柊蓮司が通う輝明学園秋葉原分校の二年三組に、志宝エリスという転校生がやって来た。その日の昼休み、柊の幼なじみである赤羽くれはの強引な勧誘で、天文部に入部してしまったエリスは、仲良くなったくれはの案内で学校内を巡ることになる。その途中、“伝説の樹”と呼ばれる大樹を見たエリスは、突然頭痛に襲われて…。
“七徳の宝玉”の一つ“慈愛の玉”を手に入れたエリスにキマイラが襲いかかった。そこにアンゼロットからエリスの保護を命じられた柊が現れる。柊と共にキマイラを倒したエリスは、柊からアンゼロットの宮殿に連れて行かれ、自分がナイトウィザードの一人で、七つの宝玉を見い出す力を持っていることを聞かされて…。
二つ目の宝玉を探しに伝説の大陸メガラニカへとやって来た柊たちをゴーレムが襲った。応戦する柊たちだったが、その固さに苦戦してしまう。そんな彼らの元に、ナイトウィザードの一人である緋室灯が駆けつけ、力を合わせてゴーレムを撃退する。そして、氷の神殿にたどり着いた一同は、奥の広間で宝玉を見つけるが…。
アンゼロットから、三つ目の宝玉のある場所が月だと知らされたエリスたち。さっそく、宇宙航行用でスペースシャトルタイプの箒“シルバースター”に乗って、一同は月へと向かうことになる。だが、どこからともなく現れた大量の白ウサギによって船体が破壊され、エリスたちはバラバラに月面に放り出されてしまうが…。
アンゼロットから知らされた次なる宝玉の場所は、“地図にない島”だった。そこには魔剣使いの安藤来栖が一人で住んでおり、結界で覆って宝玉を守っているのだという。島に訪れたエリスたちは、安藤に会って説得を開始する。だが、全く効く耳を持たない安藤の様子にしびれを切らした柊は、魔剣で彼に打ちかかるが…。
宮殿に呼び出され、アンゼロットの話を聞いていたエリスたち。そんな時、エリスはアンゼロットから一つの箱を差し出される。だが、その中にあった五つ目の宝玉“節制の玉”に触れた途端、エリスは昏睡状態に陥ってしまう。柊たちは彼女を助けるため、偶然居合わせたナイトメアの助けを借りてエリスの夢の中に入るが…。
灯も柊同様にエリスと同居することになった。そんなある日、校外のスケート場でスケート教室が開かれた。初めてのスケートにワクワクするエリスと相変わらずクールな灯。一方、エリスに起こしてもらったにも関わらず、二度寝して集合時間に遅れてしまった柊は、何とか遅刻を取り消してもらおうと担任に食い下がるが…。
宝玉の光に包まれ、消えてしまった柊とエリス。そうしてエリスが現れた先は、砂漠に立つ巨大な塔の広間に描かれた魔法陣の中で、目前には魔王の一人であるエイミーが立っていた。一方、その塔の麓近くに現れた柊。そこにアンゼロットから連絡が入り、柊は自分たちが紀元前三千年の古代バビロニアにいることを知り…。
最後の宝玉である“希望の玉”が土星の輪にあると、アンゼロットはエリスたちに告げた。さらに、彼女は「最後の宝玉を手に入れたと同時に裏界への扉を開け攻め込む」と話す。そして、以前行動を共にしたまゆりやナイトメアと一緒に土星の輪へと向かおうとするエリスたち。だが、そこに魔王のベール＝ゼファーが現れて…。
裏界への門を開く魔法陣により、エリスの背中に現れた七つの翼。それぞれの翼から放たれた光は、敵味方を問わず攻撃し、土星の輪の一部や衛星すらも破壊してしまう。その翼と絶大な力は大魔王であるシャイマールのもので、エリスが彼の転生体であることを示していた。そんなエリスをアンゼロットは抹殺しようとして…。
アンゼロットに抹殺されそうになったエリスを守ったのは、かつてエリスたちを助けたキリヒトだった。さらに、駆けつけた柊も含めて宮殿から逃げ出した三人は、エリスのアパートへと逃げ込む。そして、三人はこれまでエリスを守ってきた“おじさま”に会うため、彼女が暮らしていた孤児院に向かおうとするが…。
何者かの手によって過去と記憶の崩壊が始まったエリスを連れて、柊は学園へと逃げ込んだ。だが、その目前にくれはが現れて、否応なく対決することになる二人。一方、アンゼロットの宮殿には、ベルたちの姿があった。「平和的話し合いに来た」という言葉通り、ベルは今回の事態に関してアンゼロットを諭すが…。
キリヒトの正体は、世界の観察者であるゲイザーだった。彼は全てを無に帰した後、新たに世界をやり直すためにシャイマールを復活させようとしていた。その目論み通り、くれはの死に絶望したエリスは、シャイマールを発現させてしまう。そして、復活したシャイマールはゲイザーの命ずるまま、世界を破壊し始めるが…。