忍術学園入学の段 くノ一教室はおそろしいの段
変な忍者の段 学園長の思いつきの段
消えたしんべヱの段 謎の分身忍者の段
楽しいゴールデンウィークの段 しんべヱ疑われるの段
剣豪・花房牧之介の段 一番偉いのは誰の段
くノ一教室に潜入せよの段 しんべヱがいないの段
忍びの天才の段 盗賊退治の段
武道大会の段 麗しき友情の段
密使・新九郎の段 ナメコ城へ走れの段
泳げない海賊の段 恋の病の段
山田先生狙われるの段 合同授業の段
キノコ山縦断訓練の段 再び剣豪・花房牧之介の段
父の敵の段 夏休みがなくなるの段
乱太郎（らんたろう）の家にアルバイトがやって来た。そのアルバイトをみてびっくり。灰洲井溝（はいすいこう）さんの弟子の飯加玄南（いいかげんなん）さんだった。忍術学園に行く途中、お金を落とし困っていたところを母ちゃんに助けてもらったのだ。
小松田（こまつだ）さんの実家の扇子屋でアルバイトをしていたきり丸に、骨と地紙を別々に注文した客の話を聞いた土井（どい）先生たち。霞扇（かすみおうぎ）の術のためかもしれないと考えた。そこで乱太郎（らんたろう）が似顔絵を描くことに・・・。
スッポンタケの代官館に、髪結いとして出入りしている斉藤タカ丸さんのお父さんの情報で灰洲井溝（はいすいこう）さんが狙われていることがわかった。そこで土井（どい）先生の作戦で玄南（げんなん）さんが代官館に潜入することに・・・。
「扇子作りアルバイト募集」のチラシを見つけたきり丸たち。チラシを配っていたのは小松田（こまつだ）さんの実家で未完成の扇子を大量に購入した奴らしい。翌朝、乱太郎（らんたろう）たちは、アルバイトのため町外れの荒寺にやって来た。
乱太郎（らんたろう）たちは、アルバイトの最中に忍たまであることを見破られてしまい急いで逃げることに。ところが新野（にいの）先生が捕まりそうになってしまった。そこでスッポンタケ忍者を退治するため乱太郎たちが思いついたことは・・・？
忍術学園へ行く途中、忍者らしき老人に出会った土井（どい）先生はその怪しいようすに後をつけることにした。学園で知らせを待つことになった乱太郎（らんたろう）たち。ところが、土井先生の他にも怪しい老人を調べに出かけた人たちがいたのだ。
安藤（あんどう）先生の指導のもと、一年い組が調査に出かけたことを知った乱太郎（らんたろう）たちは組。そこで山田（やまだ）先生の目を盗んでこっそり出かけることにした。そして見つけた怪しい屋敷。なんとそこはドクタケ忍者の駐在所だったのだ。
怪しまれないように近所の良い子を装い、屋敷を見張っていた乱太郎（らんたろう）たち。そのときまんじゅう売りがやって来た。これから屋敷にまんじゅうを売りに行くと聞き、乱太郎と庄左ヱ門（しょうざえもん）はいっしょに連れて行ってもらうことにした。
屋敷の下働きになりすました伝子（でんこ）さんと利子（りこ）さん。情報を収集するため相手の裏をかく「天唾（てんだ）の術」を使うことに。そこへまんじゅう売りとドクタケ忍者隊部隊長の大黄奈栗野木野下穴太（おおきなくりのきのしたあなた）がやって来た。
ドクタケ忍者の企みは、忍術学園や他のお城を攻撃することだった。攻撃を止めさせるため、伝子（でんこ）さんと利子（りこ）さんは、屋敷を爆破することに・・・。しかし、ドクタケ忍者は手ごわい。そこで二人が考えた作戦とは・・・？
忍術学園会計委員会の予算委員会が行われることになった。それを知った一年は組の会計委員団蔵（だんぞう）が急におびえだした。委員長の潮江文次郎（しおえもんじろう）先輩は、学園一忍者らしいといわれている人物なのだ。
深夜、吉野（よしの）先生に呼ばれた用具委員長の食満留三郎（けまとめさぶろう）先輩としんべヱたち。修理予定のボート、アヒルさん一号が紛失してしまった。さっそく探すことになったしんべヱたち。とりあえず池に向かった用具委員が見たものは・・・。
