Seit dem letzten Kampf zwischen der Celestial Being und den UN Gruppen sind vier Jahre vergangen. Um die Rechte und Anliegen der Menschen weiter zu unterstützen und die Gemüter der Überlebenden zu beschwichtigen, wird eine unabhängige Armee, die A-Laws gegründet.
The Earth Sphere Federation's autonomous peacekeeping force "A-LAWS", has been suppressing an opposition force called "Cataron", using inhuman tactics and extermination. Saji Crossroad has been working as an engineer on the "Proud" Colony, a space station under construction. When a coworker is discovered to belong to Cataron, Saji is arrested under false charges by A-LAWS and pressed into forced labor. Cataron forces mounts a rescue, but A-LAWS mobile suits appear with orders to exterminate the rescuers and all station personnel to cover up its forced labor operation. Setsuna F. Seiei, infiltrates the colony during the battle and rescues Saji. Setsuna then engages the A-LAWS suits in Exia. Still damaged from its battle four years prior, Exia is no match for A-LAWS' new "Ahead" mobile suit. Setsuna is saved at the last moment by the appearance of Tieria in his new Seravee Gundam. Brought back to Celestial Being's new mothership, Ptolemios II, Setsuna is confronted by Saji who now knows Setsuna's identity as a Meister. Once again joining Celestial Being, Setsuna returns to Earth to recruit Lyle Dylandy as the new "Lockon Stratos".
Quatre ans ont passé, et l'équipage de Celestial Being ne sait toujours pas si Setsuna est vivant. Une attaque sur la colonie Proud où se trouve Saji Crossroad se prépare, et laisse supposer que cet événement de grande ampleur fera revenir le pilote de l'Exia.
カタロンの幹部・クラウスは、シーリンに、建造中のコロニーに捕らえられている同志の救出作戦を急がせる。技師としてそのコロニーにいた沙慈は、アロウズにカタロンとして捕らえられてしまっていた。
コロニーに突入するカタロンの救出部隊。アロウズのグッドマン准将、ジェジャン大佐の指揮の下、ジニン大尉、アラッガ中尉、そしてアロウズのパイロットとなったルイスのＭＳ小隊は、その部隊を壊滅させ、さらに無人殺戮兵器のオートマトンがコロニーへと投下した。
４年間、独りで世界の動向を探っていた刹那は、進入に成功したコロニー内部で、偶然にも沙慈との再会を果たす。補修したエクシアでオートマトンを排除し、ジニンの部隊へ向かう刹那。苦戦を強いられるも、ティエリアの乗ったセラヴィーガンダムがその窮地を救った。
戦闘後、ＣＢに憎しみを抱えていた沙慈から銃口を向けられる刹那。しかし沙慈は引き金を引けず、プトレマイオス２へと連行される。
ＣＢと合流し、地球へと降りた刹那は、先の戦いで戦死したロックオンの双子の弟、ライル・ディランディとの邂逅を果たす。
地球圈联邦‧独立治安维持部队“A-LAWS”，以不人道手段对反政府势力“卡达鲁”执行镇压、歼灭任务。纯源的干部克劳斯告知希琳，要加快在建设中的殖民地“荣誉”的同志救出作战。成为技师的沙慈在那个殖民地工作，却因为同僚是卡达鲁的成员而蒙上不白之冤，遭到A-LAWS的保安局人员逮捕，被送到高重力区进行强制劳动。
