After crash-landing, Shin finds a priestess in the Mayan jungle. Although they both are captured and tortured, they manage to escape but they are relentlessly chased by their enemies.
シンたちは、反統合同盟のノーラ部隊に捕らえられてしまった。だが、ハスフォード博士から「鳥の人」伝説を教わったシンとサラは、「鳥の人」の力でノーラ部隊から逃げ出し、マヤンの森の中をさまよう。そして、統合軍VS反統合同盟の「プロトカルチャー遺跡」争奪戦は、いよいよ最終局面を迎えようとしていた!