ザフトのテロリストによるユニウスセブン落下事件「ブレイク・オブ・ザ・ワールド」により、地球上に降り注いだプラントの破片群。それは世界のあらゆる都市を壊滅させ、未曾有の悲劇を生むこととなった。 同時期、DSSD（深宇宙探査開発機構）の開発センターの保安副部長である、エドモンド・デュクロと同技術員セレーネ・マクグリフもまた、被害を受け水没した市街地にて開発センターへの帰還の手段を探していた。 そこへ突然巻き起こる爆発。被災地の避難民と救援部隊は騒然となる。黒煙の先に姿を現したのは、一機の所属不明モビルスーツであった。最終実験段階となった宇宙探査用ＭＳ「GSX-401FWスターゲイザー」の開発計画を推し進めるため、セレーネを見送ったエドモンド。やがて彼は、暴走し砲弾を放つ所属不明機を見据え、不敵な笑みを浮かべていた。 一方、ファントムペインの基地にて惨状を見つめるスウェン・カル・バヤンたちの姿があった。下される出撃待機命令。起動を開始する漆黒の機体。 混迷を極める地上から、星はまだ見えない―。
事実上の開戦ともいえる、ユニウスセブン落下事件｢ブレイク・ザ・ワールド｣以降、世界各地では地球連合とザフトによる戦闘が激化していた。 連合MSの研究施設を持つキルギスプラントにも、突如としてザフトのモビルスーツが襲撃し、施設を蹂躙していく。なすすべもなく殺されていく研究員たち。その時、薄明の空から漆黒のMSが舞い降りる。ファントムペイン所属、スウェン・カル・バヤンの駆る「GAT-X105E ストライクノワール」である。圧倒的な戦闘能力で次々とザフトMSを撃破していくその姿は、人々に戦慄を与えてた。 一方宇宙では、DSSD（深宇宙探査開発機構）の宇宙ステーションにおいて宇宙探査用の新型MS「GSX-401FWスターゲイザー」の機動実験が始まろうとしていた。 その時を待つソル・リューネ・ランジュと セレーネ・マクグリフ。その瞳は、スターゲイザーと共にまだ見ぬ星の彼方を見上げている－。
ロード・ジブリールの地球からの脱出にともない、プラントと地球連合軍の戦闘はその戦場を宇宙へと移し、苛烈の一途をたどっていた。 その戦争とはまるで無縁かのようなDSSDのトロヤステーションでは、それぞれの研究に没頭する技術員に囲まれ、GSX-401FWスターゲイザーの深宇宙への旅立ちの準備が着々と進んでいた。そこへ突如としてステーションの通信システムが停止、同時にモビルスーツ部隊の接近が知らされる。自律AIを持つスターゲイザーの奪取を目的とした、ファントムペインによるものであった。ストライクノワールとヴェルデバスターの圧倒的な戦闘能力はDSSD保安部隊を追い詰めていく。 迫り来る漆黒の恐怖を前に、再び純白の機体が起動の光とともに顔を上げ始める。遠い星空を見上げながらその瞳に映すものは、戦争。 星を見る者、星を見ぬ者それぞれがそれぞれの戦いのために。 そして黒と白は交差する－。
