西暦2050年、人類は「月」に進出して有人基地を完成させていた。そこで大地震が起こり、その日から月には重力と空気が生まれた。それから50年後の夏休み。小学5年生の主人公「遥 大地」は福引で当たった旅行を利用して月へ向かうのであった。
魔動戦士を探していた大地たち一行は、カーニバルの行われている街に到着した。「魔動弓」は魔動戦士にしか弾くことができないので、V-メイは『弓を弾くことができたら賞金をあげる』という出し物をして、その人物を捜そうと試みる。
大地はガスと、グリグリがいつも連れているペットのハピともにクレメンタウンの町を訪れる。この町の酒場では賭けレスリングが行われており、武者修行中のガスはレスリングに出場を希望。なんと同じ酒場には正体を隠したシャマンがやってきていた……。
3人目の魔動戦士の条件は、水の上で「魔動独楽」を回せること。大地たちは、マココタウンの「独楽の格闘戦」チャンピオンになった少年「ラビ」と出会う。そこで魔動独楽を試させようと、大地はコマ勝負で勝ったらお金をあげるとラビへ宣言する。
大地たちは、盗まれた魔動石の行方を追って、海賊が盗品を売りさばくノリノック谷にやってくる。荒くれ者たちが集まるこの谷で情報を得るため、V-メイは大盗賊のボスになりきって潜入。魔法で作り出したニセモノの宝石で盗賊たちを信用させ、話を聞き出す。
ドミノ、オセロの海賊とラビは、魔動石を売って金にするため、サファイヤ湖のジュエルのもとへやって来る。なんと応対に現れたジュエルの正体は……。
月の内側・ラビルーナへ行くには「レーヴェの道」という通路を通るのだが、邪動族の支配下にあるため使えない。別の入り口を知っているという、竜巻の中に住む「イマック」という人物を捜すことに。
ラビルーナへの入り口を求め、大魔法使いのひとり「V-イマック」が住む巨大竜巻の中へとやってくる大地たち。イマックとV-メイは「ラウーラの道」を開く準備にかかる。そのころ、何としてもラビルーナ進入を阻止したいアグラマントは……。
大地たち5人は、ついに月の内側の世界ラビルーナにやって来た。到着したのは、ラビルーナの一番外側、第5エリア。しかし到着早々、大地とラビはV-メイたちとはぐれてしまい、赤耳族長老の孫娘「ライム」に捕らえられる。
第5エリアは、世界樹の生命力が弱まるにつれて不毛の土地になりつつあった。しかしその中にポツンと緑豊かな土地を発見し、V-メイはその秘密を教えてもらおうと、土地を管理する老人ゼルチを訪ねる。この土地の緑に気づいたアグラマントは、緑を無くすようナブーへ命令する。
大地たちは、近くの村で「タカ」という少年に出会う。村の子供たちは皆「ゴッ谷」へ行って、勇気の印である赤い石を持って帰るというキモ試しをクリアしているのに、タカだけが谷に行っていないのだ。気の弱いタカを見かねたラビは……。
ガブリエルの森に到着した大地たちは、めざす光る粉を見つけ大喜び。ところが大岩だと思ったのは、絶滅したと言われる伝説の生物で光る粉を再構成する能力を持つ「マジカルゴ」だった！
大地たちは世界樹のふもとへ到着した。早速マジカルゴの光る粉で世界樹を復活させようとするが、ふもとの村「トルビー族」の強い要望で先に歓迎の宴会をすることになる。ところがそれは、ナブーが送り込んだ刺客「マキマッキー」の罠だった!!
世界樹を登った大地たちは木の上にある滝つぼに辿り着き、魔法使い「シックハック」と対面する。そのとき、世界樹の幹に目と口が開く。実は世界樹には顔があり、滝壺は世界樹の流した涙、ずっと聞こえていた不気味な音は泣き声だと判明する。
第4エリアは海が広がる海洋エリア。マジカルゴの背に乗って島にたどり着く。その島は、耳長族とは長年ライバル関係にあるカメカメ族の住むカメカメ島だった！ 「水の柱」の場所をたずねると、地図を見せるかわりに、「かけっこ勝負」をすることに……。
水の柱を探してウキウキ諸島を訪れる大地たち。島で寿司屋を営む母子2人の家族、店を継いでもらいたいと思う母カップンと、波乗りサーフィンに夢中な息子カッピーと出会うも、早速2人は大喧嘩を始めてしまう。
巨大な渦に巻き込まれる大地たち。あやうく渦の中へ引きずり込まれそうになり、渦の水先案内人を商売にしている女性「スナービ」に助けられた。渦を渡りたいがお金を持っていない大地たちは、スナービの提案で、代金の代わりに、ここでその分だけ働くことに。
大地たちは、巨大なエノックの滝をグリグリの魔法で越えようとするが、失敗して岩場に不時着してしまう。そこでは水量の増加により住んでいる土地が滝に削られ、住めなくなってきてしまった耳長族の人々が、今まさに上の島へ脱出するところだった。
大地たちはシャボン玉の島にたどり着くが、そこは耳長族ヤドカリ科の人たちの村だった。村の少女カリンから水の柱と突如積りはじめた無数のシャボン玉の関係について話を聞くことに……。
クジラの体内に入った大地たちは、クジラから体が苦しいので助けて欲しいと頼まれる。クジラの健康を管理する抗体族らの話によると、鯨の心臓である「誕生の神殿」に「黒ヒトデ」が張り付き、それから仲間が増えなくなってしまったというのだ。
たどり着いた第3エリアは本来、緑豊かな世界だが、邪動族によって「聖なる火の山」が吹き上げる「火の柱」が侵されているため、時間が太古まで戻っていた。大地たち一行は暑さにグッタリ、ガスと途中ではぐれたことに気付かないまま、耳長原人に捕らわれてしまう!!
