広大な世界と高い自由度を誇るDMMO-RPG《ユグドラシル》。一時は爆発的な人気を博すが次第に低迷し、ついにサービス終了が決定した。そして最終日、ギルド《アインズ・ウール・ゴウン》の長・モモンガは、本拠地のナザリック地下大墳墓で仲間の訪れを待ちわびていた。しかし、すでにほとんどのギルドメンバーは引退し、久しぶりにログインしてきた仲間もすぐに帰ってしまう。モモンガは１人で最後の時を迎えるのだが……。
突如《ユグドラシル》からログアウトができなくなり、NPCたちがまるで人間のように動き出した。モモンガは混乱する一方で、NPCたちに設定されていた絶対の忠誠にも変化が生じているのではないかと危惧する。しかし、ナザリック全NPCの頂点に立つ守護者統括のアルベドをはじめ、各階層守護者たちは心から主への忠誠を示す。そんなアルベドたちの期待を裏切らぬよう、モモンガは完璧な支配者として振舞おうとする。
マジックアイテム《遠隔視の鏡》の使い方を確認する中、モモンガは人間が暮らす村を発見する。その小さな村は騎士団と思しき戦士たちに襲われ、女や子供も容赦なく殺されていた。アンデット化のせいか悲惨な光景を目にしても平静なままのモモンガ。最初は村を見捨てようとするが、考えを変えて己の力を試してみることに。モモンガは村に転移し、村を襲う騎士たちと対峙。強力な魔法で敵の力を量ろうとするが……。
リ・エスティーゼ王国辺境にあるカルネ村を襲ったのは、他国の騎士を装ったスレイン法国の特殊部隊《陽光聖典》であった。彼らの真の狙いは王国最強と名高い戦士長ガゼフの抹殺。当のガゼフはそれを察しつつも、村を救うべく陽光聖典と戦う道を選ぶ。しかしマジックキャスターを擁する敵の強さは圧倒的で、ガゼフの部下たちは次々と地に倒れていく。ガゼフも武技を駆使して奮戦するが、数多の傷を負い、ついには力尽きてしまう。
カルネ村の事件の後、アインズは戦闘メイド（プレアデス）のナーベラルを供に連れ、リ・エスティーゼ王国の城塞都市《エ・ランテル》にやってきていた。二人はモモンとナーベという名前で冒険者組合に加入し、情報や金銭を得るべく名を上げようとする。しかし、最も低いランク《銅（カッパー）》の冒険者には簡単な仕事しか得ることができない。そんな中、モモンたちは《銀（シルバー）》の冒険者チーム「漆黒の剣」から一緒に仕事をしないかと誘われる。
薬師のンフィーレアから護衛を頼まれたモモンは、《漆黒の剣》と共にモンスターを狩りながらカルネ村を目指す。見事な連携を見せる《漆黒の剣》のメンバーたちだったが、二振りのグレートソードを軽々と振るい、モンスターを薙ぎ倒していくモモンの力に度肝を抜かれてしまう。生きる伝説とも言われる《アダマンタイト級》にも匹敵するかのようなその強さに感嘆した《漆黒の剣》の面々は、尊敬と好意を持ってモモンに接するのだが……。
カルネ村まであと少しのところで、村の変化に気づいたンフィーレア。周りを物々しい柵で囲った村の様子をいぶかしむ。すると突如、武装したゴブリンたちが出現し、一行は取り囲まれてしまう。緊迫した空気の中、村から駆けつけてきたのはンフィーレアが好意を寄せる少女・エンリだった。エンリからカルネ村が襲撃に遭った経緯を聞いたンフィーレアは、村を救ったアインズ・ウール・ゴウンの正体がモモンであることを察し……。
モモンは森の賢王に騎乗してエ・ランテルに帰還し、計画どおり冒険者としてその名を町中に広めていく。一方、バレアレ家ではクレマンティーヌがンフィーレアの帰りを待っていた。悪意と狂気を隠そうとしないクレマンティーヌにペテルたちは危険を感じ、身を挺してンフィーレアを逃がそうとする。しかし、冒険者組合で用事をすませたモモンがバレアレ家を訪れたとき、すでにンフィーレアはさらわれていた。
モモンが乗り込んだ墓地では、秘密結社ズーラーノーンの幹部・カジットがエ・ランテルを死の都に変えるべく儀式を執り行っていた。カジットの相手をナーベに任せ、モモンはクレマンティーヌと対峙する。英雄級の実力を誇るクレマンティーヌに対し、モモンはレベル補正によって肉体能力こそ高いものの、剣士としてのスキルはない。戦いの中でそれを見抜いたクレマンティーヌはモモンをなぶり殺そうとする。
