ある夜、八坂真尋は謎の怪物に襲われる。絶体絶命のピンチに現れたのは銀髪碧眼の美少女だった。 「いつもニコニコあなたの隣に這いよる混沌、ニャルラトホテプです♪」 クトゥルー神話の邪神を名乗る彼女は、真尋を守るためにやって来たという。しかしその仕事っぷりは、真尋を騙くらかして外に連れ出し、アニメショップで自分の趣味のモノを買いあさるなど公私混同はなはだしい。そんな中、謎の怪物から再び襲撃を受ける。果たして、真尋が狙われる目的とは一体……!？
今日も今日とて謎の怪物ことナイトゴーントに襲われる真尋と、それを宇宙CQCで片っ端からなぎ倒して撃退するニャル子。そんな中、後手に回っていたニャル子も攻めに転じると宣言する。敵組織を一網打尽にするべく、闇のオークションが開催される会場があるという敵の本拠地・ルルイエに乗り込む真尋とニャル子。しかし、2人の前に刺客が立ち塞がる。それはニャルラトホテプの天敵、生ける炎・クトゥグアのクー子であった。
幻夢境の神々が何者かによって殺害された。その者はどうやらニャル子を目の敵にしているようだ。そんな事が起こっているとは知らぬニャル子は、真尋を襲った脅威が去った後なし崩し的に八坂家に居候として住み着いていた。真尋との高校生活を謳歌していたニャル子の前に、転校生としてクー子が現れる。なんとクー子はニャル子と同じ組織・惑星保護機構に就職し、その上幻夢境の神々殺害事件をニャル子とのコンビで担当せよとの指令を受けてやってきたというのだ。
旅行中だった真尋の母・頼子が突然帰国してきた。謎の居候についての言い訳を真尋が考える間もなく、いきなり対面することになった頼子とニャル子たち。しかし、2人の名前を聞いた途端戦闘態勢をとる頼子。なんと彼女はアルバイトで邪神ハンターをやっていたのだ。母親の知らなくていい秘密を知ってしまい動揺する真尋だったが、クー子と趣味で意気投合しゲーム談義に花を咲かせる頼子であった。だが、そんな2人を狙う魔の手が静かに忍び寄っていた。
真尋たちはハス太こと「風の神性」ハスターと出会う。彼は、父からの依頼で真尋の母・頼子を探しているのだという。やたら親愛の情を示すハス太にイヤな汗をかきながら、真尋はハス太を自宅へと案内し母と会わせる。その時、謎の女・ルーヒーが現れ頼子を連れ去ろうとする。しかも、何事か耳打ちされた頼子は自ら彼女についていこうとする。頼子を取り戻そうとするニャル子とクー子だったが、その戦いの最中なんとクー子までもがルーヒー側についてしまう。いったい何がどうなってる！？
ルーヒー達を追ってルルイエランドに向かうが、行く手を阻む壁としてクー子が立ち塞がる。ニャル子の言葉に従い、母の姿を探して先を急ぐ真尋とハス太。そして、ついにルーヒーと対峙する。ルーヒーの狙いとは？
温泉旅行に行くことになった真尋たち。一段とテンションが上がるニャル子の猛アプローチに辟易した真尋はつい「ニャル子のことがキライ」と告げてしまう。その言葉にSAN値だだ下がりで真っ白になって落ち込むニャル子。さすがに少し言い過ぎたかと感じた真尋は、ニャル子を縁日に誘うことにする。
温泉旅行の最終日、土産物を物色する一行。その途中レトロなおもちゃ屋で、真尋はとあるゲーム機に手を伸ばし起動させてみる。すると一行は突然まばゆい光に包まれて……次の瞬間、真尋は自分の部屋のベッドで目を覚ます。違和感を覚えつつ登校すると、ツンデレ風なニャル子や清楚なクー子、男らしいスポーツマン風のハス太に次々出会い、頭を抱える真尋。呪われた恋愛シミュレーションゲームに取り込まれてしまったらしい。どうする、八坂真尋？
放課後デパートへ買い物に出かけた真尋たち。その帰り道、暮井珠緒が4人の前に現れる。だが、まるでいつもの珠緒とは別人であるかのようだ。その彼女によって、真尋とニャル子の人格が入れ替わるという厄介な状況に……。
人格が入れ替わったまま過ごすことになってしまった真尋とニャル子。その日の放課後、学校を休んでいた余市の見舞いに行くことにした一同。だが、余市の家に着いたとき、危険を告げる警報音が突然鳴り響いた。
今日も今日とて大騒ぎの邪神たちに頭を抱える真尋。そんな八坂家に突然女の子がやって来た。彼女はなんと迷子の邪神だという。頼子の頼みで、故郷から迎えが来るまで彼女の面倒を見ることになった真尋たちだったが……。
