白熱の期末試験が終わり、夏休みの林間合宿を控えた雄英高校メンバー。 デクとオールマイトは、ある人物からの招待を受け海外に浮かぶ巨大人工移動都市を訪れていた。 世界中の科学研究者たちの英知が集まったまさにサイエンスハリウッドのような島で個性やヒーローアイテムの研究成果を展示したが開催される中デクは“無個性”の少女・メリッサと出会う。メリッサに、かつて同じ“無個性”だった自分を重ねあわせるデク。 その時、突如鉄壁のセキュリティを誇るアイランドの警備システムが敵<ヴィラン>にハッキングされ島内全ての人間が人質に獲られてしまう! いま、ヒーロー社会の構造を揺るがしかねない【ある計画】が発動する―! その鍵を握るは、平和の象徴(ナンバーワンヒーロー)・オールマイト。
雪が降り続く冬のある夜。ヒーロー社会を壊そうと目論む敵<ヴィラン>・死柄木弔たちが、密かに【何か】を運ぼうとしていた。彼らの動きを事前にキャッチしたプロヒーローたちが現場に駆け付け、激しい戦いを繰り広げる。その戦いの中、その【何か】は、仲間とともに去って行った。「実験は、成功した―。」という言葉を残して。 ちょうどその頃、出久たち雄英高校ヒーロー科1年A組の面々は、引退したNo.1ヒーロー・オールマイトの後を継ぐ“次世代のヒーロー育成プロジェクト”の一環として、クラス全員で期間限定の校外ヒーロー活動のために日本のはるか南に位置する離島・那歩島(なぶとう)を訪れていた。 ここしばらく大きな事件が全く起きていない平和な島で、駐在ヒーローとして島の人々の生活を助けながら、忙しく、それでいてのんびりとした時間を過ごす中、出久たちは真幌(まほろ)と活真(かつま)という二人の姉弟と出会う。ヒーローに憧れる活真と早速打ち解ける出久だったが、なぜか真幌は、かたくなに活真を出久たちから遠ざけるのだった。そんな中、突如謎の敵<ヴィラン>たちが那歩島に襲来、次々と島の施設を破壊していく。それを指揮するのは、「ナイン」。出久、爆豪ら1年A組のメンバーは力を合わせて敵<ヴィラン>に立ち向かうが、ナインの圧倒的な“個性”と力は想像を遥かに超えるものだった。 なぜ、ナインたちは那歩島を襲撃したのか?そして、出久たち1年A組の“ニューヒーロー”たちは、果たして最凶の敵<ヴィラン>から活真と真幌、そして島の人々を守ることができるのか―!?
対抗戦第3試合、A組は轟の氷結でB組の身動きを封じようとするが、骨抜を起点とした個々の“個性”でB組チームも反撃を仕掛けていく。骨抜の“個性”に対し、飯田は自身のスピードをさらに高めた新技「レシプロターボ」で応戦!すぐさま飯田は回原との戦いに苦戦している尾白の助太刀へと向かい、捕まえることに成功する。A組チームが優位に立つ中、氷塊の盾を砕きながらその発生源である轟に迫る鉄哲。轟は氷結から炎熱に切り替えるが身体を鋼質化する鉄哲に効かず、圧倒的な近接攻撃に手も足も出ない。果たして轟はこの戦況を変えられるのか…!?対抗戦第3試合、A組は轟の氷結でB組の身動きを封じようとするが、骨抜を起点とした個々の“個性”でB組チームも反撃を仕掛けていく。骨抜の“個性”に対し、飯田は自身のスピードをさらに高めた新技「レシプロターボ」で応戦!すぐさま飯田は回原との戦いに苦戦している尾白の助太刀へと向かい、捕まえることに成功する。A組チームが優位に立つ中、氷塊の盾を砕きながらその発生源である轟に迫る鉄哲。轟は氷結から炎熱に切り替えるが身体を鋼質化する鉄哲に効かず、圧倒的な近接攻撃に手も足も出ない。果たして轟はこの戦況を変えられるのか…!?