Athrun returns to the PLANTs on a shuttle to speak to his father, but he is arrested. Lacus and (the presumed killed in action) Andrew Waltfeld join forces, stealing the ZAFT support ship Eternal and rescuing Athrun. They join forces with the Archangel and the Kusanagi thus forming the Three Ships Alliance.
Alors que le Kusanagi et l'Archangel se dirigent vers la colonie spatiale abandonnée Mendel, Asran décide de se rendre sur les PLANT afin de confronter son père.
Les retrouvailles entre le nouveau président et son fils sont pour le moins houleuses.
Lacus Clyne e Andrew Waltfeld sottraggono la Eternal da ZAFT e salvano Athrun Zala. Nello spazio si riuniscono con la Archangel e la Kusanagi.
父の真意を確かめるべく、アスランは単身プラントへと帰還する。一方、潜伏を続けるラクスは決戦の気運の高まりを感じ、行動を起こすことを決意した。父と対峙したアスランはこの戦いの真意を問いただすが、「ナチュラルを全て滅ぼす」という言葉に、狂気すら感じ愕然とする。
阿斯兰前往ZAFT的宇宙要塞“雅金·杜埃”与父亲见面，但帕特利克·萨拉“这场战争的目的就是为了灭绝自然人”的回答让阿斯兰彻底死了心。为了从阿斯兰那里获取自由高达与正义高达的所在，帕特利克将阿斯兰拘禁起来；得知消息的拉克丝等人立即开始行动起来。 将脱出的阿斯兰收容的，是以拉克丝为指挥官的ZAFT军的新造战舰“永恒号”，而舰长正是安德鲁·巴特菲尔德。向宇宙要塞“雅金·杜埃”发进的永恒号遭到了ZAFT军追击队的攻击。危急时刻，驾驶自由高达的基拉出现，解救了永恒号。 草剃号、大天使号和永恒号在L4的殖民卫星“门德尔”会合了。安迪、拉克丝这些“克莱茵派”的人，也与大天使号的众人再度见面。
Athrun wird nach einem Gespräch mit seinem Vater des Hochverrats beschuldigt und inhaftiert. Zur gleichen Zeit übernimmt ein Totgeglaubter das Kammando über die Eternal, dem Trägerschiff des Justice und des Freedoms.
Athrun regresa a las PLANTs en un transbordador para hablar con su padre, pero es arrestado. Lacus y (el presunto muerto en acción) Andrew Waltfeld unen fuerzas, roban el barco de apoyo de ZAFT Eternal y rescatan a Athrun. Ellos unen fuerzas con el Arcángel y el Kusanagi formando así la Alianza de los Tres Barcos.
