償えと言い放つ。その夜、瑞穂の母から彼女がいなくなったと夕子に連絡が入る。四年前の悲劇を思い出し学校の屋上に向かう夕子。するとそこにはトシオと瑞穂に加えて彩とすみれがいた。さらに校長の姿も…。 4年前の悲劇を知る者たちが導かれるように集まった。果たして悲劇の真相とは。そして夕子は…。