Seit dem letzten Kampf zwischen der Celestial Being und den UN Gruppen sind vier Jahre vergangen. Um die Rechte und Anliegen der Menschen weiter zu unterstützen und die Gemüter der Überlebenden zu beschwichtigen, wird eine unabhängige Armee, die A-Laws gegründet. In der Realität herrschen jedoch weiter unmenschliche Zustände und Setsuna F. Seiei beschließt, erneut mit seinem Gundam gegen die Unterdrückung zu kämpfen.
Marina speaks to Setsuna, Tieria, Ian and Lasse, thanking them for saving her while making a request for them to be bring her back to Azadistan when Tieria refused at first. On the way to Azadistan, the Ptolemaios 2 is attacked by an A-LAWs navy ship in an ambush and has deployed underwater mobile armor 'Trilobyte' to eliminate the ship. Setsuna, Lockon, Tieria and Allelujah have managed to defeat them, bringing the fight to the surface before Soma and The Masked Man intercepted Setsuna and Allelujah with their customized Aheads. Kataron mobile suits arrive just in time to drive back the A-LAWs ship. Marina and Shirin are then reunited. Meanwhile, Billy has been recruited as an A-LAWs MS development chief due to his grudge with Sumeragi.
La mission de sauvetage est un succès : Setsuna et Tieria parviennent à libérer Allelujah et Marina Ismaïl. Mais malgré la victoire, Sumeragi Lee Noriega ne se résout pas à poursuivre le combat. Hésitante, elle va écouter les volontés de différentes personnes à bord du Ptolémée…
保護したマリナの願いにより、アザディスタンへと進路を向けるＣＢ一行。一方、アロウズは、リント少佐の作戦により、水中ＭＡ・トリロバイトと共に艦をアラビア海へと向ける。
アレルヤはピーリスこと「マリー」の奪還を心に誓う。そんな目的を持ったアレルヤとの会話の中、スメラギは自分が戦う理由を模索するのだった。
ライルからの情報を受け、クラウスたちはＣＢとの協力を取り付けるべく接触を試みようとする。そしてそこにマリナがいることを推し量り、シーリンは同行を願い出た。
アラビア海を航行中、リントの作戦により、身動きが取れなくなってしまうプトレマイオス。トリロバイトの突撃を受け、艦体に穴を空けられてしまうが、注水時間が短縮されたことで、セラヴィーとダブルオーが出撃、トリロバイトを撃破する。
海上へと出たアリオスとダブルオーは、ミスター・ブシドーとピーリスの駆るアヘッドからの攻撃を受けてしまう。苦戦する刹那らだったが、カタロンのＭＳの支援で窮地を脱し、クラウスたちとの邂逅を遂げる。そしてマリナもまた、シーリンとの再会を果たすのだった。
A-LAWS为了展开下次作战，召来林特少校。卡蒂在分析前次与托勒密号的作战时，感觉到某些东西。纯源的干部克劳斯等人意图与天上人进行接触，而忧心玛莉娜行踪的希琳，也要求与他们同行。林特将水中用MA编入作战的追击，正逼近航向转往阿拉伯海的托勒密号。
