巨匠で人気漫画家・阿島文哉の一周忌に未発表作品が発見された。作画は阿島そのものだが物語は35年前の未解決連続女性失踪事件に酷似していた。元警察官で調査員の水野優希は真偽を判別するため、奇才だが大食漢の漫画編集者・醍醐真司に協力を仰ぐ。醍醐は漫画の背景や道具の種類から描かれた年代と作者を推理していく。やがて2人は漫画の中に主人公である殺人鬼の犯罪を目撃していた人物がいた事に気づいてしまう！
続編があるとにらんだ醍醐はアジマプロの小澤と管理室で新たな画稿を探していた。優希は人気漫画家・戸村たちから、最も阿島に似た絵を描けたのは森田だと聞き出し、それも凶暴性があり人殺しの目をしていたと一峰も口をそろえる人物だった。一方その裏では35年前の未解決事件と似た失踪事件が発生していた。続編は見つからなかったが、醍醐は森田の住居を突き止め優希と訪ねる。だが新事実を知り、2人は愕然とする。
醍醐は、漫画家・斑目虹太の完璧な遺作を見て首をかしげた。非公表だったが斑目は数年前から病気でペンを持てなかったはずだからだ。それに、あの未発表の漫画との共通点もあった。優希は、35年前の失踪者・辰巳晶子が実は詐欺師で被害者には餓死した人もいたという情報をつかみ、その辰巳と似た女性があの漫画の中に潜んでいたことも気づいたのだが……。数日後、ある人物が遺体で発見され、優希も忽然と姿を消してしまう！
漫画のままなら次のコマは埋葬だ！ 優希の行方を追っていた醍醐は、小澤宅の地下室から噛み砕かれた鉛筆と女性が描かれたクロッキーを見つける。その絵の女性と行方不明から数日後に帰宅した室谷祥子が同一人物だとにらんだ醍醐は、祥子から犯人を聞き出し、漫画のヒーローのごとく巨体を揺らせて走り続けた。一方、手首足首にロープを巻かれて身動きできない優希は漫画家の正体を知り、「朝日が昇る前に殺される」ことを悟った。
優希(松下)は家族、故郷、夫から逃げていた。醍醐（古田）は組織、しがらみ、妻から逃げた。貝原（平田）は家族を捨て、才能に迷い、人生を失った。小澤は愛に飢え、人を恨み続けてきた。……生きていくには魂の救済者、伴走者にいてほしいと誰もが願う。だが凶悪犯たちの孤独感は、悲しい怒りの復讐へと変貌し、モンスターとなってしまった。漫画の誤読に気づいた優希と醍醐がスジを完結させる！ いよいよ最終回！
元警察官の調査員・水野優希（松下奈緒）のもとに、アジマプロ社長・阿島淑子（真野響子）から再び調査依頼が舞い込む。夫で漫画界の巨匠、故・阿島文哉（ベンガル）の幻の画稿が返却されたのだが、その直後に送り主の漫画誌編集長・南部正春（岩松了）が謎の死を遂げたという。依頼内容はその関連性を調べてほしいというもの。優希は南部の後任編集長となっていた醍醐真司（古田新太）と再びタッグを組み、謎の解明に乗り出す。
編集部員・綿貫（今野浩喜）が担当する漫画に南部の死と酷似した場面が描かれていた―。さらに醍醐は綿貫の不正な経費処理を突き止めることに。深まる疑惑…。一方優希は編集アシスタントの伊東昇太（白石隼也）の力を借りて南部の人間関係を洗うことに。南部の業界内での評判は最低最悪。多くの人に恨まれていたことも判明する。並行して南部がアジマプロに送った画稿の調査を進めていくと、優希は驚くべき事実にたどり着いた―。
綿貫の画稿の闇取引を確信した優希と醍醐。「おとり捜査」で綿貫を呼び出し自白に追い込むが、取引には上層部も関わっているという衝撃の事実が判明する。しかし南部の死には一切関係ないと言い張る綿貫……。そして南部もこの闇取引に気付いたものの、見逃していたと判明。南部の生前の不可解な言動に謎は深まる。そんな中、醍醐は南部が残した1枚の画稿が、戦後最大の謎となった怪事件の一部を描いたものだということに気付く。
優希・醍醐とともに調査に当たっていた伊東が階段から突き落とされる。優希のもとにも「もう手を引け」というメッセージが……。何者かの影が2人に迫る。危険を感じながらも調査続行を決める2人。優希は、南部が残した紙芝居の作者、校条（田中泯）が事件の鍵を握ると見て、醍醐とともに校条のもとを訪ねることに。なんと校条は戦後最大の怪事件「下山事件」を題材にした漫画の作者であり、衝撃的な話を2人にするのだった。
校条の話を聞いて以来、南部の自殺説に傾きつつあった醍醐。しかし優希は新たな目撃者を見つけ、南部が自殺にしては不自然な格好でビルから落ちていたことを知る。生前の南部は何をしようとしていたのか？ 徐々に明らかになっていく南部の素性……。そんな中、醍醐は進退を懸けた「ある勝負」に出ることを決意する。果たして伝説の編集長の死に隠された真相とは、そして優希と醍醐がたどり着いた驚愕の真実とは……！？
