第13回大会が開幕されようとする日、ドモンはマフィアが実権を握るネオイタリアのローマに現れた。彼は酒場で暴れるマフィア一派を叩きのめした事で、ネオイタリアのガンダムファイターでありマフィアのボスでもあるミケロの恨みを買ってしまう。
ネオアメリカのガンダムファイター、チボデーがニューヨークへ帰ってきた。拳一つで自らの夢をかなえた彼は、ネオアメリカ全市民の憧れの的だ。ドモンは写真の男の手掛かりを求めて、チボデーに挑戦状を叩きつける。
ネオチャイナのガンダムファイター、サイ・サイシーは、ドラゴンガンダムと盗賊を率いて村から村へと略奪を繰り広げていました。サイ・サイシーに闘いを挑もうとするドモンと、彼のことを兄貴と慕う謎の少年の正体とは？
ネオフランスの華麗なるファイター、ジョルジュの某国とのファイト中に割り込んだドモン。しかし、その無礼な行動がジョルジュの反感を買ってしまう。さらにドモンは、ジョルジュに恋する姫君マリアルイゼをも誘拐してしまった!?
ボルトガンダムと闘うためにネオロシアに来たドモンは、なんと刑務所に入れられてしまう。それはネオロシア政府の仕組んだ罠だった。そして、彼の前に現れた謎の囚人アルゴ・ガルスキーの正体とは？
ネオジャパン政府は、引き分けばかりで成果の上がらないドモンをコロニーに呼び戻す。そこで彼を待っていたのは恐るべきテストだった。写真の男の正体は？ 最強最悪と言われるデビルガンダムとは？ ドモンの真の目的が今明らかになる!!
ネオメキシコにやって来たドモンは何者かに襲撃をうける。犯人の名はチコ・ロドリゲス。彼はファイターであることを捨てるため、国家の追っ手や挑戦者をその手にかけて来た。しかし、それは宇宙病に侵された妹ジーナのためだった……。
ネオカナダのファイター、グラハムは、ネオロシアの情報提供をドモンに迫ります。しかし、それを断ったドモンは、レインを人質にとられてしまうのです。彼女を救おうとするドモンはネオロシアのナスターシャから、グラハムの過去について聞かされる。
ドモンの次なる相手は、ガンダムファイト連続優勝の記録を持つベテランファイター、ネオイングランドのチャップマン！ だが、彼と対戦したジョルジュは、卑怯な手段で勝とうとする極悪ファイターだと言う。果たしてチャップマンの真実の姿とは？
ネオエジプトに来たドモンとサイ・サイシーの前に、世にも恐ろしいミイラ男と大昔のMFファラオガンダム4世が現れた。何故サイ・サイシーだけが狙われるのか？ 倒しても再生するガンダムの謎とは？ ドモンはついにデビルガンダムの手がかりを掴む。
雨に煙るネオトルコの街で、レインはガンダムファイターとなったかつての恋人と再会します。ですが、恐ろしいことに、彼はデビルガンダムの手先となって暴挙の限りを尽くしていた。果たしてレインは、彼を悪魔の手から救い出すことができるのか？
ネオジャパン・コロニーからの命令で廃虚と化した東京・新宿にやってきたドモン達。ここで謎のMS軍団デスアーミーの攻撃を受けます。その窮地を救った人こそ、ドモンの師匠であり先代のキング・オブ・ハート、マスター・アジア「東方不敗」だった！
東京タワーからの救難信号を知ったドモンはマスターと共に生存者救出に向かう。そこで彼を待ち受けていたのは恐るべきパワーを身に付けた4人のライバル達と、正体不明の黒いガンダム。彼らは意外にもドモンを攻撃してきた！
マスターの不審な行動が気になるレインは、彼を追跡するうちに不気味な兵士達の工場を発見する。謎がふかまる中、次々と襲い来るデスアーミー軍団。そして4人のライバルに苦戦するドモンの前で、ついにマスターの正体が明かされる。
ドモン達の前に現れた4人の最強戦士「シャッフル同盟」。彼らはメンバーの1人であるマスターを粛正するために新宿へと飛来したのだった。彼らとチボデー達のガンダムが、そしてドモンとマスターが武闘家の魂をかけて激しくぶつかりあいます。
大地を揺るがし遂に復活した、悪魔の巨大マシーン。迎え討つのはドモンをはじめとする新生「シャッフル同盟」と、突如現れたネオドイツの覆面ファイター。果たしてドモンは兄キョウジを倒し、悪魔の暴走を食い止めることができるのでしょうか!?
