Nachdem Max und Mauzi von dem extrem verwirrten Deoxys mitgenommen wurden, müssen sich unsere Freunde zwei Herausforderungen stellen: Erstens müssen sie den Jungen und das sprechende Pokémon finden und retten, und zweitens müssen sie versuchen herauszufinden, was für ein Problem Deoxys hat, um es dann zu lösen. Zu diesem Zweck vereinbaren sie einen Waffenstillstand mit Jessie und James. Solana, die Pokémon-Rancherin, und Schwester Joy unterstützen sie bei ihrem Vorhaben. In der Zwischenzeit hat Deoxys Max und Mauzi in sein Zuhause gebracht, einem Rückzugsort, den Deoxys geschaffen hat, um der verhassten Höhle zu entfliehen. Deoxys benutzt Mauzi als Sprachrohr und erzählt Max von seiner Reise mit dem Meteoriten durch das Weltall, der dann in eine Höhle auf der Erde gestürzt ist. Während und nach der Reise ist Deoxys ständig sehr kalt gewesen, weil es seine Hoffnung verloren und sich so einsam gefühlt hat. Max sagt Deoxys, dass er jetzt sein Freund sei. Währendessen bilden sich immer stärkere, geomagnetische Störungen, und Solana entdeckt, dass die Ursache für dieses Chaos dieser Meteorit ist, der Deoxys am Leben erhält und ihm gleichzeitig solche Schmerzen bereitet. Solana ist bewusst, dass Deoxys geheilt werden muss. Dies geht aber nur, wenn Deoxys seine normale Form annimmt. Mit der Hilfe unserer Freunde und ihrer Pokémon können Max und Mauzi gerettet werden. Deoxys wird geheilt und möchte die Erde und ihre Pokémon entdecken. Es weiß, dass es außer Max noch viele andere Freunde gefunden hat.
With Max and Meowth taken by Deoxys, Ash and the others head back to the Pokémon Center to devise a plan. Solana manages to fix their Pokéballs and so they head out in search of their friends. In Deoxys' world, it explains to Max (through Meowth) that it is very lonely and confused. However, the geometric imbalance is starting to create Chaos in the world, this pain causes Deoxys to start attacking everybody. Their only hope is for Solana to use the Capture Styler on Deoxys, but it only works when Deoxys is in normal form. Now the others must battle to save themselves from Deoxys and wait patiently for the right time to capture it.
Efter att Deoxys flugit iväg med Max och Meowth, beger sig våra hjältar av för att rädda dem och för att försöka ta reda på vad det är som är fel med den Mytiska Pokémon!
