職も家族も失い、人生のどん底に沈んだ中年男性・五十嵐。世間から逃げるようにフェリーで向かった先は、"日本最後の秘境"と呼ばれる"火之島"だった。島の施設管理人として働くことになった五十嵐は、そこで島でたった一人の中学生・とんぼと出会う。スーパーもコンビニもない島内を巡る中、奇妙な違和感を感じる五十嵐。それは、島のあちこちにゴルフを感じさせる物事があるということだった。ゴルフコースもない、ゴルフ経験者もいないはずの島にゴルフの痕跡が...。謎に包まれた島の秘密とは？
とんぼと共に島の住民が自分たちのために作ったゴルフコースを訪れた五十嵐は、とんぼの驚異的なスーパーショットを目の当たりにする。対するとんぼも、本格的なゴルフができる五十嵐に興味を抱き、二人は翌日もコースを一緒に回る。夕暮れまでゴルフに興じる中、島に対する思いを口にするとんぼ。日が暮れ、ようやく帰ってきた二人を迎えたゴンじいは、五十嵐に島の星空を見せてあげるよう促す。満天の星空の下、とんぼが語った過去とは—。
3鉄1本しか使わない独特なプレースタイルで、ゴルフ経験豊富な五十嵐も驚くほどの才能を持つとんぼ。五十嵐は自身のウェッジのグリップを3鉄に付け替え、とんぼにウェッジを使うことを試させる。ウェッジでの正しいボールの打ち方を教えようとする五十嵐は、かつて、自分の息子"凜太郎"にゴルフを教えたことを思い出す。凜太郎から「ゴルフをやる喜び」を奪ってしまったという後悔と向き合うことに―。
徐々に島の生活に慣れてきた五十嵐。島の施設職員のブンペイと看護師の洋子の人間関係も垣間見える。とんぼと日々コースを回る五十嵐は、そのスーパーショットの多くが、島での生活から身に付いたセンスと気づく。とんぼの自由なゴルフを目の当たりにした五十嵐は、次第にとんぼにゴルフの試合を経験させたいと願うようになる。しかし一方で、とんぼのプレースタイルに異なる違和感を覚えてもいた。そんな折、コースを回る二人に突然のスコールが襲う。
とんぼのゴルフに対する違和感の正体。それはゴルフに対して「競技のプレッシャー」を感じていない事だった。島のコースの崖上にて、とんぼにプレッシャーについて教えようとする五十嵐は、かつて息子"凜太郎"に向き合えていなかった事をとんぼの姿に重ねる。しかし、想定以上のとんぼの行動は、五十嵐の後悔をも吹き飛ばし、「このままでいいのかもな…」と、今のとんぼを肯定する思いへと変わる。診療所で洋子より、島を出ることをとんぼが嫌がっていることを改めて知る五十嵐は、とんぼを島から出すのではなく、発想の転換が必要と行動を起こす。
島を出ることを頑なに拒否するとんぼに刺激を与えるため、五十嵐は彼女に匹敵する実力を持つ同世代のゴルファーを探しに鹿児島に向かう。しかし、市内の複数のゴルフ練習場を訪れるも、とんぼの才能に肩を並べる選手は見つからない。失意の中、帰路のフェリーで同伴した洋子から、姪っ子がアマチュア大会で優勝経験があると聞き、興奮する五十嵐。姪っ子を火之島に招待するよう約束を取り付ける。数日後、約束の日にフェリーから降りてきた軽トラックの荷台には、一人の少女が眠っていた。
初めて会ったにもかかわらず意気投合したとんぼとつぶらは、島のゴルフコースで一緒にラウンドをする。自然がそのまま残るコースと、とんぼの自由奔放なプレースタイルに驚くつぶら。しかし、つぶら自身は理論的で堅実なプレーでボールを正確に打ち進める。互いの異なるスタイルに刺激を受けながら、とんぼの心には「負けたくない」という競争心が芽生え始める。二人の対決の行方は？
台風が直撃した火之島。開発センターに避難している島民たちの中に、とんぼとつぶらの姿があった。停電する施設の中でも、大会に向けて黙々と日々のスイング練習をするつぶらは、自分の抱いている思いを打ち明ける。台風は無事通過し、火之島を後にするつぶらは、とんぼに愛用していた5番ウッドを贈る。一方、五十嵐は偶然にも島のゴルフコースの設計図を発見する。そこには、これまでプレーしてきたコースに隠された新たなホールの存在が描かれていた。五十嵐は早速とんぼを連れて、隠されたホールでラウンドを試みる。
五十嵐は、火之島のゴルフコースを設計した「クタさん」に会うため、同じトカラ列島の悪礫島へ行くことを決める。島外へ出ることに恐怖を感じるとんぼに対し、自身の過去と、とんぼと出会ってからの深い思いを語る。翌朝、フェリー乗り場に現れたとんぼは、自らの意志で船に乗り込む。世俗を離れ、ひとり山奥で暮らすクタさんは、悪礫島に来た五十嵐ととんぼを快く迎え入れる。二人はクタさんが悪礫島に作った、1ホールだけの特別なコースに向かう。そのコースは森の中、小さな池のそばに設けられていた。
クタさんが悪礫島に設計した1ホールのみの池越えコースは、その美しい景観とは裏腹に非常に攻略が難しいモンスターホールであった。攻略法に悩む五十嵐に対して、設計者としてゴルフへの深い愛情を持つクタさんとの知恵比べが展開される。一方で、とんぼはその設計意図を超える独創的なショットでコースを攻略していく。その自由な発想のプレースタイルに、クタさんも舌を巻く。しかし、グリーン上で3鉄を使ってパッティングするとんぼのプレーには一抹の疑念を抱く。
クタさんは、「とんぼのゴルフスタイルは競技の世界で通用しない」と断言し、とんぼと五十嵐をコース裏にある練習用グリーンへと連れて行く。そこは多くの起伏と強烈な傾斜を持つ巨大なモンスターグリーンだった。一日中、3鉄を駆使してこの巨大グリーンに果敢に挑むとんぼは、やがてその時間を共にしてくれる五十嵐やクタさんの優しさにも気付き始める。日が暮れる中、カップに寄せる明確なラインが存在しないこの難題のグリーンで、とんぼが選んだラインとは？
島の子供たちには、中学三年の夏休みが開けると、「最後の夏休み」という題名の作文を書く決まりがあった。悪礫島から戻ったとんぼは、その作文の中で、島への思いと新たな決意を語る。その想いを知った島の住民たちは一様に驚き、五十嵐もバックアップすべく奔走する。そして春、中学の卒業式には、背も伸び、髪も肩まで長くなったとんぼの姿があった。