時は少し遡り──エ・ランテルに出立する前、シャルティアに魔法や武技といった特殊な能力を持つ人間の捕獲を命じていたアインズ。シャルティアは行方不明になっても表沙汰にならない犯罪者に狙いを定め、盗賊まがいの傭兵団のねぐらを襲う。圧倒的な力で傭兵たちを蹂躙するシャルティアだが、しだいに血に酔って我を失い、一部の者を取り逃がしてしまう。すると、そこに異変を察知した冒険者のグループがやってきて……。
シャルティアが反旗を翻した──不測の事態に混乱しながらも、アインズはまずシャルティアの居場所を探すことに。＜水晶の画面（クリスタル・モニター）＞に映し出されたシャルティアは、森の中で立ち尽くし、手には神器(ゴッズ)級の武器があった。シャルティアが必殺の武器を出さねばならない事態に陥っていることに、衝撃を受けるアインズ。急ぎ現地に向かおうとするが、冒険者ギルドからヴァンパイア出現の知らせを受ける。
軍勢も護衛も連れず、アインズはたった１人でシャルティアと対峙する。ユグドラシルには復活の魔法が存在していた。しかしこの世界で使用できるかどうかは確認できていない。文字通り命がけとなる戦いを前に、アインズは念入りに準備を整える。時を同じくして、ナザリックではデミウルゴスが憤りを露わにしていた。忠誠を誓うべき最後の主を失うわけにはいかないと、部下を率いてアインズのもとへ駆けつけようとするが……。
シャルティアに苦戦を強いられる中、アインズは即死系魔法を発動し、組み込まれたスキルの効果で、即死効果に完全耐性を持つシャルティアとその眷属を全て滅ぼそうとする。しかし、肝心のシャルティアは所持していた蘇生アイテムを使い、魔法の効果を打ち消す。MPやスキルを使い果たした両者に残されたのは、シャルティアにとって圧倒的に有利な接近戦のみ。勝利を確信するシャルティアに、アインズは全てを明かす。
Slane Theocracyの役員が集まり、最近の損失について話し合います。 エスティゼの貴族たちは帝国を押し戻す計画を立てています。 エインズは、彼の計画が実行に移されているときに世界地図を調査します。 シャルティアは彼女の試練から立ち直る。
黒雲のモンスターに死を宣告された《緑爪（グリーン・クロウ）》。彼我の戦力差は非常に大きいと理解しつつも、ザリュースの進言により戦うことを決意。こちらの戦力を見極めているであろう相手の計算を狂わせる為の策として、過去に壮絶な争いを繰り広げた他部族との同盟を提案する。シャースーリューから許可を得たザリュースは、無事に同盟関係を結んで帰ってくることを誓い、相棒のヒドラ・ロロロとともに《朱の瞳（レッド・アイ）》族の村へと向かう。
リザードマンの中で最も屈強な《竜牙（ドラゴン・タスク）》族。その族長ゼンベルは、同盟を求めるザリュースに対して一対一の戦いを求める。戦いに応じたザリュースは、なんとか勝利を収め、心強い味方を得る。そしてすぐにゼンベル、クルシュとともに“一番目の死の供物”に指定された《鋭い尻尾（レイザー・テイル）》族の村へ向かう。そこには、すでにシャースーリューをはじめ、各部族のリザードマンたちが集結していた。
勝利を収めたことに歓喜するリザードマンたち。敗退したことを深く悔いるコキュートスだが、アインズは敗退そのものを余り気に留めておらず、守護者が戦いから”学び”を得たことに喜ぶ。しかし、敗退した事実に対する罰は必要だとしてリザードマンの殲滅を命じるが、コキュートスの提案とデミウルゴスの助言により、将来的な他種族の統治を視野に入れ、その足掛かりとして支配を目的とした実験を行うべく、再びリザードマン達の元へ行軍を開始する。
決戦の夕刻、スケルトンの群れからコキュートスが姿を現す。その圧倒的な力を感じながらも、リザードマンたちは意を決して対峙。種の存続を賭けた戦いが開幕する。しかし、想像を絶する守護者の力の前に為す術なく倒されていくリザードマンたち。族長達が放つ渾身の攻撃も、コキュートスには傷一つ負わせることができず、次々に倒されていく。最後の力を振り絞り、シャースーリューとザリュースは一矢報いようとするが……。
リ・エスティーゼ王国の王都に滞在し、情報収集を行っているセバスとソリュシャン。ある日、スクロールを購入した帰りに街中を探索していたセバスは裏路地に入り込む。そこで、人目をはばかるように奇妙な布袋が捨てられるのを目にする。その中に詰められていたのは、痛々しい姿の女性だった。救いを求める声に応えたセバスは彼女を屋敷に連れ帰り、ソリュシャンに治療を命ずる。