目を覚ました真尋は違和感を覚えていた。いつも騒がしすぎるくらいなニャル子たちの気配が全くしないのだ。それどころか街に人の気配すらなくなっていた。困惑する真尋の前に怪物たちが群れをなして現れた。八坂真尋、絶体絶命の大ピンチ！！
ごく普通の高校生・八坂真尋の家に居候するクトゥルー神話の邪神、ニャルラトホテプのニャル子、クトゥグアのクー子、ハスターのハス太は、今日も地球のエンタメをガッツリ堪能。ゲームに買い物にコスプレに、真尋をムリヤリ連れ回して……。『怒涛のハイテンション混沌コメディ』魅力をダブルに詰め込んで、あなたのもとへ這いよります！
宇宙一の蔵書を誇るプレアデス星団のセラエノ図書館。イベントで手売りされる「ウ＝ス異本」まで取り揃えてあるとか。ニャル子が借りたままだった本の返却に、なぜか真尋まで付き合わされることに。この図書館で働いていたハス太は、真尋にいいところを見せようと張り切って案内するが、その途中、２人組の邪神が忍び込んだ場面に遭遇する……
セラエノ図書館を襲った賊は東南アジア・ミャンマーの奥地にある忘れ去られた都市、アラオザルへ逃げ込んだ。それを追って、ニャル子たちは遺跡の奥まで踏み込んでいく。賊は邪神の祭壇に隠された遺産を手に入れることで、宇宙連合の決議を超越する強大な計画を目論むが……。追い詰められた真尋は、ピンチをチャンスにチェンジできるか！？
「歩くスピーカー」の異名をもつ暮井珠緒は、噂話だけでなく恋愛相談にも定評があり、他校の生徒からも「女装癖のある幼なじみを何とかしたい」などの相談を持ちかけられるほど。そんな珠緒を見込んで、ニャル子は真尋との距離を少しでも詰められるようにアドバイスを貰おうとするのだが……。ニャル子と珠緒の放課後女子会の行方は？
相変わらず八坂家のリビングは邪神たちの溜まり場となって騒々しい。真尋の言いつけで、ようやく自分たちの部屋づくりを始めるニャル子、クー子、ハス太。ただ、油断ならない連中なだけに、真尋はどんな部屋が出来上がったのかと、こっそりチェックに向かう。そんな折、クー子の従姉妹のクー音が、クー子のお見合い話を持って八坂家を訪ねてくる。
クー音を追い返すため，真尋はクー子とのお芝居をしぶしぶ演じ続けることに．しかし，クー音はふたりの擬似デートに次々と難癖をつけてくる．恋人同士の目と目で通じ合うかすかに色っぽいニュアンスが感じられないとかナントカ．そんな真尋とクー子の婚約者ごっこを見せつけられたニャル子は，とうとう我慢の限界に達し，ついには……．
真尋の母・頼子が福引でゲットしたチケットで，プールに遊びにきた真尋たち．ニャル子は，セクシーでコマンドーなすごい水着で真尋を誘惑したり，屋内プールなのにサンオイルを塗って欲しいと真尋を誘惑したり．施設内のたこ焼き屋でアルバイトしていた珠緒は，思い悩む様子のルーヒーの相談に乗ってあげようとする．
いつもお世話になっている真尋のお役に立ちたいと願うシャンタッ君に，クー子は赤と青のキャンディーを差し出す．それを舐めると，なんと女の子の姿に変身．シャンタッ君は真尋にご奉仕しようと奮闘するが，ニャル子はなんだか気に入らない．「私のペットがこんなに幼女なわけがありません」と追いかけまわして……．
「八坂家よ，私は帰ってきた！」クー子の従姉妹・クー音は，今まで放って置かれてかなり怒っているようだ．真尋たちが登校すると，校舎は異様なオーラに包まれ，クラスメイトは集団催眠にかかり，人型をした炎が攻撃を仕掛けてきて……．このままじゃ地球が地球が大ピンチ．これはクー音の仕業なのか，それとも……？
いつもニコニコハイテンションなニャル子が，風邪をひいて寝込んでしまった．普段よりも少し優しい真尋に，胸キュンのニャル子．そんなとき，北極に正体不明の侵略者が現れたと情報が．ニャル子を残して北極へ向った真尋たちが見たものは，巨大な採掘プラントと「ユゴスよりのもの」と呼ばれる地球外生命体，ミ＝ゴだった．
休日，森のキャンプに訪れた一行．ニャル子がバーベキューで焼くお肉は，真尋が怪しんで食べてくれない．ニャル子の友人から送られてきたチョコレートも，真尋だけ食べてもらえない．森の中を散策すると，古い洋館を発見．肝試しとばかりに屋敷を探検しようとするが……．
惑星保護機構の上司から，幻夢境で新たな蕃神が完成したという報告を受ける．同時に，地球での任務終了が告げられた．それは，真尋とお別れという意味で――．落ち込むニャル子に，とにかくこの目で蕃神を確認しようと，幻夢境に向かうことにするが……．
