During the Earth Federation's assault on the Zeon's A Baoa Qu fortress, Io and his comrades escape captivity while several Zeon forces retreat, taking Io's Gundam with them. Eight months after the end of the One Year War, the Federation continues to battle Zeon remnants on Earth. The Federation carrier Spartan enters Earth orbit, but a Musai-class ship launches its Komusai shuttle for a kamikaze run on it. Suddenly, a new Gundam piloted by Io is launched from below and it slices the Komusai in half to save the Spartan.
一年戰爭結束７個月之後的地球。自護公國軍的殘黨組織，忘了讓變為共和國的祖國再次復權為公國而持續戰鬥著。戰爭末期於雷霆戰區立下全滅慕亞兄弟艦隊驚人戰果的MS，精神感應渣古的駕駛員達里爾，失去精神感應渣古之後來到地球，擔任搜查聯邦内部軍閥南洋同盟的諜報任務。
另一方面，和達里爾展開死鬥的以奧，被選為試作MS阿特拉斯高達(暫譯)的駕駛員前往地球。其新的戰場是──環繞留下殖民地墜落痕跡的澳洲大陸的南洋……。
一年戦争が終結して七ヶ月後の地球。
ジオン公国軍の残党組織は、共和国とされた本国を公国として復権するための戦いを続けていた。
戦争末期にサンダーボルト宙域でムーア同胞団の艦隊を全滅させた驚異のモビルスーツ、サイコ・ザクのパイロットだったダリルは、サイコ・ザクを失ったあと地球に降り、連邦内部の軍閥である南洋同盟を探る諜報任務に就いていた。
一方、ダリルと死闘を繰り広げたイオは、試作モビルスーツ、アトラスガンダムのパイロットに抜擢され地球に向かう。その新たな戦場は、コロニー落としの爪痕が残るオーストラリア大陸を抱く南洋だった……。
1년 전쟁이 종결되고 7개월 후의 지구 지온 공국군의 잔당 조직은 공화국으로 지정된 본국을 공국으로 복권하기 위한 싸움을 계속하고 있었다. 전쟁 말기 선더볼트 주역에서 무어동포단 함대를 전멸시킨 경이로운 모빌슈트 사이코자크의 조종사였던 다릴은 사이코자크를 잃은 뒤 지구로 내려가 연방 내부 군벌인 남양동맹을 탐색하는 첩보임무를 맡았다. 한편 다릴과 사투를 벌인 이오는 시제 모빌슈트, 아틀라스 건담 조종사로 발탁돼 지구로 향한다.그 새로운 전장은, 콜로니 함정의 상처가 남는 오스트레일리아 대륙을 안는 남양이었다…….
