謎の飛行物体が突然街を襲った。自衛隊では非常警戒態勢を敷いた。そんな中、ソルブレインが捜査を開始。西部科学技術開発センターの所長が開発した擬似頭脳A320がこの事件に関わっていることが判明。A320は完全な人間になるため所長に反旗を翻す。大樹はソルブレイバーに変身した！
巻き起こる大事件。そして少女が誘拐された。残忍な姉妹の不適な挑戦。爆破予告を受けたソルブレイン本部は、エスパーの猛烈な攻撃に果たして耐えられるのか？出動せよ！ソルドーザー。
悲運の貴公子･高岡の最後の攻撃が始まった。炸裂する爆弾であたりは一面火の海と化す。急げ、ソルブレイバー！高岡の本当の目的とは？復讐の標的とは？！紙袋の中に入った時限爆弾！！撃沈、ソルブレイン本部！
軟弱な現代の子供たちよ、括目して見よ！これが最後の特急指令！命をかけたソルブレイン最後の戦いが今始まる。！