魔女を憎むギドは、棺桶を背負った男 アシャフとともにある目的のため、魔女探しをしている。汽車に揺られ、たどり着いた先は「魔女・イオーネ」が人々の崇拝を集める街であった。その日はイオーネにとって「記念日」であり、屋敷でパーティーがあることを知る2人。しかしその「記念日」に疑念を抱いたアシャフは、イオーネについて調べるが――。
平和な日々を過ごすギドとアシャフ。しかしギドは魔女絡みの依頼がないことに不満が募る。そこに教団から黒い封筒が届きハイデンに急行することに。魔女による連続殺人が起きており、さらにその事件では「あるモノ」が関与していると知る。ハイデン到着後、2人は市警の前に姿を現し――。
「魔女の戯れ事件」の犠牲者が増え続ける中、突如ギドとアシャフの前に魔女が姿を現し交戦状態に。魔女に尾けられていたことを知った2人は、ヘインスに心当たりがないか尋ねる。魔女は自分の親しい人間ばかりを狙っている事と、ヘインスが自身の悲しい過去を打ち明ける中、再び魔女から「予告状」が届く。 魔女の正体を掴むため、アシャフは策略を巡らす――。
魔響教団随一の死霊魔術師であるファノーラと助手のヨハンは、アシャフの紹介により死屍人＜アンデッド＞が暴走する事件に派遣される。現地で警察から詳細を聞き、ファノーラは暴走する死屍人は、違法に蘇生された「野良」ではないかと疑いを持つ。「野良」の数を把握するため廃墟の教会に移動し、正気を失った死屍人を呼び寄せる。そこには大量の死屍人が姿を現し――。
ヨハンを傷つけられ、屋敷の中に招かれたファノーラ達は、死霊魔術師と対面する。死霊魔術師は過去に大事な人を亡くし、彼女を蘇させるための練習台として死屍人を大量に生み出し、そして今度はファノーラを蘇生のパーツとして使いたいと言う。あまりにも身勝手な言い分に怒りを爆発させたファノーラは、自身の能力を開放。戦いが始まる...!!
舞台は第四大陸から第三陸へ。そこは世界聖教会教団の聖都に近い大陸。それ故今回の事件は魔女との接触において、魔女狩りのエキスパート「聖騎士団」が障害になるとアシャフは予想する。胸騒ぎを覚えつつもギドとアシャフは街の潜入に成功。するとそこには聖騎士団に襲われる魔女ヘルガの姿が。ギドはヘルガのあまりの弱さに疑問を抱きつつも、苛烈な魔女の奪い合いが始まる....‼
クーガと対峙するギドとヘルガ。 ヘルガは戦いの最中魔剣を手放してしまうが、 アシュガンが求めたのはクーガだった。 それでも魔剣を奪還しようとする ギドだったが、 クーガの精霊魔術によって ヘルガと供に拘束されてしまう。 そんな中アシャフは 一連の事件の真犯人について、 クーガに接触を試みるが――。
ギドは魔剣を持って 聖騎士団の城＜ベース＞から逃げ出し、 アシャフとの合流を目指す。 処刑人の罠にはめられ、 満身創痍になった アシャフとクーガを見つけた直後、 ギド達の前に処刑人と禁具によって 洗脳操作された騎士団が現れる。 その中にはヘルガの姿も。 魔剣を奪われないよう、 アシャフとクーガは力を振り絞り、抵抗。 ギドにヘルガを連れて逃げろというが……。
数百年ぶりに封印から解き放たれたその力はあまりにも強大で、アシュガンに対抗すべく、ギドはヘルガとのそこにクーガも大聖霊の力をもって応戦しようとするが、大聖霊は魔剣以上にギドを警戒していて....。2つの「世界を滅ぼす力」がぶつかり、魔剣アシュガン篇、遂に決着!!
アシャフがヘルガを教団までの特別な道──廻廊へ案内する一方、ギドは町の子供たちとともに魔女がいるとおぼしき家を訪ねる。魔女ではないと分かり肩透かしをくらったギドだったが、その直後処刑人に襲われ、彼の術によって異次元へ連れていかれる。処刑人がギドに魔剣事件の顛末を尋ねる中、ある少女が話しかける。それはギドの宿怨の魔女であった...‼
怨敵である魔女アンジェラが現れたことで、 隠れ家に戻った後も殺気が収まらないギド。 その姿を目にしたアシャフは、 ギドとの出会いを思い出す。 3年前、第五大陸のとある村に 魔女を保護すべくやってきたアシャフ。 偶然に魔女ハルベルを見つけたものの、 突如、棺を担いだギドに襲われる。 さらに、アシャフたちは 奇怪な事件に巻き込まれ……。
アシャフはギドに 魔女を守ることと引き換えに、 呪いを解く方法を教える。 事件の首謀者である処刑人は、 魔女の力を奪うべく村人をたきつけ、 ハルベルを捕らえていた。 そこにギドが到着し、 ハルベルを助けようと試みるが、 本来の力を発揮できず、 処刑人にやられてしまう。 追い詰められたギドだったが、 ハルベルとのキスで ギドの本体が目を覚ます……‼
