Madoka and the others find Dizelmine on the beach, where Yurikano is standing by him. The Rin-ne they are in soon changes as a result of their will changing Dizelmine's heart. As the place soon starts to close up, Madoka insists on taking Yurikano and Dizelmine with her. They soon arrive back in the real world, singing their triumphant Jersey Club anthem which quells the black phenomenom into beautiful flowers which drift off into space. Upon leaving the Rin-ne, Dizelmine ends up as a younger age, much like Asteria did, whilst Yurikano reunites with the KISS members and Moid mysteriously vanishes into thin air. After Madoka graduates from high school, she tells Yoko about what happened ten years ago when Midori saved her from drowning, believing it to be a message from her mother. Meanwhile, the Jersey Club form branches on Le Garite and De Metrio, with Madoka, Lan and Muginami helping out all over the universe.
地球全体を覆う天変地異はおさまらず、地球軌道上のレ・ガリテ、デ・メトリオの艦隊も混乱したままだった。誰もがあきらめかけた中でようこは、いまだ輪廻の向こうから帰ってこないまどかのことを信じつづけていた。果たして、ジャージ部の3人は戻ってこられるのだろうか?
戦いを終えたまどか、ラン、ムギナミは、輪廻の海辺である人物と再会する。それは、傷ついたディセルマインを抱きかかえたユリカノだった。ユリカノは、ディセルマインの心を変えさせたのは、まどかたち3人の想いだという。一緒に戻ろうというまどかに、ユリカノは、罪の意識から輪廻の世界にディセルマインと共に残るという――。「そんなの、ダメだよ」と、まどかはユリカノに手を差しのべる。本当にけじめをつけたいのなら、ディセルマインも連れて現実世界へ帰るべき。自信満々のまどかの主張に、ユリカノは困惑する――。果たして、彼女たちの選択は?