九十九にアメリカ行きの話が持ち上がる。そんな中、犯罪捜査の進歩に貢献した功績が認められた科警研は表彰しにやってくる警察庁副長官の川瀬を出迎えることになるが、花束贈呈の瞬間、川瀬がライフルで狙撃されてしまう。警察の裏を書こうとする手口を読んだ九十九の助言で狙撃者を捕まえたが、捕まった男は囮にされただけだった。さらに九十九はそれを不適に笑いながら後にする男と邂逅する。狙撃現場には血で描かれた×の印が残されており、それを見た九十九は警察と科警研への挑戦状だと感づき、闘志を燃やす。だが犯人は衆議院委員の尾崎が誘拐して48時間以内に殺すと宣言、さらに第3の犯行も発生する。そして一連の事件に武井の存在が見え隠れする。