Eiji Takanaka est un joueur émérite du Hard On, un jeu vidéo très sophistiqué de combat spatial, mais il est aussi un pirate du réseau à ses heures. Ses deux activités l'amèneront à travailler pour E=X et à découvrir des choses qu'il aurait mieux valu pour lui d'ignorer...
Eve si risveglia ed aiuta Eiji a scoprire un progetto chiamato "Project Heaven", attraverso il quale si vuole rispedire gli esseri umani nello spazio per salvare nuovamente la Terra. Sarà nuovamente Eve a salvare l'umanità, sacrificando se stessa definitivamente e distruggendo nel contempo tutte le macchine che controllano la vita umana.
(2화의 내용이 있은 지 상당히 긴 시간이 지나고) 지구에 정착한 메가존의 시민들은 다시금 지구를 메가존에서와 같은 환경으로 만든다. 그러던 중 상당한 게임실력을 가진 타나카 에이지와 그의 친구들은 게임 실력을 인정받아 회사에 입사한다. 그러던 중 에이지는 우연히 오랜 시간이 지난 쇼고의 베히모스(가란드)를 발견하고, 시스템 이브의 중추인 실제 이브를 만나 쇼고가 완전히 성공하지 못한 것을 자신이 이어받아 웜을 타도하려 한다. 그러나 웜의 인간을 넘어선 힘에 결국 에이지 역시 당하고 마는데...
Die letzten Nachkommen der Menschheit leben nun abgeschottet in der Stadt »Eden«. Die Entscheidung, ob die Menschen den Rest der Erde wieder neu bevölkern dürfen, hängt einzig und allein von der Kontrollinstanz »System« ab. Diese bietet den meisten Einwohnern von »Eden« Sicherheit und Schutz. Nicht jedoch den Rebellen, genannt »Netjackers«, deren einziges Ziel es ist, Chaos zu verbreiten.
