The year is 2314 AD, two years after Celestial Being's last great battle and the world faces a new crisis. A derelict Jupiter exploration ship, abandoned 130 years ago, has left its orbit and is approaching Earth. The ESF has also begun to exploit the power of Innovators through Descartes Shaman. The world's exposure to GN Particles has resulted in many people awakening as True Innovators. Realizing the military benefits of such individuals, the Earth Sphere Federation has begun to research Innovation and exploit the emerging Innovators' abilities. As Celestial Being and its Gundam Meisters begin their final mission to save humanity from an unimaginable threat, the Extraterrestrial Living-metal Shape-shifters (ELS), Gundam Meister Setsuna F. Seiei is about to discover the true purpose of his evolution as an Innovator and the nature of the "dialogues" for which Aeolia Schenberg's plan had prepared the human race.
L'histoire se déroule en AD 2314, deux ans après la défaite de l'A-Laws et des Innovateurs menés par Ribbons Almark. Proche de Jupiter, Ian Vashti a rendez-vous avec sa femme dans une des bases de Celestial Being pour superviser l'achèvement des deux nouveaux GN-Drives et de leur propriétaire, le GNT-0000 00 QAN[T], Gundam construit pour exploiter les capacités d'un Innovateur.
Sur Terre, Saji Crossroad continue de veiller sur Louise Halevy qui a toujours besoin d'un soutien médical à cause de son état de santé fragile et de son traumatisme vécu lors des précédentes guerres. Pendant ce temps-là, dans l'espace, Marina Ismail et Shirin Bakthiar supervisent la construction d'une nouvelle colonie, mais leur navette est en proie à une attaque terroriste. Ils se retrouvent sauvés grâce à la présence à bord de Lockon Stratos et de Setsuna F. Seiei dehors, cette attaque leur ayant été prédite par Veda malgré la paix établie par la Fédération Terrestre souhaitant se repentir des actes inhumains de l'A-Laws.
Il film è ambientato due anni dopo la seconda stagione di Mobile Suit Gundam 00e conclude definitivamente la serie.
E' l'anno 2134 AD. Due anni sono passati dalla sconfitta degli Innovators. L'A-Laws è stata destituita e la sua tecnologia è stata integrata nel nuovo esercito. Tuttavia l'esposizione planetaria alle particelle GN ha comportato il risveglio di molte persone come "True Innovators". I Celestial Being sono tornati come osservatori, giusto in tempo per affrontare una nuova sfida: una sonda gioviana abbandonata è in rotta verso la terra, portando con se un nuovo pericolo per l'umanità. Sarà lo stimolo per innescare l'ultima fase del proggetto di Aeolia Schenberg?
24世紀初頭、突如として姿を現した私設武装組織「ソレスタルビーイング」。彼らはガンダムによる戦争根絶を掲げ武力介入を開始、一時は組織壊滅の危機を迎えながらも、争いの絶えなかった世界を急変させた。
地球連邦政府の成立。その後の独立治安維持部隊アロウズの専横による戦争状態を経て、武力に頼らない社会を選択するに至った人類だったが、西暦2314年、再び危機が訪れる。130年前に廃船となっていた生体反応の無い木星探査船が地球圏に接近してきた。それは、人類の存亡をかけた戦いの始まりを告げる船だった・・・
戦いの中、人類の水先案内人たる革新者（イノベイター）へと進化したソレスタルビーイングのガンダムマイスター、刹那・F・セイエイ。彼は、新たな危機の中で、自らの進化の本当の意味と直面する。果たして、イオリア計画の最終段階とは。そして、「来るべき対話」とは一体何なのか――
지구연방 신정부의 유화정책에 의해 점차 평화를 되찾아가는 세계. 거기에 CB의 모습은 보이지 않았다. 목성에서 돌연 나타나 지구를 향하는 지구 외 변이성 금속체 ELS의 대군, 그리고 아직 외계 종족과의 대화의 준비를 갖추지 못한 인류. 대화에 앞서 생존을 위해, 그리고 어쩌면 가능할지…
先驱者的觉醒2010年9月18日在日本上映，是机动战士高达00于2009年3月29日在第二季动画最后一集播毕后发表的剧场版，时间点为刹那·F·清英与变革者领导者－利邦兹·阿尔马克的最终决战后两年（公元2314年）。表面上消失了的天人为了防止战争发生仍然在暗处活动着，这时，新的战争打响了信号。再次集结起来的高达驾驶员们乘坐着新式高达，开始了战斗！
Zwei Jahre nach den Ereignissen aus Staffel 2 reisen Marina Ismail und Shirin Bakthiar in einem Shuttle zu einer Kolonie. Auf dem Weg wird ihr Shuttle von einem Attentäter angegriffen. Ehe das Shuttle vernichtet wird, erscheint Setsuna F. Seiei und beschützt diese. Um seine Identität als Mitglied von Celestial Being zu verschleiern, nutzt er hierfür nicht seinen Gundam, sondern einen angepassten Flag. Kurz darauf entdeckt die Erdföderation die in Richtung Erde fliegende Raumstation. Um größere Schäden zu vermeiden, wird die Station mithilfe unzähliger Raketen und einem ‒ von Innovator Descartes Shaman geflogenen – GNMA-Y0002V Gadelaza zerstört. Dies ist der Auftakt von Ereignissen, die die Menschheit an den Abgrund der Vernichtung führen …
Es el año 2314 d.C., dos años después de la última gran batalla de Celestial Being y el mundo se enfrenta a una nueva crisis. Una nave de exploración de Júpiter abandonada hace 130 años ha abandonado su órbita y se acerca a la Tierra. El FSE también ha comenzado a explotar el poder de los innovadores a través de Descartes Shaman. La exposición mundial a las partículas GN ha hecho que muchas personas despierten como verdaderos innovadores.
