新撰組は、油小路事件を経て大きな傷を負いながらも、将軍・徳川慶喜に忠義を尽くす覚悟を決めようとしていた。そんな中、朝廷により徳川幕府の終了が宣言され、慶喜は大坂へ下る。新撰組も戦いに備え、伏見奉行所へ屯所を移すこととなった。 慶応三年―――幕末動乱の時代。新撰組隊士・市村鉄之助は、かつてより親しくしていた少女・沙夜を想いながらも、副長・土方歳三の小姓として、隊医で親友でもある山崎烝、兄の辰之助らと、新撰組として運命を共にしようとするが……。
慶応四年――幕府軍と薩摩軍の争い“鳥羽伏見の戦い”が始まった。土方は前線で指揮を執り、山崎は隊医として負傷者の救護にあたる。しかし圧倒的に不利な銃撃戦、淀城の薩摩への寝返りと、苦戦する新撰組は次第に追い詰められていく。 一方で、思いを寄せる少女・沙夜を身請けするため奔走していた鉄之助は、隊を離れたまま幕府軍大敗の知らせを聞く。自分は何のために新撰組に入ったのか――屯所へ来て間もない頃、山崎と交わした会話を思い出した鉄之助は、もう一度刀を手に、隊へと戻る決意をするが……抗うことの出来ない運命の戦いが幕を開ける。