新宿から忽然と消えたキョウジとデビルガンダムを追い求めるドモン。その行く手に待ち受けるマスターの恐ろしい罠。さらにネオドイツのファイター、シュバルツまでもが立ちはだかり、ガンダムシュピーゲルでファイトを挑んできた。
己の未熟さを知ったドモンは、マスターと共に修業を積んだ南米ギアナ高地を訪れる。一方、デビルガンダムとの闘いのショックから立ち直れないチボデーのため、シャリー達4人もドモンを追ってギアナ高地へ向かった。
ある晩、ネオロシアチームのキャンプが何者かに襲われた。容疑を掛けられたサイ・サイシーはアルゴからの挑戦に応じガンダムファイトを開始します。しかし、それは2人を闘わせようとしたマスターの巧妙な作戦だった……。
あの新宿シティでの事件以来、デビルガンダムの幻影におびえ続けるジョルジュ。その彼に恨みを持つネオフランスの元ガンダムファイター候補、ミラボーが刑務所を脱走。自らDG細胞の力を利用しジョルジュへの復讐を企てた！
決勝大会を目前にひかえ、ドモンの修業の完成もあと一歩のところにまできていた。しかし、突如現れたデスアーミー軍団の妨害。ドモンからの合図にシャイニングを届けようとするレインを、チボデー達は守り抜くことができるのか？
マスターガンダムの攻撃に傷ついたシャイニングのために、シャッフルの仲間達は続々と迫るデスアーミー大軍団を迎え撃とうと力を合わせる。しかし、決勝大会開始までの時間はあとわずかしかない。彼らは無事、脱出できるのか!?
マスターとの決着のために、1人残ったドモン。彼はデビルガンダムの出現に、怒りのスーパーモードで立ち向かおうとするが、自ら危機を招いてしまう。死を覚悟したその時、ドモンは遂に明鏡止水の心をつかんだ！
ついに宿敵デビルガンダムを倒したドモン。しかし、執念のマスター・アジアがシャイニングガンダムを打ちのめし、ドモンは最大のピンチを迎える。その時、決勝会場ネオ香港で待つレインの祈りが最強の戦士を目覚めさせた。
ガンダムファイト決勝大会がいよいよスタート。ドモンの新型機ゴッドガンダムを初めとする世界各国の強豪ガンダム達がネオ香港に集まった。しかしそこには、驚くべきファイターまでもが姿を見せた……。
ゴッドガンダム注目の第1戦、相手は優勝候補No.1、ネオギリシャのゼウスガンダム。超巨漢ファイター、マーキロットが操る圧倒的なパワーにドモンはピンチ！ しかし彼は、シャイニング・フィンガーに変わるゴッドの必殺技を知らされていなかった！
ドモンの次なる相手はネオインドのファイター、シジーマ操るコブラガンダム。大蛇を思わせるその巨体と、締め付け攻撃にゴッドガンダムも大苦戦。しかも、ガンダムに憧れる少年の悪戯でドモンは、またしてもピンチに追い込まれてしまう！
全て不戦勝で勝ち進んでいるネオネパールのファイター、キラル・メキレル。彼は何と、自分の対戦ファイターを暗殺する殺し屋だった。次なる相手ドモンに忍び寄るキラル。第11回大会では優勝候補とまで言われた彼を、変えてしまった理由とは？
ネオデンマークとの試合を前にしたサイ・サイシーは、街で出会った美しい少女セシルに一目惚れ。稽古もさぼってセシルのところへ通うサイ・サイシーだったが、なんと彼女は次の対戦相手、ネオデンマークのファイター、ハンスの妹だった！
ドモンに新たなるライバル出現。あのアルゴをたったの48秒で倒してしまった少女の名は、ネオスウェーデンのアレンビー・ビアズリー。ただでさえ凄腕の彼女を、破壊の天使へと変貌させる装置“バーサーカーシステム”にはどんな秘密があるのか……。
怪しげなモノマネ戦法でジョルジュを破った、ネオポルトガルのジェスターガンダム。ファイターであるロマリオは、緻密な心理攻撃で次なる相手チボデーを狙います。幼き頃の古傷を突かれたチボデーは、自分自身に打ち勝つことが出来るのか？
ローマでの屈辱をはらすため、ドモンへの復讐に燃えるミケロ・チャリオット。なんと彼は、シャッフル同盟へ恨みを持つファイターに、ドモン達の暗殺計画を持ちかける。さらに、この大会の裏に隠された巨大な何かがついに動き出した！