深夜、乱太郎（らんたろう）たちに相談にやって来たドクたま。キャプテン達魔鬼（たつまき）の発案でボートの練習をすることになり、さっそく近くの貯水池へ・・・。ところがボートはすぐに沈んでしまった。困ったドクたまたちはとんでもないことを言い出した。
忍術学園に泊まることになったドクたまたち。山ぶ鬼（やまぶき）はくの一教室に、しぶ鬼（しぶき）たちは忍たま長屋に泊めてもらうことになった。ところが、忍たま長屋はどの部屋にも問題が・・・。困ったドクたまたちがたどり着いた先は・・・。
あまりの暑さに食堂のおばちゃんが倒れてしまった。そこでかわりに忍者食研究家の黒古毛般蔵（くろこげぱんぞう）先生がやってきた。ところが般蔵先生のモットーは「腹に入ればみな同じ〜」なのだ。困った乱太郎（らんたろう）たちは・・・。
忍術学園に兵庫水軍の網問（あとい）と間切（まぎり）が相談にやって来た。学園長の紹介で臨海学校にやってきたドクたまたち。ところがどうも様子がおかしいのだ。心配した第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんが二人に託した伝言とは・・・？
臨海学校にやってきた山田（やまだ）先生、土井（どい）先生とは組の忍たま。ところがいきなりドクたまに変装したドクタケがけん制してきた。第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんの所へ操船技術を学びたいとやって来たのだ。そのねらいとは・・・。
兵庫水軍の東南風（やまじ）さんから『太鼓による合図の叩き方』を教えてもらったドクタケたち。厳しく教えてもらったおかげで太鼓の音だけで会話ができるようになった。その頃、西の浦には八方斎（はっぽうさい）たちが集結していた。
峠の茶屋から帰る途中、しんべヱと喜三太（きさんた）はナメクジがたくさんいる古い家を見つけた。ところがそこは、フリーの忍者たちの隠れ家だったのだ。捕まってしまったしんべヱと喜三太。ところがすでに安藤（あんどう）先生も捕らえられていた。
図書室で古い日記を見つけたきり丸。乱太郎（らんたろう）といっしょに読み始めた。ところが、そこには恐ろしいことが書かれていた。食満（けま）先輩の話では、学園長の若い頃の日記らしい。もしかしたら学園長はとんでもないことを・・・。
マラソンの最中、飯加玄南（いいかげんなん）さんに遭遇した土井（どい）先生としんべヱ。スッポンタケの企みを知り、しらせにやってきた。途中で合流した灰洲井溝（はいすいこう）さんと乱太郎（らんたろう）たちは土井先生の指示のもとある場所へ・・・。
チャミダレアミタケの殿様がピクニックをする谷へやって来た土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たち。護衛の中に暗殺者がまぎれているとの情報が・・・。そこで様子を探るため乱太郎たちは、近所の遊びに来た子供に変装して近づくことになった。
チャミダレアミタケの宴会料理を運んでいる女性から刃物と火薬のにおいを嗅ぎ取ったしんべヱ。乱太郎（らんたろう）たちは、さっそくチャミダレアミタケの殿様のところへ急いだ。ところが、彼女達は見せかけの刺客で本物は別にいたのだ。
スッポンタケ忍者たちが、谷の入口から「霞（かすみ）うちわの術」で攻めてきた。どんどん近づいてくるガス。そこで乱太郎（らんたろう）たちは新野（にいの）先生が用意した秘密兵器で応戦することにした。
においにつられおでん鍋のところにやってきたしんべヱ。そのとき縄が飛んできて捕らえられるはめに・・・。くの一の授業の一環で、おでんのにおいで人を集めているのだ。小屋に連れて行かれたしんべヱ。そこには、い組の彦四郎（ひこしろう）が・・・。
学園長の思いつきで突然朝礼が行われた。「活発な委員会活動のせいで全学年で成績が落ちてしまった。成績が向上するまで活動は停止。」それを聞いた忍たまたちは大喜び！そのとき、小松田（こまつだ）さんがとんでもない情報をもってやって来た。
