רגע לפני ששערי המדרשה נפתחים, בואו להצצה ראשונה אל מאחורי הקלעים של סדרת האקשן הגדולה של השנה. עם: יהודה לוי, יהורם גאון, לירון וייסמן, חנה לאסלו ועוד.
פרק הבכורה הכפול של הדרמה שתשבור את כל המוסכמות. לראשונה בעולם, ארגון הריגול החשאי, פותח את שעריו ומזמין אתכם להיכנס ולגלות איך עובד הקורס הכי סודי שהופך אנשים רגילים לסוכנים.
אביגיל ויונה עורכים ישיבת סיכום בה הם סוקרים את ביצועיהם של החניכים - אלו שנפלטו ואלו שעומדים לסיים את הקורס בהצלחה ולהצטרף לשורות המוסד.
יכולתם של החניכים לתפקד תחת סיפורי כיסוי מועמדת במבחן. סווטה מגלה תוך כדי משימה את בן זוגה עם אישה זרה, חנוך חושש שיונה מנסה להפליל אותו בפשע שלא ביצע ואילו דוריס פוגשת באדם שמחזיק מידע חשוב על תעלומת מותו של בעלה.
קבוצת חניכים נשלחת למלון יוקרתי כדי להתאמן בהשתלת אמצעי ציתות. דוריס מנצלת את ההזדמנות כדי להשיג פרטים נוספים על סוכן המוסד שפגשה במשימה קודמת, בעוד שיונה טומן מלכודת לאביגיל שמגיעה למלון עם המאהב שלה.
החניכים נשלחים לתרגילי מעקב אחר אנשים אקראיים, ומגלים כי משימתם האמיתית היא לעקוב אחד אחרי השני. אבשה לומד פרטים חדשים על קובי פרחדל, מקס מפתח אובססיה מסוכנת כלפי קטרינה, וסווטה מוצאת עצמה בסכנה.
החניכים מקבלים מטרות אותם עליהם לפתות ולתמרן. קתרינה היפה מגלה שנשלחה אל אדם מסוכן בעל רקע של אלימות מינית סווטה נשלחת בניגוד לרצונה לפתות אישה ואילו חנוך מוצא את עצמו בדילמה מוסרית קשה.
דלתות 'המדרשה' ננעלות ללילה אחד שבו על החניכים לזהות מי מביניהם הוא ה-'תפוח הרקוב'. החקירות ההדדיות מובילות את החניכים למקומות פסיכולוגיים מסוכנים ונפיצים, בזמן שסודות מהעבר נחשפים לעיני המצלמות.
החניכים לומדים כיצד להרוס את חייו של אדם כדי להפוך אותו לפגיע וניתן לסחיטה. התרגיל שנקרא 'מבצע איוב' מלמד את החניכים שיעור חשוב על גבולות המוסר הגמישים של אנשי ארגוני הביון. במקביל, יונה יוצא לפעולה פרטית משלו.
יונה שולח את הקורס לחטוף אדם שנמצא תחת הגנת השב"כ, כחלק מתחרות שנתית בין הארגונים. דוריס מנצלת את תרגיל החטיפה המורכב כדי להבריח אל מחוץ לגבולות הארץ סוכן המחזיק במידע חיוני.
מקס אלבז, חניך שהועף מהקורס, חוזר כדי לנקום ביונה. יונה מנצל את האתגר שמעמיד בפניו החניך כדי לתרגל את תלמידיו ולסייע להם לצאת מהמשבר אליו נקלעו לאחר פציעתו הקשה גיורא הפנר.
במהלך תרגולי חיסול שולח יונה את החניכים לבצע התנקשויות מדומות בשתי מטרות שמהוות סכנה אמתית, ראשי משפחות פשע. במקביל מתכננת דוריס הימלטות מהארץ מחשש שיונה מהווה סכנה לחייה.
הקורס טס לבולגריה עם דרכונים מזויפים ובזהויות בדויות כדי לתרגל פעולות ביון בארץ זרה. יונה מנצל את היעד כדי להסביר לדוריס מה קרה באמת במבצע שהשתבש בסופיה, אך דוריס לא מאמינה לו.
