Due to the emotional trauma Karla suffered during the One Year War, her mind has regressed back to that of an adolescent child with the Zeon Remnants now trying to take care of her in hopes of her adult mind to recover. Daryl's Acguy squadron heads to a South Seas Alliance-controlled city in Southeast Asia to retrieve a spy, but their cover is blown and they must fend off against the island's mobile Suits. Meanwhile, the Spartan is confronted by a South Seas Alliance mobile suit Squadron, with Io's former commander and lover Claudia leading them.
因為一年戰爭末期的經歷，讓卡拉的精神與記憶都出現退化。達里爾為了幫助卡拉康復，便應承扮演她的父親，然而病情卻沒有多大改善。達里爾等人離開海底基地後，為了與情報人員會合而駕駛龜霸出擊，卻在南洋同盟的佔領區遭到逹利部隊截擊。
另一方面，以奧與比安卡的阿特拉斯高達與鐳射大砲水中型在之前的戰鬥中受到重創。為了等待修理而只能候命。二人搭乘的斯巴達為了繼續執行雷霆作戰，向印度洋前進，但遭到由老虎和德戴組成的南洋同盟國境守備隊擋著去路。聽到了守備隊指揮官的聲音，讓以奧大為震驚。
一年戦争末期の戦いで精神と記憶の後退を起こしたカーラ。彼女の回復のため父親役を引き受けるダリルだが、病状はなかなか改善しない。
海底基地を後にしたダリル達は、諜報員との接触を図るためアッガイで出撃。南洋同盟の支配地域でダーレ部隊の迎撃に遭う。
一方、イオとビアンカは前回の戦闘でアトラスガンダムとガンキャノン・アクアを破損。修理のため待機任務を命じられる。2人の乗務するスパルタンはサンダーボルト作戦を続行してインド洋に向かうが、グフとド・ダイからなる南洋同盟国境守備隊に進軍を阻まれる。その守備隊指揮官の声にイオは愕然とするのだった。
일년전쟁 말기 전쟁에서 정신과 기억의 후퇴를 일으킨 칼라.그의 회복을 위해 아버지 역할을 맡는 다릴의 병세는 좀처럼 나아지지 않는다. 해저 기지를 뒤로 한 다릴들은 첩보원과의 접촉을 도모하기 위해 앗가이로 출격.남양동맹의 지배지역에서 살레부대의 요격을 당한다. 한편, 이오와 비앙카는 전회의 전투에서 아틀라스 건담과 건캐논·아쿠아를 파손.수리를 위해 대기 임무를 명령받다.2명이 승무하는 스파르탄은 선더볼트 작전을 속행해 인도양으로 향하지만 구프와 도다이로 구성된 남양동맹 국경 수비대에 진군을 막는다.그 수비대 지휘관의 목소리에 이오는 깜짝 놀랐다.
