AD2040年。惑星エデンにあるニューエドワーズ基地に、「YF-19」のテストパイロットとして配属されたイサム。そこには、彼の旧友でライバルでもあるガルドがいた。そして、イサムは彼が乗る「YF-19」と、試作機の正式採用を巡って競い合う。さらに、2人の旧友であるミュンも惑星エデンにやってきて…。
新型可変戦闘機の競争テストと、バーチャルシンガーであるシャロンのコンサートが惑星エデンで催されたことで、イサムたちの人生は大きく変わることになった。各々の機体を駆り、鬱積したものをぶつけるイサムとガルド。その2人に愛情と哀しみの眼差しを向けるミュン。そんな彼らの中に、シャロンが波紋を呼び起こす…。
ガルドの策略により、負傷したイサム。メディカル・プールの中で意識を取り戻した彼は、心配げなミュンの姿を目にする。そして、2人から逃れるように地球へ旅立つミュン。それに対するやりきれない思いに苛立つイサムたち。その頃、地球マクロス政府では、無人戦闘機「ゴーストX-9」の開発が終わろうとしていた…。
「YF-19」を奪取したイサムは、「ゴーストX-9」に一泡吹かせるために地球へ向けてフォールドした。彼を「YF-21」で追撃するガルド。だが、互いに罵り合いながら壮絶な空中戦を展開する彼らの前に、歪んだ自我を獲得したシャロンによって遣わされた「ゴーストX-9」と、マクロスが立ち塞がる！
マクロスによるボドル艦隊との戦争終結から30年を経た、A.D.2040年。一部のゼントラーディとの融和をはたしながらも、新たなるかんたいの襲来を予想した人類は、銀河の各地に移民を進める、種の拡散計画を実行しつつあった。 そして、地球から10数光年を隔てた惑星．エデン。そこは、そんな人類移民惑星として早くから開発が行われ、フロンティア精神に燃える数多くの人々が居住する、地球によく似た環境の星であり、物語はそのエデンに設けられた、ニューエドワーズ基地のテストフライトセンターに、ひとりのテストパイロットが配属されたことから始まる。 彼の名は、イサム．ダイソン。地球生まれで、卓越した操縦技能を持つのだが、協調性に欠けることから試作．可変戦闘機YF-19のテスト部隊に送り込まれた青年である。だが、彼が基地に赴くと、そこにはYF-19と正式採用を巡って競っているYF-21のパイロットをつとめている男の姿があった。ガルド．ゴア．ボーマン……かつてイサムの親友であり、またライバルでもあった男。ふたりはそれぞれの機体を駆り、大空で花火を散らすが、そんなある日、人気沸騰のバーチャル．シンガー、シャロン．アップルのコンサートが開催されることになる。そのプロデューサーは、イサムとガルドの幼なじみ、ミュン．ファン．ローン。3人が運命の再会を果たしたとき、心を持たぬはずのシャロンの中に、電子の嵐が吹き荒れた…。
