帝国が誇る最高戦力“使徒聖”。 イスカは最年少でその称号を得たにもかかわらず、 大罪を犯したことで囚われの身となっていた。 罪の代償として命じられたのは、“氷禍の魔女”の拘束。 戦争状態にあるネビュリス皇庁の強力な星霊使いだった。 戦争の最前線へ向かったイスカは、そこで氷禍の魔女・アリスリーゼと対峙する。
氷禍の魔女アリスとの戦闘を経てからというもの、イスカの心はどうしてか落ち着かない。 気分転換にとミスミスに勧められ、イスカは中立都市でオペラを満喫。 だが隣に座っていた客はまさかのアリスだった。 戦場のライバルと「戦闘禁止」区域で再会したことで、イスカとアリスは、 図らずもお互いの素顔を知ることになり……。
氷禍の魔女との戦いを称えられ、イスカは使徒聖への復帰が検討されることになった。 だが条件は、氷禍の魔女の拘束。逡巡するイスカは再びアリスに会うため、中立都市を目指す。 一方、アリスはイスカが使徒聖であるにもかかわらず、囚われの星霊使いを逃した過去を知る。 真意を探るため、アリスもまた中立都市へ向かう。
遊楽都市ジュラクでカジノを楽しむN07部隊。 新たな任務を前にした休暇であると同時に、ミスミスにはある狙いがあるようで……。 一方、アリスもまた燐とともにカジノを満喫していた。 再会を期待し、お互いの存在を気にしてしまうイスカとアリス。 だが、その裏側では帝国と皇庁の新たな紛争の火種が生まれようとしていた。
星脈噴出泉（ボルテックス）を巡り、帝国と皇庁の内部でも緊張が高まっていた。 仮面卿による星霊エネルギーの独占を疑うアリス。 一方のイスカたちは、前線基地に星霊使いが侵入したことを不穏に思いながらも、星脈噴出泉の探索を続行。 ついに目標を発見するが、そこには大きな罠と強大な魔女が待ち構えていた。
イスカのことが頭から離れないアリスに、中立都市での彼との再会と決着を勧める燐。 だが、その裏には二人の関係を断ち切ろうとする燐の計画があった。 一方のイスカたちは皇庁への侵入と現女王の捕縛という前代未聞の難関任務を命じられていた。 さらに時同じくして、ミスミスの体に異変が起こり始める。
イスカ奪還のため皇庁の国境突破を命じられるN07部隊。 璃洒の指示で、イスカの救出と同時に別働隊がネビュリス女王を捕獲するという……。 一方、アリスは拘束したイスカを連れて皇庁に帰還したが、初めて身近に接する彼に好奇心が収まらない。 監視されるイスカと監視するアリスの、一夜限りの同居生活が始まった。
璃洒の策によって、最悪の魔人サリンジャーが脱獄。 ミスミスたちは騒乱に乗じて監獄塔からの脱出を図るが、鎮圧部隊に包囲されつつあった。 状況を危険視したアリスは、サリンジャーを止めようと監獄塔へと急ぐ。 ただ一人、囚われの帝国兵イスカだけが取り残される。 状況に必死で抗うイスカが取った行動は……。
かつて皇庁を震撼させた“超越”の魔人サリンジャー。 その圧倒的な力の前に窮地の燐だが、そこに駆けつけたのはイスカだった。 燐と交わした条件、そしてアリスからの「願い」に応えるために、イスカはサリンジャーの打倒を誓う。 燃えさかる監獄塔を舞台に、黒鋼の後継イスカと魔人サリンジャーの激戦が幕を開ける。
女王選抜が近づくにつれ、緊張感を増していく皇庁。 王宮から出たいアリスだったが、外国へ遠征を命じられたのは妹のシスベル。 頑なに他人を拒絶する彼女には、ある秘密があった。 時同じくイスカたちは、魔女となったミスミスの星紋を隠すために帝国外のリゾート地へ。 N07部隊が向かう地で待っていたものは……。
シスベルと再会したイスカは、彼女のみが知る破滅の未来を止めるため、あなたの力が必要だと迫られて……。 そんな中、皇庁と帝国の双方でシスベルを巡る動きが加速する。 アリスは妹の真意を確かめるため自らもアルサミラへの遠征を決意。 そしてシスベルの情報が提供された帝国でも、ある計画が実行されようとしていた。
仮面卿に狙われ、さらには帝国の実験兵器にまでも襲撃されるシスベル。 駆けつけたミスミスたちが仮面卿を足止めし、イスカはシスベルを守るため殲滅物体（オブジェクト）と対峙する。 だが、その兵器には帝国の底知れぬ闇が隠されていた。 大国の陰謀が渦巻く戦場で、イスカとアリスが、二人が選ぶ未来は決別か、あるいは――