大地たちは、恐竜で氷を運んでいた少女「ポノ」と出会い、聖なる火の山の手がかりを求めて村に立ち寄る。そのころ邪動帝国では、3体目の邪動王「ヒドラム」が完成していた。エヌマはアグラマントの命令を無視して大地たちを追いつめようと画策する……。
空では、太陽との間に地球が入る日食が迫っている。V-メイはその間魔法が使えなくなるので、悪いことが起きないよう、おまじないに専念していた。やがて村をマグマに飲み込まれないように迂回路を掘っている村人たちと遭遇し、手伝うことになる。
大地はグランゾートから押し出され、ラビ、ガスとともに邪悪な空間を落ちていく。そして闇の魔法陣が見える巨大な怪物の口の中に落とされそうになったとき、「太陽王」と名乗る輝く存在が現れた。
大地たちに思わぬ協力者が現れた。月考古学を研究しているニジンスキー博士である。前回のウインザートとアクアビートの戦闘を見た博士は、大地たち3人はウサギ人間で魔動王に乗って行き来していると考え、自分も内側の世界に行きたいと訴えるのであった。
ゾーラクラウンを求めて「かぐや姫のかんざし岩」へやって来た大地、ラビ、ガス、ニジンスキー博士。観光地で人が多いため、かんざし岩を調べるのは閉園時間後にすることに。一方大地たちを監視していたシャマンはゾーラクラウン強奪を企てていた……。
石版の文字を解読した結果、ラビルーナに戻るには月表面の「中央の入り江」と呼ばれる場所に巨大な光の魔法陣を描き、地球が頭上に来て輝く瞬間を待たなければならない。そこで大地たち3人とニジンスキー博士は中央の入り江を訪れ、魔法陣を描き準備を整えるのであった。
ラビルーナ第3エリアに戻れたものの、月表面から戻る際に力を使い果たしたアクアビートとウインザートは召還不能になる。ニジンスキー博士の持っていた石版の写しをV-メイが読み、ウインザートとアクアビートを蘇させるヒントを見つける!!
おとぎ話に出てくるようなキレイな城が出現。なんとマグマントルは聖なる火の山の守り神だった火のドラゴン「タマラ」を操り、タマラの攻撃を受けた者に脱げない着ぐるみを着させて苦しめていた。
タマラに釣り上げてもらって空から見える聖なる6つの山の中でひとつだけ噴煙を上げていない山を見つけ、そこに降りようとする。しかしタマラが中央の山に母の面影を見つけ……。
母に会いたくて仕方のないタマラは、制止する大地たちを連れたまま飛び上がり聖なる火の山に向かう。しかし噴火は近づくに連れてひどくなり、耐えきれなくなったタマラと大地たちは中腹に空いた洞穴に落下してしまう。
第2エリアは、一面氷雪に閉ざされた極寒の世界。そこで初めて見た雪ダルマは、実は耳長族の一種、雪だるま族だった。そのとき村人たちにその地を統治する邪動族のファイヤープリンスから呼び出しがかかる。
大地たちは、花の町「オレンダ」に到着。ここは花が咲き誇る町だったが、花は一本もなく人の姿も見えない。そこで大地たちは、ラビを兄と勘違いする「ヒルダ」という少女に出会う。
先を急ぐ大地たちの前に、空から「武者メタル」が舞い降りて来て、ソリをかすめてまた飛び去る。乗っていたのは「黒武者」という男。その正体とは……。
フラッペ村を通りかかった大地たち。大地、ラビ、V-メイが突然風邪を引いて熱を出し、クシャミが止まらなくなってしまった。なんと邪動族オンザロックが、邪動力で作った精霊を使って村人たちに風邪をひかせ、そのクシャミから宝石を作っていたのだ
大地たちは、氷の柱の手前で巨大な氷壁に行く手を阻まれた。以前は氷壁に裂け目があり、近くに住むムササビ族は空を滑空して裂け目を通っていたと言うが、邪動族のコリゴーリは吹雪を起こし、通り抜けできないようにしてしまう。
ついにやって来た氷の柱は、ラビの母親かもしれない氷の女王の城である。城の中は邪動族のアイスバロンに支配され、城の住人たちは全員氷に変えられていた。一方アグラマントは、ラビを捕らえて連れて来るようエヌマに命令を下す。
やって来た第1エリアは、どんよりとした空が今にも落ちて来そうな荒れた世界だった。そこで大地たちは、聖地ルナを持ち上げて支える青銅の巨人の姿を見るのであった。
邪動帝国に連れて来られたラビは、アグラマントから出生の秘密を打ち明けられる。アグラマントの正体は行方不明のV-ラーマスであり、ラビの祖父だった。アグラマントはラビの魔動力を使って暗黒大邪神を復活させようと企む。
大地とガスに、ラビは容赦なく剣を向ける。しかし催眠術が不完全なため、本気で大地を殺すことができない。アグラマントはラビを暗黒大邪神の中に呼び戻したあと、エヌマを捕らえて彼女の魔動力を吸い取ろうとする。
ゾーラブレードの解放に向かうサユリとその行く手を阻むシャマン。そして母の危険を察知するラビ。一方大地たちが魔動王を駆使し、果敢に暗黒大邪神と戦う中、V-メイとV-イマックは、暗黒大邪神の中に入りこみアグラマントとの直接対決に挑む!!