ジョルジュの次なる対戦相手は、DG細胞の力で驚異の復活を遂げたチャップマン。さらに、悪魔の手先はファイト中にバリア・コントロール・センターを占拠。マリアルイゼたちネオフランス・クルーを守るためジョルジュは窮地に立たされる！
シュバルツはネオ香港地下にあるデビルガンダムを発見。しかしウォンはそれをドモンの仕業だと思い込んでしまう。そして、アシュラガンダムとスカルガンダムに挑むドモンを待ち受ける罠！ 果たしてドモンに勝機はあるのか？
ネオ香港の街にガンダムヘッド出現！ ドモンは今こそシャッフル同盟の使命をはたす時と持ちかけるが、チボデー達はドモンとの直接対決に闘志を燃やす。新必殺技をあみだしたチボデーを迎え撃つドモンのとった対抗策とは何なのか？
ネオフランス元首がジョルジュに下した命令、それはネオジャパンとの試合を放棄すると言うものだった。貴族のプライドを傷つけられたジョルジュは、国家反逆罪になるのを承知でガンダムローズを強奪！ ドモンに決闘を申し込むが……。
偶然手にした一通の手紙によって、少林寺再興への執念を新たにするサイ・サイシー。彼は命を捨てる覚悟でドモンとの直接対決に挑む。そして、今や失われたとされる幻の少林寺最高奥義“真・流星胡蝶剣”を繰り出してきた。
ドモン、アレンビー組によるタッグマッチ第2戦。今度の相手は新必殺技“ガイア・クラッシャー”で立ち向かうアルゴと、その彼に復讐を誓うグラハム。実は、この闘いの裏ではウォンの恐るべき計画が進行していた。
アルゴたちとのファイト後に、行方不明となったアレンビーを捜すドモン。その彼に闘いを挑むマスター・アジア。ガンダムヘッドの出現で、かつての師弟は地下道をさまよい歩く。マスター・アジアがドモンに伝えようとする真の目的とは何なのでしょう？
共に全勝同士のドモンとシュバルツが迎えた最終戦は、なんと特設リングによる“電流爆破金網時限デスマッチ”！ さらに、驚いたことに辞表を提出してドモンたちの前から消えたレインが、ネオドイツのクルーとして現れた!!
決勝大会もいよいよ大詰め。最終決戦の地、ランタオ島ではドモン達が激しいファイトを展開する。勝利の栄冠を手にするのは果たして一体誰か？ シュバルツがドモンに告げた島の秘密、それはあの恐ろしき悪魔の復活のことだった！
レインが聞かされるデビルガンダム事件の意外な真相。一方、デビルガンダムの配下となったミケロの圧倒的な攻撃力にドモンは大苦戦。その時、シャッフルの仲間、サイ・サイシーとアルゴがドモンのピンチに駆けつけた！
第2の四天王を操るチャップマンに、命掛けで立ち向かうチボデーとジョルジュ。バリア突破に団結するレインたち各国クルー。そして、ウォンの意のままに操られるアレンビーが、狂戦士となってドモンの行く手に立ちはだかる！
四天王と化したアレンビーに立ち向かうレインのライジングガンダム。マスターとの決戦を前に、シュバルツの真実の姿を知らされるドモン。紋章の重さを噛みしめながら、彼は愛する兄たちを救うため、悲しみの石破天驚拳を撃つのです！
デビルガンダムを葬ったドモン。ついにマスター・アジアとの最大最後のガンダムファイトが始まった。その中で語られるマスターの本当の目的。それは地球を愛するが故、頂点を極めた者だけが導き出せた答えだった！
ドモンの優勝でその幕を閉じたガンダムファイト。しかしレインは父ミカムラ博士が犯した罪を償うため、ドモンとの別れを誓います。ウルベ少佐によって回収されるデビルガンダムの残骸。それは、新たなる戦いの始まりだったのです！
全人類へ向け反旗を翻したウルベ。新たなる生体ユニットにレインを選んだデビルガンダムは、更なる進化を遂げるためネオジャパン・コロニーをも取り込む。レイン救出に向かったドモンも絶体絶命の大ピンチを迎える！
ドモンたちは合体四天王グランドマスターガンダム相手に大苦戦。そのとき、世界各国のファイター達が、地球の未来を掛けて悪魔迎撃のために立ち上がった！
活動を再開したデビルガンダムに、ガンダム連合は大ピンチ。しかも、閉ざされたレインの心が、究極の最終形態を生み出してしまいます。なんと、ドモンは最後の敵がレインだと知って、闘いを放棄！ 果たして、全宇宙の運命やいかに！
