天才ちびっこ教師・ベッキー登場。余りの珍しさに生徒達はソワソワ。子ども扱いされ、一度はキレて教室を飛び出すベッキーだったが、リベンジ（？）を計り再び教室に戻るのであった。
Ｃ組生徒の名前を覚えないベッキー。生徒たちはなんとか覚えさせようと試みるが、D組芹沢扮するロボ子がC組に乱入するハプニングが発生し・・・。
B組生徒会諜報部の綿貫がベッキーの秘密を探りにC組に侵入。一方、姫子のアホ毛を没収したベッキーは、そのアホ毛を失くしてしまい、実験室で新たなアホ毛を作り直す事を試みる。
明日のテストに備えて、みんなで勉強会を開く事に決定。ベッキーも保護者として参加することになる。…もちろん、ちゃんとした勉強会になどなるわけもなく、何故か他クラスの生徒まで乱入し・・・。
学年で合同キャンプを行う事になった。自分を班分けに入れることを忘れてしまったくるみは、ベッキー・メソウサ・オオサンショウウオと組む事になり・・・。
旧校舎の一室に研究室をもらえることになったベッキー。しかしそこは、ただの空き部屋ではなかった…。 一段落しても、入れ替わり立ち代りやってくる生徒。いつのまにか研究室は、お悩み相談室と化していくのであった。
プール掃除をするハメになってしまったベッキーとC組メンバー。 一方、学校に迷い込んでしまった一条妹を保護した犬神つるぎ。宇宙人のせいで、一条妹が巨大化してしまうなどのハプニングも発生。 桃月学園の暑い夏が始まろうとしていた。
自称“癒し系魔法少女”であるベホイミは、魔法少女のわりには注目をあびていない自分に悩んでいた。そこで彼女はあたらしいコスチュームをまとうことで存在感を出すことにするが…。
夏休みを利用して、恩師の手伝いに沖之毒島まで足を運んだベッキー。助手のメディアに連れられた先にはなぜかC組のメンバーもいて、ジャングルを探索することになる。また、幼少のベッキーの過去が明らかに……？
夏休みの宿題を発表する各クラスの生徒。そんな中、ベホイミとメディアは校内に仕掛けられた爆弾の撤去に追われていた。２人は“戦場”での知り合いだったという。教室の外に出ていたベッキー＋C組一同。ふと、ベッキーが爆弾を手にしてしまう。メソウサに任せて、トイレに逃げ込んでしまうベッキー。結局、ベホイミとメディアの力で危機を免れ、２人の距離も縮まるのであった。
C組のパシリ的な存在にされてしまう優しい６号。そんな６号に恋の噂がたつ。車デートの目撃者まで出てくる。相手を突き止めようとするC組メンバー+ベッキー。疑惑の目がジジイに向けられる。真相を確かめるため、ジジイ先生の車に相席するベッキー。だが、本来の車の持ち主は五十嵐先生と判明。結局、６号の“恋”は、五十嵐への“憧れ”として幕を閉じるのであった。
自分に将来の夢がないことを悩むベッキーに、エイリアン艦長が心を読む装置を向けようとするが、誤って姫子に命中してしまう。放出したエネルギーのせいで姫子の夢の中に入り込んでしまうＣ組一同。案の定、姫子の頭の中は奇怪なものであふれていた。
すっかり秋めいた楽しい補習授業中の桃月学園に全日本番長連合が襲来！ 一条の和解交渉の末、狙われることになってしまったベッキー。逃げ惑う一同だが、動物番長ヒロスケの想い人がＢ組白鳥だと判り権勢が逆転する。
桃月学園の学食が、シェフ出張のためお休みになった。お弁当を食べ損ねたベッキーは、生徒から弁当をわけてもらうことに。そこで、次の日からのお弁当をA組の桃瀬修に作らせることを思いつき…。
遠足に出発したベッキーたち。バスの中で生徒たちはみんな大はしゃぎ。ところが途中、休憩で立ち寄ったパーキングエリアでC組のバスがバスジャックされてしまい…。
第拾六話 「微かなるより顕かなるはなし」 2005年10月16日放送 ベッキーたちは、学級委員の一条さんが学校を休んだと、生徒会諜報部の綿貫から報告を受け…
学園祭でクラスごとに様々な出し物を催す中で、Ｃ組は喫茶店を開いていたが…
公園の滑り台で夕日を見ながら、一日が平和に終る幸せを噛みしめていたメソウサ。そこに黒い着物の少女が現れ、「不幸になっていただけませんか？」と声をかけられ…
Ｃ組の生徒たちが未知のウイルスに感染して緊急入院、学級閉鎖してしまった。突拍子もない話にドッとウケるＤ組。さらに盛り上がる生徒を静めようとしたジジイが、突然顔を真っ赤にして倒れてしまい…。
ある日、姫子の頭にキノコができてしまう。それに気付いたベッキーたちはそのキノコに触ろうと手を伸ばす。しかしその瞬間キノコがプルンと動き、そしてその後、姫子の様子もおかしくなり…。
今日も繰り広げられる演劇部・ロボ子（中身は芹沢）と映研・ドジラ（中身は来栖）の戦い。今度こそは決着を付けんと息巻く両者だが、突然乱入してきたＤ組のベホイミとメディア、Ｂ組の鈴音と乙女が…。
桃月学園に学校の名物クラスを紹介する『突撃！となりのホームルーム』という深夜番組の取材がやって来た。まずはＤ組に乱入したTVスタッフだが、最初に見たものは死神（中身は芹沢茜）に取り憑かれたジジイの姿。ビビったレポーターは泣きながら帰ってしまった。しかし出直してくることを知ったＣ組のメンバーは…。
ローテンションでHRを終えたベッキーはＡ組の教室へ向かう途中、パペットを持った鈴音に遭遇し、芹沢と一緒に白鳥人形劇団に加入させられる羽目に。ホラー映画の殺人鬼と鈴音とウサギの人形で繰り広げられるストーリーを展開するのだが…。
桃月三年の春、江戸の民衆は苦しんでいた。若干十歳で勘定奉行に登用された宮本べき衛門（ベッキー）が、どんな理由だろうと一回泣くごとに１００円を納めるべし、という理不尽な『はうはう税』を定めたのだ。そんな悪政を聞きつけて、奉行を懲らしめようと、あちこちから正義の味方が江戸の町に集まって…。
第二拾五話 「危急存亡の秋」 2005年12月18日放送 桃月学園に降りかかる不幸の数々に、猛吹雪。その原因である巨大彗星が近づきつつある地球は、今まさに滅亡の危機にさらされていた。そこで校長は桃月学園の地下に眠る秘密兵器・巨大ロボット『ぱにぽにＸ』をＣ組に託すのだが……。
地球の危機も去り、いつもと変わらぬ平和な日々が再び訪れた……かに思えたが、この前の猛吹雪がウソのように、今度は真冬ながら３８度という猛暑に襲われる桃月町。このまま平穏無事で最終回を迎えることができるのか？
OVA
