Lors d'une mission de routine à la rencontre de la population locale, des hommes de la section du lieutenant Anaïs Collet tombent dans une embuscade. Leur chef de groupe, Martial Mendy, en proie en doute, se cache derrière le protocole quand Julien Ravalet, tireur de précision et tête brûlée, s'oppose à lui...
Alors que le débat s'installe autour de la légitimé du coup de feu de Ravalet lors de l'embuscade, la famille du jeune malien tué vient de récupérer le corps. Elise, la journaliste, s'intéresse d'un peu trop près aux yeux de Lefort à ce qui a pu se passer lors de l'embuscade. A l'enterrement du jeune malien, son comportement ainsi que la présence des militaires français va mettre le feu aux poudres.
Des coups de feu se font entendre dans un village peul situé à proximité de l'emprise militaire française. Anaïs veut s'y rendre malgré le refus de la haute hiérarchie qui doit d'abord s'assurer qu'il s'agit bien d'actes de groupes armés terroristes. Anaïs court-circuite la chaîne de commandement et se rend sur place où elle découvre qu'un massacre a eu lieu. Mais le profil des victimes écarte la piste d'une attaque djihadiste. Les massacreurs seraient des Dogons regroupés en milice, ennemis historiques des Peuls et antagonistes de circonstances aux djihadistes.
Traoré, gendarme malien, enquête seul sur les auteurs du massacre de Makou et vient demander l'aide de l'armée française. Bien que le mandat Barkhane ne permette pas d'intervenir dans les luttes inter-ethniques, Lefort dépêche Anaïs et quelques hommes en soutien léger, prétextant que si de tels actes restent impunis, les terroristes recruteront de plus en plus dans la population affaiblie. En parallèle de cette enquête, Ravalet et Mendy font équipe pour localiser un groupe armé terroriste aperçu dans les environs de la base, possiblement en lien avec l'embuscade du pilote.
L'enquête de Traoré continue et emmène Anaïs et ses hommes sur la piste des auteurs du massacre de Makou, grâce aux renseignements fournis par l'un d'eux. De leur côté, Ravalet, Romani et Djibril vivent un moment d'attente, en plein désert, devant leur VAB en panne. Les tensions inhérentes entre eux sont exacerbées par l'annonce de la mort de la mère de Djibril. Enfin, Élise se déjoue de l'encadrement militaire français pour interviewer un puissant chef dogon, Bilal Issabere.
Anaïs est ramenée violemment à la réalité des luttes intestines maliennes lors de l'enquête qu'elle mène avec Traoré. L'issue, dramatique, va peser lourd sur le moral de la jeune lieutenant. Pendant ce temps, tous les soldats et l'état-major français sont mobilisés par l'enlèvement d'Élise : introuvable, elle angoisse beaucoup Lefort qui était responsable de sa sécurité, d'autant qu'elle devient un enjeu entre les différentes forces terroristes maliennes.
Retrouver Élise sainte et sauve, telle est l'obsession de l'État français. Anaïs et sa section sont à la recherche d'infos. Bafouant les ordres de sa hiérarchie, Anaïs finit par localiser elle-même l'otage et doit intervenir, une situation peu commune pour des soldats de l'armée de terre.