「委員会対抗低学年による山賊退治合戦」が始まった。張り切って火花を散らす上級生たち。一方、ハイキング気分で出発した乱太郎（らんたろう）たち低学年の忍たまの目の前には、激しい流れの川が・・・。ぼう然とする忍たまたちの前に現れたのは・・・。
ようやく山賊の見張り小屋にたどりついた低学年の忍たまたち。様子をうかがうため三年生の発案で石を投げてみることに・・・。ところが乱太郎（らんたろう）たちの投げた石は砦（とりで）には届かず三年生に当たってしまった。そこで登場したのは・・・。
山賊砦（さんぞくとりで）の火薬の保管場所について、保健委員長の善法寺（ぜんぽうじ）先輩から暗号ののろしが上がった。ところが虫食いで正しい内容がわからない。そこで図書委員と生物委員が協力し、解読することになった。
新装開店のおしるこ屋へこっそり出かけた学園長。その店は、学園長を捕まえようとドクタケが用意した罠（わな）だったのだ。絶体絶命の学園長。ところが学園長に技をほめられたドクタケ忍者たち。スカウトされ、先生として忍術学園にやってきた。
大木雅之助（おおきまさのすけ）先生は畑に野生の牧之介（まきのすけ）が出没して困っていた。そこで「退治して欲しい。」と頼まれたきり丸。さっそく戸部（とべ）先生に頼んでみたが断られてしまった。そこで山田（やまだ）先生にお願いすることに・・・。
真夏に突然、おでんが食べたいといい出した学園長。「暑いさなかにおでんは反対！」と土井（どい）先生。そこで食堂のおばちゃんから提案が・・・。十人の署名を集めてきたらおでんを作ってくれるのだ。学園長は炎天下の中、庭で演説を始めた。
敵にねらわれているエリンギ城の姫たちをマツタケ城まで警護してほしい、とたのまれた学園長。そこで仙蔵（せんぞう）先輩に守られ、しんべヱと喜三太（きさんた）がおとりの姫になり出発することになった。そのとき突然、目の前に敵の侍が現れて・・・。
染物屋さんから頼まれ、反物の柄がライバルに真似されないように守るアルバイトに来た乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。しかも相手の柄を探り出せばボーナスがもらえる。ところがライバルの店には、トモミとユキとシゲがアルバイトをしていた。
野戦外泊の訓練のため夜の森へやって来た一年は組。夜の暗闇に打ち勝つ度胸をつけるための訓練なのだ。一方、くの一たちには、山田（やまだ）先生、土井（どい）先生からある指令が出されていた。
授業中に小松田（こまつだ）さんが、団蔵（だんぞう）を呼びにやって来た。家から急ぎに知らせが入り、学園長室へ行くことになった。そこには、急ぎの用件でやってきた園田（そのだ）村の代表の老人、手潟（てがた）さんが待っていた。
戦中のオーマガトキ城とタソガレドキ城。園田村を守るため金を集め、黄昏甚兵衛（たそがれじんべえ）に贈り物をしていた手潟（てがた）さん。ところがその要求は増えるばかり・・・。そこで乱太郎（らんたろう）たちは、どちらが勝つのか？調べることに・・・。
おまんじゅう屋に変装してオーマガトキ軍の陣営に侵入していた乱太郎（らんたろう）たち。話を聞いた土井（どい）先生は、そのボロボロの様子に危機的な状態だと考えた。その頃、タソガレドキ陣営には続々と金銭や兵糧が運び込まれていた。
オーマガトキとタソガレドキの戦は、人望がなく税金のとれないオーマガトキ城主が考えたからくりだったのだ。それを知った山田（やまだ）先生と乱太郎（らんたろう）たち。「園田（そのだ）村が危ない！」と、すぐに園田村へ出発した。
同時に六人の子供の子守と洗濯のアルバイトをすることになったきり丸。乱太郎（らんたろう）たちを探したが見当たらない。そのとき通りがかった六年の七松（ななまつ）先輩が潮江（しおえ）、中在家（なかざいけ）先輩と手伝ってくれることになった。