בפרק הסיום של העונה יוצאים החניכים למבצע משולב כנגד יונה, מתוך רצון לחשוף אותו כפושע ובוגד. כל התשובות לחידות ולרמזים שפוזרו במהלך העונה מקבלות מענה מפתיע...
רגע לפני שהמדרשה חוזרת בעונה חדשה, קבלו הצצה בלעדית וסודית ביותר, אל אחורי הקלעים של הפקת הענק הבינלאומית, שנמכרה לצפייה ביותר מ-40 מדינות.
הררי לוקח את חניכיו למשימה המבצעית המסכמת בקייב, אבל עד מהרה מסתבר שליונה יש מטרה אחרת לנגד עיניו: הוא הצליח לעלות על עקבותיו של אהרון, סוכן מוסד שביים את מותו וגנב 2.5 מיליון יורו מהארגון.
לאחר שיונה נתקל בגופותיהם של דוריס ואהרון הוא נשלח להיפטר מהן. בינתיים החניכים מנהלים חקירה מול מלבין הכספים האוקראיני, ולירון חרירי מתמקד במטרה לחסל את יונה.
הפושע לירון חרירי ואנשיו לוכדים את יונה (יהודה לוי) בבית המסתור. אביגיל שהגיעה לאוקראינה כדי לסייע ליונה מוצאת את עצמה לכודה בתוך תוכנית גיוס שהשתבשה קשות.
במטרה להבין מי עומד מאחרי רצח דוריס ואהרון, הפושעים נשלחים ליצור מגע עם ארגון הפשע האוקראיני. התוכנית של יונה נהרסת כאשר טובי נשבר תחת הלחץ ומבצע שגיאה גורלית.
לאחר חטיפתה של אביגיל, לירון ויונה יוצאים לדרכי פעולה נפרדות במטרה להצילה. כותל מחליט לנצל את מצב הדברים כדי לחסל את יונה ומגלה שהמציאות מורכבת מכפי שחשב
בזמן שאביגיל מנסה לשרוד בשבי דאע"ש, יונה ממשיך לעשות כל שביכולתו יחד עם איימי וטובי כדי להציל את גלעד שהושתל בארגון הטרור. לירון, כותל ומיצי חוזרים לבית המסתור במטרה להשיג מידע נוסף על המתרחש.
יונה יוצא עם כותל ומיצי לשטח בתקווה שהמעקב יוביל אותו לאביגיל ומנצל את ההזדמנות כדי לערער את נאמנותם ללירון, בזמן שלירון פועל במקביל באותה צורה בדיוק מול טובי ואיימי.
העלילה מסתבכת כשיונה מגלה שלפעילות הפלילית של דאע"ש באוקראינה יש קשר ישראלי. בזמן שבית המסתור מותקף על ידי כוח בלתי מזוהה, מיצי מתכנן הימלטות ולירון מקדם את תכניתו להחליף את ארגון הפצת הסמים האוקראיני.
חייו של גלעד נמצאים בסכנה כששליח מסתורי מטעם דאעש מגיע לקייב. במקביל, אביגיל נפגשת עם מיכה בניסיון להשיג ממנו עוד מידע ומיצי מיישר את ההדורים מול לירון ומתקרב עוד יותר לאיימי.
יונה יוצא עם אנשיו במטרה לאתר את גופתו של גלעד ואביגיל נפגשת עם ראש המוסד בקייב אבל מוצאת את עצמה תחת חקירה צולבת. המשימה מתגלה כבעלת אג'נדה נסתרת ומובילה לתוצאות מפתיעות.
אבו דאוד נחוש לשים קץ להתערבותם של יונה וחניכיו, דוד עזריה מתחיל להתערב בכל התכניות והרקע להתרחשויות עם דאעש בקייב נחשף ובדיוק כשיונה חושב שהכל בשליטה, הוא שוכח שהנקמה של חרירי עוד מאיימת.
בפרק הסיום של העונה מתנגשים שני הכוחות חזיתית במאבק לחיים ולמוות: יונה ואנשיו מול דאע"ש והאנשים שמושכים בסתר בחוטי ארגון הטרור. תעלומת רצח אביו של לירון נפתרת ויונה מוצא לעצמו יעוד חדש.