The Dezalg have returned with a new, horrible weapon and unleashed it on Megazone 23's defenses. Believing their salvation is also in new weapons, B.D. is again bent on breaking the EVE's final protection level.Full control of Megazone 23 would mean unfettered weapons development. Shogo, meanwhile, has tried to return to a 'normal' life; Hanging out with his biker gang, "Trash" and his girlfriend, Yui. But, his convictions about the Megazone's shadow government policies haven't changed and when EVE calls for his help, he discovers where the Garland bike has been hidden. It's showdown time for Shogo and B.D., Trash and the military, as well as the Dezalg and Megazone. However, EVE's final secret, A.D.A.M., may mean no one will survive.
Shogo a survécu à ses aventures mais la police a lancé un mandat d'arrêt contre lui pour un meurtre qu'il n'a pas commis. Caché au sein de son gang de motards, il tente de suivre une vie normale jusqu'à ce que la mystérieuse Eve surgisse à nouveau : elle veut à tout prix entrer en contact avec Shogo pour le prévenir d'un danger imminent que personne jusqu'ici n'avait su soupçonner, même dans les plus hautes sphères... Bientôt, Shogo et sa bande de potes sur deux roues se voient lancer une offensive contre le bunker abritant les forces militaires des services secrets qui dissimulent la vérité aux yeux du public. S'ils réussissent, la Mégazone sera sauvée. S'ils échouent...
Shogo ha vissuto nei sottosuoli per mesi, nascosto da militari e polizia, unitosi ad una banda di motociclisti chiamata "Trash" insieme a Yui. Tuttavia l'astronave sulla quale vivono è diventata bersaglio di una razza aliena chiamata Dalzag. Eve informa Shogo che la Megazone 23 sta tornando sulla Terra, che però è protetta da A.D.A.M. (Absolute Destruction of Available Mass), un sistema programmato per distruggere chiunque si avvicini al pianeta. Avvicinatisi al pianeta infatti sia i Dalzag che la Megazone vengono disintegrati da A.D.A.M. Soltanto un gruppo di umani, fra cui Shogo, Yui e pochi altri, vengono salvati da Eve, che li mette in salvo all'interno della torre di Bahamut, che in realtà è una capsula di salvataggio che riesce a giungere indenne sul suolo terrestre. Shogo, Yui e gli altri sopravvissuti si ritrovano su una Terra di nuovo fiorente su cui vivere.
자신들의 기밀을 알아버린 쇼고의 주위 사람들을 사고사로 죽이면서 그 죄를 쇼고에게 뒤집어 씌우는 BD는 가상아이돌 이브가 일종의 시스템이라는 것을 알고 반대의 시스템인 아담을 이용하여 지구로 돌아가려 한다. 하지만 그것은 메가존의 시민들에게 악영향을 끼치는 행동. 사람들을 선동하기 위해 사이버 아이돌 이브를 새로 만들지만 일부 사람들은 오히려 과거의 이브를 원한다. 레지스탕스 안에 있는 쇼고는 BD를 막으려 하고, 과거의 이브(시스템 이브)를 찾아간 쇼고는 자신이 시스템 이브의 오퍼레이터(7 G 오퍼레이터)가 되어 메가존을 지구로 안전하게 이끌어 가려 하는데...
地球へと向かう、虚構の都市メガゾーンの運命は如何に…
殺人犯として追われるようになった省吾。世間に背を向けるようにして暴走族の「トラッシュ」に身を寄せた彼は、半年振りに由唯との再会を果たす。一方、クーデターで実権を掌握したB.D.は、侵略者デザルクとの激しい戦闘を続けていた。また、イヴはこの状況を打破できる可能性を持った省吾を探し始めて…。
Shougo Yahagi befindet sich wieder mal auf der Flucht vor dem Militär und der Polizei. Er wird wegen Mordes gesucht, doch er ist unschuldig. Diesmal schlägt er sich allerdings nicht alleine durch die Straßen: Zusammen mit der künstlichen Intelligenz EVE und einer Gang von wilden Bikern nimmt er den Kampf gegen seine Widersacher auf.