まだ日も昇らない早朝。ロ・レンテ城内の訓練場でラナー王女付きの兵士・クライムは一人で鍛錬に励んでいた。剣の才能がないクライムだったが、忠誠を捧げる王女ラナーを守る力を得るため、ただ愚直に限界まで剣を振るう。そしてラナーは、親友であり《蒼の薔薇》のリーダー・ラキュースの協力を得て、王国を蝕む裏組織《八本指》に対策を講じようとしていた。
ラナーに命じられ、ラキュースの伝言を届けるべく、《蒼の薔薇》のメンバー・ガガーランとイビルアイのもとへ向かったクライム。ガガーランたちからさまざまなアドバイスを受け、それを胸に刻み込む。その帰路でクライムは、大通りに人だかりができているのを見つける。人混みの先には、暴漢に囲まれたセバスの姿があった。助けに入ろうとするクライムだったが、セバスは一瞬で暴漢を倒してしまう。
ツアレを守るため、セバスは犯罪組織《八本指》が経営する娼館へ突入を決意する。協力を申し出たブレインとクライムは、セバスが正面から乗り込み敵を撹乱している間に裏口から侵入することに。裏口の近くで待機するクライムの前に、異変を察して隠し通路から逃げてきたコッコドールが現れる。その護衛は、凄腕が集められた《六腕》の一人“幻魔”のサキュロント。クライムは、彼らの逃亡を防ぐべくサキュロントと対峙する。
ソリュシャンの報告を受け、アインズと守護者たちがセバスの屋敷に姿を現す。守護者たちが警戒して見守る中、セバスはツアレに関する報告を上げなかった責を問われる。さらに、ツアレがアインズの前に引き出された。アインズはセバスに対して寛容な態度を見せるが、失態を行動で償うよう告げる。死を悟ったツアレは覚悟を決めて目を閉じる。そしてセバスは――。
アインズ・ウール・ゴウンに盾突く行動をした《八本指》を誅殺すべく、ナザリックの精鋭部隊が王都に集結した。指揮官のデミウルゴスの指示のもと、《八本指》の拠点を襲撃する。時を同じくして、ラナーたちも動きはじめていた。レエブン候やザナックの協力も受け、集められた冒険者や兵士たちを編成し、《八本指》の拠点を制圧しようとする。ブレインや冒険者たちとともにそのひとつに向かったクライムは、セバスと遭遇。再びセバスと共闘することに。
イビルアイとヤルダバオトが対峙する中、突如空から降り立ったモモン。イビルアイの求めに応じ、ヤルダバオトに剣を向ける。その圧倒的な強さにイビルアイは衝撃を受け……。一方、セバスたちが乗り込んだ《八本指》の拠点では、クライムたちがツアレを見つけて脱出しようとしていた。しかし、彼らの前に《八本指》警備部門の長であり、《六腕》最強の存在・ゼロが立ちはだかる。ゼロはブレインを強者と認め、一対一の戦いが始まるが……。
悪魔ヤルダバオトによる未曽有の危機。ラキュースや冒険者たちは、次々と現れる恐ろしい悪魔たちに奮戦し、クライムたちは悪魔に捕らわれているであろう人々を助けるべく炎の壁奥深くに潜入していた。そして、人々すべての希望を背負ったモモンが、ナーベとイビルアイを率いてヤルダバオトと対峙する！ 激戦の中、建物の陰に移動するモモンとヤルダバオト。モモンは早速ヤルダバオト――デミウルゴスに計画の意図を問いただす。
ナザリック地下大墳墓の最高支配者アインズ・ウール・ゴウン――この偉大な主に仕えることはNPCにとって存在意義であり、誇りである。DMMO-RPG《ユグドラシル》から転移して以来、アインズはそんなNPCたちの期待を裏切らないよう、偉大な支配者を演じつづけている。一方で、喜んで不眠不休で働く彼らの意識を変えたいと考えていた。そんなアインズは手始めにリ・エスティーゼ王国の一件の働いた者たちに報酬を与えねぎらうことに。
かつてスレイン法国の陰謀に巻き込まれたところをアインズに救われたカルネ村。住人は半減したものの、焼き討ちに遭った村の生き残りやンフィーレアら移住者を迎え入れ、なんとか収穫の時期を迎えようとしていた。アインズがエンリに与えた《ゴブリンの角笛》で召喚されたゴブリンたちも、エンリを主と仰いで村の復興に尽力する。そんな中、村の傍に広がる大森林で不穏な動きがあり……。
