Under orders from Laomoto, Six Gates ninjas Earthquake and Hugeshuriken hunt for the Dragon Dojo, run by Dragon Gendoso, the last real ninja in Japan, so that they can burn it down.
目障りなドラゴン・ドージョーの本拠地を発見し放火すべく、 ソウカイ・シンジケートからヒュージシュリケンとアースクエイクが出撃した。 ドージョーにはかつてニンジャスレイヤーを破滅から救ったドラゴン＝センセイと孫娘ユカノがいるのだ。 民間人に対して情け容赦ない拷問を加えながら、ドラゴン・ドージョーに迫るソウカイ・シンジケートの刺客！ この卑劣な企みを阻止すべく追跡を開始したニンジャスレイヤーだったが……！ 急げ！ ニンジャスレイヤー！ 急げ！
